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2010 Fiscal Year Final Research Report

Revealing catabolite-control mechanisms of soil bacteria

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 20580070
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Applied microbiology
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

YOSHIYUKI Ohtsubo  Tohoku University, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)

Project Period (FY) 2008 – 2010
Keywordsカタボライト調節 / 土壌細菌 / 有機酸
Research Abstract

Mechanisms of the catabolite control were investigated using two soil bacteria. Sensing by the bacteria of the repressive-carbon sources were achieved after the repressive-carbon sources were metabolized. The vidences that PTS systems might play a role in the catabolite control were obtained. It was also found that BphQ-mediated promoter activation required BphP, and the C-terminal domain of BphP had an activity to activate BphQ even in the presence of the repressive carbon sources.

  • Research Products

    (57 results)

All 2011 2010 2009 2008 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (44 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] The lin genes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids.2011

    • Author(s)
      Tabata, M., R.Endo, M.Ito, Y.Ohtsubo, A.Kumar, M. Tsuda, Y.Nagata
    • Journal Title

      Biosci Biotechnol Biochem 75

      Pages: 466-472

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06.2010

    • Author(s)
      Matsushima, R., H.Danno, M.Uchida, K.Ishihara, T.Suzuki, M.Kaneniwa, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      Appl Microbiol Biotechnol 86

      Pages: 567-576

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Complete genome sequence of the representative gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26.2010

    • Author(s)
      Nagata, Y., 大坪嘉行, R.Endo, N.Ichikawa, A.Ankai, A.Oguchi, S.Fukui, N.Fujita, 津田雅孝
    • Journal Title

      J Bacteriol 192

      Pages: 5852-5853

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology.2010

    • Author(s)
      Nishiyama, E., 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      Environ Microbiol 12

      Pages: 2539-2558

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ゲノム解析ソフトウエアGenomeMatcher.2010

    • Author(s)
      大坪嘉行, 大坪和香子, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      化学と生物 48

      Pages: 313-319

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動2010

    • Author(s)
      加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      環境バイオテクノロジー学会誌 10

      Pages: 63-70

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性 -難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合-2009

    • Author(s)
      大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      化学と生物 47

      Pages: 35-42

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明2009

    • Author(s)
      大坪嘉行, 西山依里, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      生物工学会誌 87

      Pages: 434-436

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading genes from soil DNA.2008

    • Author(s)
      Fuchu, G., 大坪嘉行, M.Ito, R.Miyazaki, A.Ono, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      Appl Microbiol Biotechnol 79

      Pages: 627-32

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GenomeMatcher : a graphical user interface for DNA sequence comparison.2008

    • Author(s)
      Ohtsubo, Y., W.Ikeda-Ohtsubo, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics 9

      Pages: 376

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics.2008

    • Author(s)
      Shimoda, Y., H.Mitsui, H.Kamimatsuse, K.Minamisawa, 西山依里, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝, S.Shinpo, A.Watanabe, M.Kohara, M.Yamada, Y.Nakamura, S.Tabata, S.Sato.
    • Journal Title

      DNA Res 15

      Pages: 297-308

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans.2008

    • Author(s)
      Yuhara, S., H.Komatsu, H.Goto, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
    • Journal Title

      Microbiology 154

      Pages: 1763-74

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ドラフトゲノム配列のFinishing支援ツール:454Finisher2011

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定2011

    • Author(s)
      森内良太, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性の解明2011

    • Author(s)
      木村明音, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の同定2011

    • Author(s)
      千本木淳子, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析2011

    • Author(s)
      三浦那智, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与するプラスミド因子と受容菌因子の解析2011

    • Author(s)
      井上慧, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2011年度大会
    • Place of Presentation
      京都・京都女子大学
    • Year and Date
      20110326-20110328
  • [Presentation] 微生物ゲノム完全長決定支援ソフトウエア454Finisher(仮)2011

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] Acidovorax sp.KKS102におけるカタボライト抑制メカニズムの研究2011

    • Author(s)
      小沼かおり, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境中における特異的発現遺伝子の解析2011

    • Author(s)
      三浦那智, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurとOxyRの遺伝学的関連とメカニズムの解明2011

    • Author(s)
      木村明音, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索・解析2011

    • Author(s)
      千本木淳子, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] Sphingobium sp.MI1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定2011

    • Author(s)
      森内良太, ら
    • Organizer
      第5回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      仙台・東北学院大学
    • Year and Date
      20110314-20110316
  • [Presentation] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome2010

    • Author(s)
      永田, et al.
    • Organizer
      14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
    • Place of Presentation
      Rimini, Italy
    • Year and Date
      20100914-20100918
  • [Presentation] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans2010

    • Author(s)
      木村明音, et al.
    • Organizer
      14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
    • Place of Presentation
      Rimini, Italy
    • Year and Date
      20100914-20100918
  • [Presentation] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 176162010

    • Author(s)
      大坪嘉行, et al.
    • Organizer
      14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
    • Place of Presentation
      Rimini, Italy
    • Year and Date
      20100914-20100918
  • [Presentation] Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells2010

    • Author(s)
      井上慧, et al.
    • Organizer
      14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
    • Place of Presentation
      Rimini, Italy
    • Year and Date
      20100914-20100918
  • [Presentation] 第二世代シークエンサを用いた土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析2010

    • Author(s)
      加藤広海, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] 受容菌のリン酸基転移系によるナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達の制御機構の解析2010

    • Author(s)
      井上慧, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄応答転写因子と過酸化水素応答転写因子の関連2010

    • Author(s)
      木村明音, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] 有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株における挿入配列IS6100を介したゲノムの動態2010

    • Author(s)
      夏井俊介, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] Hexachlorocyclohexane (HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析2010

    • Author(s)
      川角徹, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] STM法による土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索2010

    • Author(s)
      千本木淳子, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] 解析ソフトウエアGenomeMatcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能2010

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100621-20100622
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の同定と解析2010

    • Author(s)
      西山依里, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      20100321-20100322
  • [Presentation] Solexaを用いた土壌メタゲノム解析における情報解析2010

    • Author(s)
      加藤, ら
    • Organizer
      第四回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      20100307-20100309
  • [Presentation] GenomeMatcherの新機能ContigAligner :第二世代シーケンサーによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能2010

    • Author(s)
      大坪, ら
    • Organizer
      第四回日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      20100307-20100309
  • [Presentation] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析2010

    • Author(s)
      津田雅孝, ら
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      仙台・東北大学
    • Year and Date
      2010-06-22
  • [Presentation] 細菌機能を利用した難分解性環境汚染物質分解へのアプローチ2010

    • Author(s)
      永田, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-30
  • [Presentation] GenomeMatcher :メタゲノム由来の大量リードの処理解析機能2010

    • Author(s)
      大坪, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] GFPレポーター株によるPseudoalteromonas atlantica AR06株の菌体外アルギン酸リアーゼ(alyA)の発現解析2010

    • Author(s)
      松嶋, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制とPTS2010

    • Author(s)
      鈴木, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性2010

    • Author(s)
      木村, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] アントラニル酸ジオキシゲナーゼ遺伝子の土壌中での機能に関する解析2010

    • Author(s)
      西山, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2010年度大会
    • Place of Presentation
      東京大学(駒場)
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] ゲノム解析に有用なGUIツール: GenomeMatcher2010

    • Author(s)
      大坪, ら
    • Organizer
      第22回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      岡山理科大学
    • Year and Date
      2010-01-09
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制メカニズムの解明2009

    • Author(s)
      鈴木, ら
    • Organizer
      日本生化学会第81回大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20091209-20091212
  • [Presentation] Agrobacterium tumefaciens C58株由来の新規ハロアルカンデハロゲナーゼDatAの解析2009

    • Author(s)
      石塚真祐子, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-20090329
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討2009

    • Author(s)
      山本泰弘, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-20090329
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurを介した一酸化窒素(NO)に対する適応機構2009

    • Author(s)
      湯原悟志, ら
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20090305-20090307
  • [Presentation] GenomeMatcher :比較ゲノムソフトウエアとその付属機能2009

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20090305-20090307
  • [Presentation] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingomonas sp.MM-12008

    • Author(s)
      M.Tabata, et al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-20080905
  • [Presentation] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids2008

    • Author(s)
      M.Miyakoshi, et al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-20080905
  • [Presentation] Characterization of the traD operon in Incp-9 plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer2008

    • Author(s)
      R.Miyazaki, et al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-20080905
  • [Presentation] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明2008

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      日本生物工学会大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20080827-20080829
  • [Presentation] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil2008

    • Author(s)
      永田, et al.
    • Organizer
      ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2008-11-15
  • [Remarks] ホームページ等

    • URL

      http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html

URL: 

Published: 2012-01-26   Modified: 2016-04-21  

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