2009 Fiscal Year Annual Research Report
染色体セグメントモデルによる遺伝的評価システムの開発
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20580303
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
祝前 博明 Kyoto University, 農学研究科, 教授 (00109042)
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| Keywords | 遺伝子効果 / 量的形質遺伝子座 / SNP / 予測法 / ベイズ法 / アルゴリズム / 応用動物 |
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| Research Abstract |
ゲノムの全域にわたる高密度DNAマーカー、ここでは数万のSNP(一塩基多型)の情報が利用可能な状況を想定し、DNAマーカーとQTL(量的形質遺伝子座)とが十分に有効な程度の連鎖不平衡の状況にあることを仮定して、個体の遺伝能力を予測するための各種のベイズ法について検討を加えた。
まず、各DNAマーカー座における遺伝分散がすべて等し炉と仮定した遺伝モデルや多数のDNAマーカー座のうちの大半における遺伝分散を0と仮定した遺伝モデルなどを設定し、それらのモデルに対応したベイズ法による遺伝能力の予測法を開発した。
つぎに、これら種々の方法について、Fortran90/95言語による演算プログラムを作成し、遺伝的評価のための演算システムを構築した。
ついで、突然変異-ドリフトモデルによるモンテカルロシミュレーションを実施し、開発した手法による遺伝能力予測値の正確度と予測の精度を明らかにした。とくに事後分布の情報から、予測精度について詳細に検討した。
さらに、ヘテロストック・マウスおよび和牛の実データにこれらの手法を適用し、通常の線形モデルによる遺伝能力の予測値との関連性を明らかにするとともに、これら複数の方法による予測値間の関連性について調べた。
その結果、個体の遺伝能力の予測において、SNP情報を用いたベイズ法による非線形法は、通常の最良線形不偏予測法・混合線形モデル法よりも優れており、とくに多数のDNAマーカー座のうちの大半における遺伝分散を0と仮定したアプローチが有望であることが明らかとなった。
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