2009 Fiscal Year Annual Research Report
個別化医療実現のための臨床研究のデザインと統計解析に関する研究
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20590599
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| Research Institution | The Institute of Statistical Mathematics |
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Principal Investigator |
松井 茂之 The Institute of Statistical Mathematics, データ科学研究系, 教授 (80305854)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森田 智視 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (60362480)
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| Keywords | 個別化医療 / ゲノムワイド研究 / 分子診断法の開発 / マイクロアレー / 遺伝子スクリーニング / 階層混合モデル |
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| Research Abstract |
本年度は、分子診断法開発の早期フェーズである遺伝子スクリーニングの研究デザインにおいて、いくつかの重要な成果を得ることができた。
前年度に開発した関連の強い遺伝子のランキングを行う場合の必要症例数の設計法をノンパラメトリック検定を行う場合に拡張した。これにより、データが正規分布に従わない場合にも適用できる頑健な必要症例数の設計が可能となった。
関連遺伝子のスクリーニングでの偽陽性の指標として偽発見割合(false discovery proportion)に基づく必要症例数設計法を新たに提案した。これは、遺伝子間の相関によって生じる偽発見割合のばらつきと関連遺伝子の選択割合である感度のばらつきを同時にコントロールする方法である。数値実験により、偽発見割合の期待値である偽発見率(false discovery rate)と感度の期待値をコントロールする従来法よりも、特に、遺伝子間の相関が高い場合には優れた方法であることが示された。
前年度に提案したベイズ流階層混合モデルに基づく統計解析の枠組みを具現化するために、関連遺伝子の効果サイズの分布にノンパラメトリック事前分布を仮定した経験ベイズ法を開発した。この方法は、いくつかの従来法に比べて、個々の遺伝子に対する効果サイズの推定、効果サイズに基づく遺伝子のランキング、関連遺伝子のサブセットを用いた期待予測能の推定がより正確に行えることを、数値実験、並びに、いくつかの実データへの適用により確認された。
がんの個体差の検出のためのモデルに基づくクラスター分析法を新たに開発し、数値実験によりその基本的性能を確認した。分子診断法を用いて対象の限定や層別を行う治療法開発のための臨床試験のデザインについて、先行研究と実際の適用例のレビュー、並びに、上記の研究成果を踏まえ、いくつかの新たな研究課題を同定した。
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[Journal Article] Differential survival following trastuzumab treatment based on quantitative HER2 expression and HER2 homodimers in aclinic-based cohort of patients with metastatic breast cancer.2010
Author(s)
Toi M, Sperinde J, Huang W, Saji S, Winslow J, Jin X, Tan Y, Ohno S, Nakamura S, Iwata H, Masuda N, Aogi K, Morita S, Petropoulos C, Bates M
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Journal Title
Peer Reviewed
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[Journal Article] First-line gefitinib for patients with advanced non-small-cell lung cancer harboring epidermal growth factor receptor mutations without indication for chemotherapy. 2009 ; 27 : 1394-1400.2009
Author(s)
Inoue A, Kobayashi K, Usui K, Maemondo M, Okinaga S, Mikami I, Ando M, Yamazaki K, Saijo Y, Gemma A, Miyazawa H, Tanaka T, Ikebuchi K, Nukiwa T, Morita S, Hagiwara K ; North East Japan Gefitinib Study Group
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Journal Title
Journal of Clinical Oncology 27
Pages: 1394-1400
Peer Reviewed
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[Presentation] Results of a phase II multicenter study of neoadjuvant S-1 and irinotecan in patients with locally advanced gastric cancer. 2010 Gastrointestinal Cancers Symposium.2010
Author(s)
Terashima M, Saze Z, Hosoya A, Takahashi M, Takagane A, Hachiya O, Koeda K, Matsui S, Kusunoki Y, Oohashi W, Fukushima M, Gotoh M.
Organizer
The American Society of Clinical Oncology
Place of Presentation
Orlando, Florida
Year and Date
20100122-20100124
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[Presentation] 関節型若年性特発性関節炎(JIA)に対する methotrexate 療法による有効性と副作用に関する薬理遺伝学的検討.2009
Author(s)
柳町昌克, 成戸拓也, 原拓磨, 岸崇之, 菊地雅子, 原良紀, 宮前多佳子, 今川智之, 森雅亮, 金子徹治, 森田智視, 横田俊平
Organizer
第30回日本臨床薬理学会年会
Place of Presentation
横浜
Year and Date
20091203-20091205
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[Presentation] 関節型若年性特発性関節炎に対する methotrexate 療法による肝機能障害と消化器症状に及ぼす遺伝子多型の検討2009
Author(s)
柳町昌克, 成戸拓也, 原拓磨, 菊地雅子, 岸崇之, 原良紀, 宮前多佳子, 今川智之, 森雅亮, 金子徹治, 森田智視, 横田俊平
Organizer
第19回日本小児リウマチ学会総会・学術集会
Place of Presentation
京都
Year and Date
20091002-20091004
