2009 Fiscal Year Annual Research Report
シトシンバルジヘアピンループプライマーを用いた遺伝子一塩基変異の蛍光検出法の開発
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20611010
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
武井 史恵 Osaka University, 産業科学研究所, 助教 (30252711)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中谷 和彦 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (70237303)
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| Keywords | DNA / 蛍光分子 / SNPタイピング / PCR / ヘアピン構造 / シトシンバルジ構造 |
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| Research Abstract |
本研究では、我々が開発した低分子蛍光分子DANPを用いることにより非共有結合で蛍光分子をDNA上に化学修飾したプライマーを用いた画期的なSNP(Single Nucleotide Polymorphisms)タイピング法の開発を行うことを目的とした。
1、 実際の遺伝子配列でのSNPタイピングの実施
我々は平成20年度にシトシンバルジ周辺の塩基配列を検討し、シトシンバルジ構造にDANPが結合した際に最もバックグランド蛍光と有効シグナルのS/N比が最大になるような配列を見いだしている。さらにシトシンバルジをヘアピン構造中に複数個存在させることで、蛍光強度の増大が可能になることも見いだしている。これらの確立した条件を使って、遺伝子型が既知であるCytochrome p450遺伝子群、例えば2C9*3のSNPタイピングを行ない、本手法の有効性を実証した。
2、 新たなDANP誘導体の合成
DANPはDNAとの複合体を形成すると、最大蛍光波長が長波長側に約40nmシフトして430nm付近で発光する。今年度は新たにDANP上にフェニル基を有するDNAP誘導体の合成を行なった。フェニル基がベンゼン環上に存在すると、解離定数KdがDANPに比べ一桁大きくなり、DNA-DANP結合が弱くなることが示唆された。
一方、ニトロベンゼンを置換基として持ったDANPはDNAの存在下DNAに結合して、蛍光波長が25nm程、長波長シフトし、DNA-DANP誘導体の複合体を形成することが確認できた。
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[Journal Article] Secondary Structure-Inducible Ligand Fluorescence Coupled with PCR2009
Author(s)
Takei, F., Igarashi, M., Hagihara, M., Oka, Y., Soya, Y., Nakatani, K.
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Journal Title
Angew.Chem.Int.Ed. 48
Pages: 7822-7824
Peer Reviewed
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