2008 Fiscal Year Annual Research Report
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20680017
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
木下 聖子 Soka University, 工学部, 准教授 (50440235)
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| Keywords | ウェブリソース / 糖鎖 / 機械学習 / 解析システム |
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| Research Abstract |
糖鎖インフォマティクス分野において、糖鎖構造を解析するためのアルゴリズムやモデルを実用的に利用するために、RINGS(Resource for INformatics of Glycomes at Soka)と呼ぶ新たなウェブリソースを構築し始めた。まず、技術員を採用して、Lectines, BCSDB, Lipid Maps, Lipid Bank,CFGなどのデータベースより、糖鎖構造に関連する情報を全て収集した。また、Glycan Miner Tool, Glycan Pathway Predictor(GPP)Tool, Kernel Training Tool及びProfile PSTMM Toolを開発し、公開した。Glycan Miner Toolはα-closed frequent subtreeを抽出するツールで、GPPは入力したN型糖鎖構造より、合成しうる構造をたどることができるツールである。また、Kernel Training Tool及びProfile PSTMM Toolは機械学習のアルゴリズムを実践したツールである。前者はカーネル法を用いて2クラスの間の特徴を抽出するツールで、後者は確率モデルを用いて結合部位を予測するツールである。これにさらにProfile Viewerが開発され、これまで学習された糖鎖プロファイルを表示するツールである。
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