2008 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド関連解析による関節リウマチ重症化遺伝子同定とその臨床応用への基盤整備
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20689029
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
猪狩 勝則 Tokyo Women's Medical University, 医学部, 講師 (80343557)
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| Keywords | 関節リウマチ / 重症化 |
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| Research Abstract |
重症化遺伝子遺伝子の同定に向け、まずDNA収集を終えている1504名のRA患者のうち発症5年時に当センターに通院しており、発症5年時の両手X線が入手可能だった628例について、標準的読影方法の一つであるSharp van der Heijde法によるスコアリング(SHS)を行った。既にタイピングを終えている疾患感受性遺伝子群の情報を用いて重回帰分析により行った予備的解析の結果、発症年齢、性に加えHLA-DB1及びPADI4遺伝子多形(もしくはPADI4遺伝子多形と関連する抗CCP抗体価)とSHSとの関連を認めたことで、このサンプルセット及び解析手法の確からしさが担保されたと考えている。628例のうちHLA-DRB1の多形情報及び抗CCP抗体価の情報がなかったものを除き、SHSでランク付けを行い、上位110例、下位110例を抽出した。各々DNA1300ngを分注したが、質の低いサンプルについては次の順位のサンプルと差し替えていった。研究計画では、DNAチップとしてGenome-Wide Human SNP Array5.0(アフィメトリクス社)を使用する予定だったが、DNAチップの価格低下が得られたため、上位互換性のあるGenome-Wide Human SNP Array6.0(アフィメトリクス社)を使用してタイピングを行った(研究計画で想定した範囲の変更)。現在、重回帰分析によるquantitative trait locus analysis [QTL] with extreme phenotypeを用い、自動化プログラムによりデータの解析を続けている。
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