2009 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド関連解析による関節リウマチ重症化遺伝子同定とその臨床応用への基盤整備
| Project/Area Number |
20689029
|
|---|
| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
|---|
Principal Investigator |
猪狩 勝則 Tokyo Women's Medical University, 医学部, 講師 (80343557)
|
|---|
| Keywords | 観閲リウマチ / 重症化 |
|---|
| Research Abstract |
DNA収集を終えている1504名のRA患者のうち、Sharp vander Heijde法に基づく発症5年時の両手X線スコア(SHS[hands])を入手し得た628例を対象とした。628例のうちHLA-DRB1の多形情報及び抗CCP抗体価の情報がなかったものを除き、SHS(hands)でランク付けを行い、上位110例、下位110例を抽出した。各々DNA1300ngを分注したが、質の低いサンプルについては次の順位のサンプルと差し替えた。DNAチップとしてGenome-Wide Human SNP Array 6.0(アフィメトリクス社)を使用してタイピングを行った。平均QC call rateは97%を超えているが、QC call rateが95%未満のサンプルも多く、予算の制約もあるが次年度中に再タイピングが可能か検討している。QTL解析にはフリーソフトウェアであるPLINKを用いるものとし、ダウンロードの上でテスト解析を行っている。またPerlを用いた自動化プログラムを作成し、データ整理、解析が自動化のもとで運用可能か検討している。同時にこれまでに同定された既知の疾患感受性遺伝子上の多型を抽出し、単回帰分析、重回帰分析により解析を行っているが、PADI4以外は重症化遺伝子として抽出されなかった。これが検定力不足に基づくものか否か今後の検討が必要である。二次コホートの準備も進めており、400例を目標としたDNAの収集とX線読影作業を継続実施している。また、sub解析に必要な関連情報を当施設で実施中のIORRAコホート研究からデータを得て、重回帰分析により遺伝子以外の重症化因子の検索を行う予定出ある。
|
