2010 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド関連解析による関節リウマチ重症化遺伝子同定とその臨床応用への基盤整備
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20689029
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
猪狩 勝則 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (80343557)
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| Keywords | 関節リウマチ / 関節破壊 / 遺伝子 |
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| Research Abstract |
DNA収集を終え、Sharp van der Heijde法によるスコアリング可能だった関節リウマチ(RA)患者628例のうち、424例についてGenome-Wide Human SNP Array 6.0(アフィメトリクス社)を使用して909,622SNPのタイピングを行った。次いで以下の手順でQuality Control (QC)を行った(解析にはPLINKを使用):1.Call rate<90%のサンプルを除去、2.Call rate<90%、non-autosomal、monomorphic、rsID以外のSNPID、同一SNPに複数のジェノタイプが存在するSNPを除去、3.MAF<0.1のSNPを除去。QCの結果1例を除去し、423例、679,692SNPを解析対象とした。SHSをquantitative traitとして回帰分析を行った結果、P<1X10-5レベルで2SNP、P<1X10-4レベルで19SNPを同定した。このうち同じ遺伝子上に位置し、連鎖不平衡にある複数SNPからは1つを選択し、計15SNPを二次コホートによるvalidationの対象とした。GWASに使用しなかった205例に加え、DNA収集済み患者のうち新たに256例で発症5年時のX線評価を行い、計461例を二次コホートとして用いてTaqMan法によるタイピングを行っている。
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