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2008 Fiscal Year Annual Research Report

光信号入力に基づき制御可能なDNA情報処理機構の開発

Research Project

Project/Area Number 20700276
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

小倉 裕介  Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (20346191)

KeywordsDNAコンピュータ / 光DNA演算 / 光DNA操作ユニット / 光信号 / ヘアピンDNA / アゾベンゼン
Research Abstract

本研究では, 光の並列性, 制御性, プログラム可能性とDNAの多様性, 自律性, 微小性を利用した新しい情報技術の創出をめざし, 光によるステップ動作が可能なDNA操作ユニットを実現し, これらを相互接続した光DNA演算技術を開発することを目的とする. 本年度は, 光DNA演算の基盤となる光DNA操作ユニットの設計と実証を行なった. 具体的な成果は以下のとおりである.
1. 光によるDNA制御技術を洗練し, 光DNA操作ユニット構築に必要な性能を得るため, 開発中の光駆動型DNAナノマシン(光DNAピンセット)を対象として照射光波長や温度条件等について検討した. その結果, ナノマシンの駆動時間間隔をそれまでの1/10に短縮し, 駆動効率を数%向上できた.
2. 光DNA操作ユニットとして, 特定のDNAを入力とし光信号に従って最終構造が変化する光DNA反応系について検討した. 反応系にはヘアピンDNAを採用し, その開閉構造によって内部情報を符号化するとともに, アゾベンゼン導入DNAを用いて光入力機構を実現する. 2値の入力光信号(紫外光, 可視光)に対し2種類の最終構造(開状態, 閉状態)をとる任意の反応径路を実現する4種類の光DNA反応系を設計することができた.
3. 設計した反応系に対する実証実験を行なった. ヘアピンDNA, アゾベンゼン導入DNA, 入力DNA等を混合した溶液に対し, 紫外光または可視光を照射したあと電気泳動により最終構造の変化を観察したところ, 4つの反応系で意図した構造が得られることを確認した. これは, 光信号に依存してDNA反応径路を切り換えられることを示しており, 光DNA操作ユニットを実現するための重要な機能であるばかりでなく, 光とDNAを用いた計算に広く応用できる点で意義は大きい. ただし, 一部の反応系では反応効率が低く, 反応系の修正が課題として残った.

  • Research Products

    (9 results)

All 2009 2008

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] Self-Contained Photonically-Controlled DNA Tweezers2009

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, and Jun Tanida
    • Journal Title

      Applied Physics Express 2

      Pages: 025004

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] フォトニックDNAオートマトン : 概念と実装法2009

    • Author(s)
      小倉裕介, 酒井寛人, 谷田純
    • Organizer
      レーザー学会学術講演会第29回年次大会
    • Place of Presentation
      徳島大学
    • Year and Date
      2009-01-10
  • [Presentation] An Implementation of a Nanoscale Automaton Using DNA Conformation Controlled by Optics Signals2008

    • Author(s)
      Hiroto Sakai, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • Organizer
      International Topical Meeting on Information Photonics 2008
    • Place of Presentation
      Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2008-11-19
  • [Presentation] Concept and Primal Implementation of Photonic Nanoscale Automaton2008

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Yuichiro Horiguchi, Jun Tanida
    • Organizer
      International Topical Meeting on Information Photonics 2008
    • Place of Presentation
      Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2008-11-17
  • [Presentation] 光信号による自己完結型DNAナノマシンの状態遷移制御2008

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 谷田純
    • Organizer
      Optics & Photonics Japan 2008
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2008-11-05
  • [Presentation] Large-Area Manipulation of DNA Clusters for Photonics DNA Computing2008

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Mingjie Zheng, and Jun Tanida
    • Organizer
      Topical Meeting on Optoinformatics '08
    • Place of Presentation
      St. Petersburg, Russia
    • Year and Date
      2008-09-16
  • [Presentation] 光入力型ナノスケールオートマトンのための光信号によるDNA構造制御2008

    • Author(s)
      酒井寛人, 小倉裕介, 谷田純
    • Organizer
      2008年秋季第69回応用物理学会学術講演会
    • Place of Presentation
      中部大学
    • Year and Date
      2008-09-04
  • [Presentation] State-Transition of DNA Nanomachines Based on Photonic Control2008

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, and Jun Tanida
    • Organizer
      SPIE Optics + Photonics 2008
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA
    • Year and Date
      2008-08-13
  • [Presentation] Stepwise State-Transition of DNA Structures Controlled Through Sequential Photonic Signals2008

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Yuichiro Horiguchi, and Jun Tanida
    • Organizer
      14th International Meeting on DNA Computing
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      2008-06-04

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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