2008 Fiscal Year Annual Research Report
オンライン細胞モデリング及びシミュレーション環境の構築
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20710158
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
荒川 和晴 Keio University, 大学院・政策・メディア研究科, 助教 (40453550)
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| Keywords | システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 / E-Cell / G-language / GEM System |
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| Research Abstract |
ホストケノムにおける中心的課題一つがシステムバイオロジーのアフローチ及び細胞シミユレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学・情報学的に記述する「モデリング」が不可となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。
本年度、我々はモデルに定量的な情報を付加するために、定量的なモデル及び生化学反応式のデータベースを構築し、現在までに1300あまりの定量的パラメータから成る750の酵素反応速度式を公開している、(http://ism.iab.keio.ac.jp/)。本データベースを利用する事で、研究者はウェブ上で容易に必要な速度式を組み合わせてモデリングを行うことが可能である。また、KEGG Atlasに大幅に情報を付加することにより構築した大規模代謝パスウェイマップをもとに、Systems Biology Markup Language(SBML)/Mintmum Information Requested in the Annotation of Biochemlcal Models (MIRIAM)に準拠するモテルにSystems Biology Grahical No tation(SBGN)レイアウト情報を付加するシステムを開発した。さらに、アノテーション作業を支援するためにゲノム情報や大規模パスウェイ情報をウェブ上で検索できるシステムGenome Projectorを開発・公開した。以上により・定量的モデルをオンラインでモデリングするための基盤が整ったといえる。
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Research Products
(10 results)
