2009 Fiscal Year Annual Research Report
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20770062
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
坂口 美亜子 Nagasaki University, 熱帯医学研究所, 助教 (50400651)
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| Keywords | 分子系統 / 原生生物 / 太陽虫 / 最尤法 / 分子進化 |
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| Research Abstract |
真核生物における有中心粒太陽虫の系統的位置を解明することを目的として、Raphidiophrys contractilisのcDNAライブラリを用いたパイロシーケンスによるランダムなクローンの遺伝子配列決定を行った。その結果、平均232bpの363,490の遺伝子配列が得られ、そのうち327,570配列から30,120のコンティグを作成することができた。
これらのうち、127遺伝子配列によるデータセットを用いてまずconcatenateモデルによる解析を行った結果、R.contractilisはTelonema subtilisやcryptomonad、haptophyteと共にMLブートストラップ値70%で単系統を形成した。さらに、この単系統グループはStramenopiles、Alveolates、Rhizaria(SARグループ)とMLブートストラップ値65%で姉妹群となった。次に、87遺伝子配列によるデータセットを用いてseparateモデルによる解析を行った結果、concatenateモデルによる解析結果と同様にT.subtilisやcryptomonad、haptophyteと共にRELLブートストラップ値69%で単系統を形成した。またconcatenateモデルの場合と同様にこの単系統グループはSARグループとRELLブートストラップ値92%で姉妹群となった。
以上の解析の結果から、有中心粒太陽虫の系統的位置はchromalveolateスーパーグループに含まれることが示唆された。
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Research Products
(4 results)
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[Journal Article] Large-scale phylogenomic analyses reveal that two enigmatic protist lineages, Telonemia and Centroheliozoa, are related to photosynthetic chromalveolates2009
Author(s)
Burki F, Inagaki Y, Brate J, Archibald JM, Keeling PJ, Cavalier-Smith T, Sakaguchi M, Hashimoto T, Horak A, Kumar S, Klaveness D, Jakobsen K, Pawlowski J, Shalchian-Tabrizi K
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Journal Title
Genome Biology and Evolution 1
Pages: 231-238
Peer Reviewed
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[Presentation] 遺伝子データ解析によるテロネマ類と有中心粒太陽虫の系統的位置2009
Author(s)
稲垣祐司, Fabien Burki, Jon Brate, John Archibald, Patrick Keeling, Thomas Cavalier-Smith, 坂口美亜子, 橋本哲男, Ales Horak Ales Horak, Dag Klaveness, Kjetill Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tablizi
Organizer
日本進化原生生物研究会
Place of Presentation
仙台市・宮城教育大学
Year and Date
2009-07-05
