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2009 Fiscal Year Annual Research Report

全ゲノム配列を用いた嗅覚および他の化学受容体遺伝子ファミリーの比較進化解析

Research Project

Project/Area Number 20770192
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

新村 芳人  Tokyo Medical and Dental University, 難治疾患研究所, 准教授 (90396979)

Keywords嗅覚受容体 / 化学受容 / 多重遺伝子族 / 比較ゲノム / 分子進化 / 脊椎動物 / 霊長類 / バイオインフォマティクス
Research Abstract

霊長目の進化過程で、三色色覚の発達に伴って嗅覚の重要性が低下し、嗅覚受容体(OR)遺伝子が失われたとする仮説がある。霊長目における嗅覚の進化過程とヒト嗅覚の特異性を理解するために、オランウータンおよび完全な三色色覚をもたないマーモセットの全ゲノム配列からOR遺伝子を同定し、ヒト、チンパンジー、アカゲザルの遺伝子と共に比較解析を行った。その結果、マーモセットの機能遺伝子数はヒトやチンパンジーとほとんど同じで、アカゲザルやオランウータンはそれより少ないことが分かった。また、5種間の相同遺伝子を用いた解析の結果、狭鼻猿類の各系統で機能遺伝子は徐々に失われており、三色色覚の獲得によりOR遺伝子が急激に減少したことはないことが示された。5種の共通祖先がもっていたOR遺伝子は、オランウータン、アカゲザルで他の3種よりも大きく失われていた。更に、ヒトのOR遺伝子レパートリーは、進化的に近縁なオランウータン、アカゲザルよりもむしろマーモセットに類似していた。これらのことから、ヒトの嗅覚は、他の霊長目と比べてそれほど退化していないことが示唆された。この研究結果は、国際誌Molecular Biology and Evolutionに採択された。
上の結果および、今年度Genome Biology and Evolution誌に発表された脊索動物のOR遺伝子ファミリーの起源に関する研究について、国内外の多数の学会・研究会で発表した。また、国際誌・国内誌に、OR遺伝子の進化について多数のレビューを執筆した。

  • Research Products

    (22 results)

All 2010 2009

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (16 results)

  • [Journal Article] Degeneration of olfactory receptor gene repertories in primates : No direct link to full trichromatic vision2010

    • Author(s)
      Atsushi Matsui, Yasuhiro Go, Yoshihito Niimura
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution (In press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes2010

    • Author(s)
      So Nakagawa, Yoshihito Niimura, Kin-ichiro Miura, Takashi Gojobori
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (In press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 医療に対するインフォマティクスからのアプローチ:医療の効率化へ向けて2010

    • Author(s)
      新村芳人、柴田匡邦、大橋渉、田中博
    • Journal Title

      日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 第20号

      Pages: 2-4

  • [Journal Article] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • Author(s)
      新村芳人
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution 1

      Pages: 34-44

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionary dynamics of olfactory receptor genes in chordates : Interaction between environments and genomic contents2009

    • Author(s)
      新村芳人
    • Journal Title

      Human Genomics 4

      Pages: 107-118

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化ダイナミクス-ゲノムと環境の相互作用-2009

    • Author(s)
      新村芳人
    • Journal Title

      実験医学 27

      Pages: 3093-3102

  • [Presentation] 霊長類嗅覚受容体遺伝子ファミリーの比較ゲノム解析:色覚と嗅覚のトレード・オフ?2010

    • Author(s)
      新村芳人
    • Organizer
      国立遺伝学研究所・研究会「大規模データの表現方法」
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] Evolutionary dynamics of olfactory receptor genes in vertebrates : Interaction between environments and genomic contents2010

    • Author(s)
      Yoshihito Niimura
    • Organizer
      Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology
    • Place of Presentation
      台南、台湾
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] hzAnalyzer : Analysis of contiguous homozygosity in eleven human sample populations using R and Java2009

    • Author(s)
      Todd Johnson、新村芳人、角田達彦
    • Organizer
      American Society of Human Genetics
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2009-10-21
  • [Presentation] hzAnalyzer : Detection, quantification, and visualization of contiguous homozygosity in eleven human sample populations from high-density genotyping datasets using R and Java2009

    • Author(s)
      Todd Johnson、新村芳人、角田達彦
    • Organizer
      International Society of Genetic Epidemiology
    • Place of Presentation
      Kahuku, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2009-10-19
  • [Presentation] hzAnalyzer : Quantifying and visualizing contiguous homozygosity in eleven human sample populations using R and Java2009

    • Author(s)
      Todd Johnson、新村芳人、角田達彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2009-09-25
  • [Presentation] Evolution of olfactory receptor genes in vertebrates : From the viewpoint of comparative genomics2009

    • Author(s)
      Yoshihito Niimura
    • Organizer
      8th Surugadai International Symposium
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2009-09-09
  • [Presentation] 霊長類ゲノム配列を用いた嗅覚受容体遺伝子の比較解析:ヒトの嗅覚は他の霊長類よりも劣っているのだろうか?2009

    • Author(s)
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • Organizer
      第11回日本進化学会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] 真正細菌と古細菌における蛋白質翻訳開始機構の多様性2009

    • Author(s)
      中川草、新村芳人、三浦謹一郎、五條堀孝
    • Organizer
      第11回日本進化学会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] 真核生物の蛋白質問相互作用ネットワークの構造は遺伝子重複の頻度のリンク数への依存性により決定される2009

    • Author(s)
      長谷武志、新村芳人、田中博
    • Organizer
      第11回日本進化学会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • Author(s)
      Yoshihito Niimura
    • Organizer
      12th Congress European Society for Evolutionary Biology
    • Place of Presentation
      Turin, Italy
    • Year and Date
      2009-08-25
  • [Presentation] Comparative analyses of olfactory receptor genes in primate genomes : Is the smell sense of humans inferior to those of other primates?2009

    • Author(s)
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • Organizer
      The 3rd International Symposium of the Biodiversity and Evolution Global COE project "Adaptation to Land"
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2009-07-25
  • [Presentation] 医師偏在の研究:ジニ係数を用いた診療科別の比較2009

    • Author(s)
      柴田匡邦、新村芳人、永田宏、田中博
    • Organizer
      第59回日本病院学会
    • Place of Presentation
      熊本
    • Year and Date
      2009-07-23
  • [Presentation] 霊長類ゲノム配列を用いた嗅覚受容体遺伝子の比較解析:ヒトの嗅覚は他の霊長類よりも劣っているのだろうか?2009

    • Author(s)
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • Organizer
      第25回日本霊長類学会大会
    • Place of Presentation
      各務原
    • Year and Date
      2009-07-19
  • [Presentation] hzAnalyzer : Quantifying and visualizing contiguous homozygosity in eleven human sample populations using R and Java2009

    • Author(s)
      Todd Johnson、新村芳人、角田達彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • Place of Presentation
      Rennes, France
    • Year and Date
      2009-07-09
  • [Presentation] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • Author(s)
      Yoshihito Niimura
    • Organizer
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • Place of Presentation
      Iowa City, USA
    • Year and Date
      2009-06-04
  • [Presentation] Comparative genomic analysis of the Shine-Dalgarno sequences in prokaryotes2009

    • Author(s)
      So Nakagawa, Yoshihito Niimura, Jose C.Clemente, Kin-ichiro Miura, Takashi Gojobori
    • Organizer
      3rd International Biocuration Conference
    • Place of Presentation
      Berlin, Germany
    • Year and Date
      2009-04-17

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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