2020 Fiscal Year Annual Research Report
Cell-free DNA and RNA epigenome study to investigate space environment and ageing stress responses
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20F20382
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
村谷 匡史 筑波大学, 医学医療系, 教授 (50730199)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
RUTTER LINDSAY 筑波大学, 医学医療系, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2020-11-13 – 2023-03-31
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| Keywords | 宇宙環境 / オミックス解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、宇宙生命科学におけるゲノミクスおよびバイオインフォマティクスの応用を進めることを目標としている。受け入れ研究者が代表で行う宇宙飛行士のリキッドバイオプシー研究、および、火星環境模擬施設等、極限環境でのサンプリングと次世代シークエンス解析をトピックとして、データ解析のほか、MinIONシークエンサーを活用したシークエンス解析手法の開発と検証を行っている。
初年度は土壌サンプルからの微量DNAの精製、およびMinIONシークエンサーによるシークエンス解析をモデルとして作業手順を確認、必要なバイオインフォマティクスツールの検討を行った。
また、ゲノミクス分野では、NASA、ESA等の研究者も独自の研究をすすめており、オミックスデータの将来的な統合を見据え、解析の標準化に関する国際コンソーシアムの設立した。このコンソーシアムに関し、筆頭著者として総説の執筆をリードし、Patterns誌に発表された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度は5か月間であったが、新型コロナにより火星模擬施設でのサンプリングは影響を受けた。研究の重点をバイオインフォマティクス解析手法の検討に置くなどして対応した。また、宇宙実験データの解析について、共著論文の発表に参加した。
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| Strategy for Future Research Activity |
宇宙飛行士のリキッドバイオプシーに関するデータや土壌検体を用いたシークエンシングテストなど、バイオインフォマティクス解析の材料が出てきているため、引き続き解析を進めるとともに、学会、論文発表を目指す。
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