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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of molecular-resolution imaging technique for proteins on a live cell surface and its application to cancer research

Research Project

Project/Area Number 20H00345
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

福間 剛士  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (90452094)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords原子間力顕微鏡(AFM)
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、1-5 um程度の穴の開いた窒化シリコン膜の上に細胞を培養し、その穴を通して細胞表面を原子間力顕微鏡(AFM)により観察する技術を開発する。また、その技術を用いて、がん細胞の薬剤耐性化に関与する膜タンパク質であるMET分子の複合体形成を生細胞表面で観察し、薬剤耐性化の機序について分子レベルの知見を得る。
これまでに、マイクロポーラスメンブレン(MPM)の上に細胞を培養する条件を確立し、穴を通して細胞表面を約10 nmの分解能で観察することに成功した。また、この技術を特許出願した。さらに、この技術により、化学固定前後の細胞表面構造をナノスケールで比較することで、化学固定により細胞表面のタンパク質が凝集し、表面構造が著しく変化することが明らかとなった。この成果をまとめて、論文として公表した(Commun. Biol. 2022)。
応用研究として、METをノックアウトした肺がん細胞PC9/KOと、それにMETを過剰発現させたPC9/KIの表面構造を観察して比較した。しかし、PC9細胞の表面構造は比較的複雑で、ばらつきが大きく、本研究に適さないことが分かった。そこで、比較的細胞表面構造が単純なCHO細胞を用い、同様にCHO/KOおよびCHO/KI細胞を準備し、それらの構造比較に取り組んだ。しかし、これらの細胞は動きが激しく、穴のから浸潤が激しく、そのままでは詳細な構造比較が難しいことが分かった。その後、この問題は、観察前日に培養液中からFBSを除去して細胞活動を抑制することで解決できることを見出した。現在、これらの方法を用いて、2種類の細胞の表面構造の観察および比較に取り組んでいる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

総合的に判断すると、概ね順調に進展していると判断している。
本研究では、上記の通り、生細胞表面の高分解能AFM観察技術を開発し、それを用いてがん細胞の薬剤耐性獲得機構の研究を実施することを目的としていた。その中で、技術開発については、極めて順調に進展し、すでに特許出願、論文発表を終えており、予定通りの成果が得られている。さらに、技術開発の過程において、細胞の化学固定によって細胞表面構造が大きく変わってしまうことを見出した点は、計画外の成果であり、予定を上回る成果と言える。化学固定法は、古くから数多くの細胞生物学研究に使われてきた技術であり、今回の発見は、それらの研究の解釈に一石と投じる極めて重要な成果と言える。
一方で、AFMによる細胞表面観察については、やや予定に比べて難航している部分がある。当初、PC9細胞を利用しようとしたが、上記の困難に直面し、臨機応変にCHO細胞へと細胞種を変更した。さらに、上述の通り、穴から出てこようとする浸潤が激しく、最終的にはかなり苦労して細胞の飢餓化により活動を適度に抑制できることを見出した。この方法は、細胞分裂周期もG0/G1期に概ね制御することができるため、細胞間のばらつきも抑制し、系統的な研究に非常に有利であると考えている。これらの困難は当初予見していなかったものであり、結果的に時間を予定以上に要したが、それらの解決のめどがたったという成果を考慮すると、総合的には順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

今後は、本研究で開発した細胞表面観察技術をさらに発展させるとともに、がん細胞の薬剤耐性獲得機構の解明に取り組む。
技術開発としては、すでに分子スケールの表面構造観察の実現性を示したが、その時間スケールは1分/フレーム程度と低速である。現在、ホッピングモードと呼ばれる大きな凹凸を持つ表面の観察に用いられる技術を使っているため、速度が出せないが、今後はタッピングモードやFMモードなども用いて、高速、高分解能化の可能性を検討する。また、細胞表面には多数のタンパク質が存在し、MET分子の有無による違いが構造だけでは判別できない可能性も考えられる。そこで、分子識別のための方法として、探針先端に分子センサを修飾する分子認識イメージング法と、細胞表面のMET分子に抗体を吸着させて、その構造変化を観察するAFM用の構造ラベル技術を並行して開発している。今後は、この研究にも取り組む。
応用研究としては、上述の通り、MET分子をノックアウトしたCHO/KO細胞と、それにMET分子を過剰発現させたCHO/KI細胞の表面構造観察を継続する。現状で、それぞれの観察には成功しているが、十分な試行回数で実験が行えていないので、今後は、データ数を増やし、信頼性のあるデータを使って比較を行う。ここで、もし、表面構造だけで違いが出ない場合には、上記の構造ラベル法や分子認識イメージング法を併用する。また、超解像蛍光顕微鏡との相関イメージングにも挑戦する。これらの結果を総合して、MET分子の集合状態を明らかにし、従来の仮説であるクラスタリングすることで、薬剤耐性を獲得しているというモデルを検証する。

  • Research Products

    (29 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Invited: 6 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Journal Article] Actin-binding domain of Rng2 sparsely bound on F-actin strongly inhibits actin movement on myosin II2022

    • Author(s)
      Hayakawa Yuuki、Takaine Masak、Ngo Kien Xuan、Imai Taiga、Yamada Masafumi D、Behjat Arash Badami、Umeda Kenichi、Hirose Keiko、Yurtsever Ayhan、Kodera Noriyuki、Tokuraku Kiyotaka、Numata Osamu、Fukuma Takeshi、Ando Toshio、Nakano Kentaro、Uyeda Taro QP
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: e202201469

    • DOI

      10.26508/lsa.202201469

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular insights on the crystalline cellulose-water interfaces via three-dimensional atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Yurtsever Ayhan、Wang Pei-Xi、Priante Fabio、Morais Jaques Ygor、Miyazawa Keisuke、MacLachlan Mark J.、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Pages: eabq0160

    • DOI

      10.1126/sciadv.abq0160

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Probing the Structural Details of Chitin Nanocrystal?Water Interfaces by Three‐Dimensional Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      Yurtsever Ayhan、Wang Pei‐Xi、Priante Fabio、Morais Jaques Ygor、Miyata Kazuki、MacLachlan Mark J.、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Small Methods

      Volume: 6 Pages: 2200320~2200320

    • DOI

      10.1002/smtd.202200320

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Computed Three-Dimensional Atomic Force Microscopy Images of Biopolymers Using the Jarzynski Equality2022

    • Author(s)
      Sumikama Takashi、Federici Canova Filippo、Gao David Z.、Penedo Marcos、Miyazawa Keisuke、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 13 Pages: 5365~5371

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c01093

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unraveling the Host-Selective Toxic Interaction of Cassiicolin with Lipid Membranes and Its Cytotoxicity2022

    • Author(s)
      Ngo Kien Xuan、Nguyen Phuong Doan N.、Furusho Hirotoshi、Miyata Makoto、Shimonaka Tomomi、Chau Nguyen Ngoc Bao、Vinh Nguyen Phuong、Nghia Nguyen Anh、Mohammed Tareg Omer、Ichikawa Takehiko、Kodera Noriyuki、Konno Hiroki、Fukuma Takeshi、Quoc Nguyen Bao
    • Journal Title

      Phytopathology

      Volume: 112 Pages: 1524~1536

    • DOI

      10.1094/PHYTO-09-21-0397-R

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemical fixation creates nanoscale clusters on the cell surface by aggregating membrane proteins2022

    • Author(s)
      Ichikawa Takehiko、Wang Dong、Miyazawa Keisuke、Miyata Kazuki、Oshima Masanobu、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: 487

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03437-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いたウリ類炭疽病菌の付着器の膨圧計測2023

    • Author(s)
      松森海晴、宮澤佳甫、熊倉直祐、白須賢、福間剛士
    • Organizer
      第70回 応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] Visualizing Inside of 3D Self-Organizing Systems by 3D Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      2022 JAIST International Symposium of Nanomaterials and Devices Research Area
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Intracellular Structures and Mechanics of Living Cells Investigated by Nanoendoscopy-AFM2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      6th NanoLSI International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Introduction to Research Activities at Nano Life Science Institute (WPI-NanoLSI)2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      The Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Development of Cross-Scale In-cell AFM Technologies for Elucidating Intra-Cellular Structures and Dynamics2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      学術変革領域A第2回領域会議
    • Invited
  • [Presentation] Nanoendoscopy AFM for visualizing nanodynamics and nanomechanics inside living cells2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      Engineering Mechanics of Cell & Tissue Morphogenesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 世界トップレベル研究拠点プログラム -金沢大学ナノ生命科学研究所-2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      NanoLSI Special Seminar at Takaramachi Campus
    • Invited
  • [Presentation] Development of a Method for Visualizing Nanometer-Scale Three-Dimensional Structures of Chromosomes by Three-Dimensional Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      R. Kojima, K. Miyazawa, K. Teramae, T. Sumikama, M. Meguro, K. Imadate, N. Okano, S. Horike, K. Hirahara T. Fukuma
    • Organizer
      ISSP Workshop「機能的走査プローブ顕微鏡の新展開」
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct observation of focal adhesion by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, T. Shirokawa, T. Ichikawa, K. Miyazawa, K. Miyata, T. Fukuma
    • Organizer
      AVS 68th INTERNATIONAL SYMPOSIUM & EXHIBITION
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct observation of focal adhesions by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, M. Penedo, T. Shirokawa, T. Ichikawa, M. M. Hosain, K. Miyazawa, K. Miyata, T. Fukuma
    • Organizer
      The 22nd international vacuum congress IVC-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of nanoendoscopy-AFM for visualizing intracellular nanostructures of living cells2022

    • Author(s)
      K. Miyazawa, M. Penedo, N. Okano, H. Furusho, T. Ichikawa, M. S. Alam, K. Miyata, C. Nakamura, T Fukuma
    • Organizer
      The 22nd International Vacuum Congress (IVC-22)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of Humidity-controlled Atomic Force Microscopy for measurement of Humidity Dependence of Elasticity Distribution of a Single Human Corneocyte2022

    • Author(s)
      T. Kawabata, K. Takeuchi, M. Toyoda, F. Komatsu, M. Harada, M. Suzuki, N. Ohara, K. Miyata, K. Miyazawa and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualizing focal adhesion by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, T. Shirokawa, T. Ichikawa, K. Miyazawa, C. M. Franz and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualizing 3D internal structure of cell nucleus by 3D-AFM2022

    • Author(s)
      R. Kojima, K. Miyazawa, A. M. Shahidul, K. Sivashanmugan, T. Sumikama, R. Omura and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chemical fixation creates nanoscale clusters on the cell surface by aggregating membrane proteins2022

    • Author(s)
      T. Ichikawa, D. Wang, K. Miyazawa, K. Miyata, M. Oshima, T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Low-voltage Cryo Scanning Electron Microscopy Imaging of Rubber Leaves with Corynespora Cassiicola2022

    • Author(s)
      H. Furusho, KX. Ngo, NB. Quoc, T. Fukuma,
    • Organizer
      The 78th Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A Self-making TEM Holder Designed for Evaluating Cantilevers of Scanning Probe Microscopy2022

    • Author(s)
      H. Furusho, MS. Alam, R. Kojima, T. Shirokawa, MM. Hosain, K. Teramae, Y. Asano, K. Hirata, K. Miyazawa, T. Fukuma
    • Organizer
      The 78th Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化学固定は膜タンパク質を凝集することにより細胞表面にナノスケールのクラスターを形成する2022

    • Author(s)
      市川 壮彦, Dong Wang, 宮澤 佳甫, 宮田 一輝, 大島 正伸, 福間 剛士
    • Organizer
      定量生物学の会第十回年会
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いた生きた細胞のナノスケール表面構造体及び内部構造体観察方法の開発2022

    • Author(s)
      市川 壮彦, Marcos Penedo, 宮澤 佳甫, 古庄 公寿, Alam Mohammad Shahidul, 宮田 一輝,中村 史, 福間 剛士
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 細胞核内部の3 次元構造を可視化する3D-AFM の開発2022

    • Author(s)
      児島 亮平,宮澤 佳甫,Alam Mohammad Shahidul,Kundan Sivashanmugan,炭竈 享司,太村 理沙,福間 剛士
    • Organizer
      第83回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Remarks] 金沢大学福間研究室ホームページ

    • URL

      http://fukuma.w3.kanazawa-u.ac.jp/

  • [Remarks] 金沢大学ナノ生命科学研究所

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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