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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of molecular basis of biosynthesis with the aim of expanding the diversity of natural products

Research Project

Project/Area Number 20H00416
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

高橋 俊二  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, ユニットリーダー (30311608)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野川 俊彦  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 技師 (40462717)
滝田 良  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 講師 (50452321)
永野 真吾  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (60286440)
加藤 直樹  摂南大学, 農学部, 准教授 (90442946)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords放線菌 / 天然化合物 / 異種発現 / 生合成 / 遺伝子資源 / 化学資源
Outline of Annual Research Achievements

2020年度と2021年度に達成した研究を踏まえ、本年度は、アスカマイシン生合成機構に集約して研究を進めた。特に、生合成機構の解明、中間代謝産物の同定を容易にするために、生産性向上に関わる要因について検討した。転写制御因子群を含む複数の遺伝子の恒常発現、レアコドンに対応するtRNAの補充、ハロゲン化に関わる修飾酵素遺伝子導入等を検討した結果、生産性の向上に成功した。次に、本条件をもとにして、RNA-seq解析により発現が向上している遺伝子を解析した。その結果、機能未知遺伝子を含め、生産性向上に関与する複数の遺伝子を見出した。また、Real time PCR実験による検証も行った。
バーティシラクタム生合成機構の解明に向けて、遺伝子破壊株に蓄積するポリエンマクロライド生合成中間体及び派生する環化誘導体の構造を解析した。さらに、標的の酵素を精製し、生合成中間体との反応を解析した結果、水酸化、オクタリン及びフラン環形成に関わる酵素を特定することに成功した。さらに、海洋微生物由来のメタゲノム情報から得られた、ハロ酸デハロゲナーゼ様ヒドロラーゼスパーファミリーに分類されるテルペン環化酵素群の機能を解析したところ、全てドリメノール合成酵素であることが判明した。アミノ酸配列の比較から酵素活性中心の機能解明に必要な情報を得ることが出来た。以上、新型コロナウイルス感染症による影響で研究が遅延したものの、最終年度までには、予定していた機能未知の生合成遺伝子クラスターの研究が大きく進展した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Crystal structures of a 6-dimethylallyltryptophan synthase, IptA: Insights into substrate tolerance and enhancement of prenyltransferase activity2022

    • Author(s)
      Suemune Hironori、Nishimura Doukan、Mizutani Kenjiro、Sato Yusuke、Hino Tomoya、Takagi Hiroshi、Shiozaki-Sato Yumi、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 593 Pages: 144~150

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.01.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RK-270D and E, Oxindole Derivatives from <i>Streptomyces</i> sp. with Anti-Angiogenic Activity2022

    • Author(s)
      Jang Jun-Pil、Jang Mina、Nogawa Toshihiko、Takahashi Shunji、Osada Hiroyuki、Ahn Jong Seog、Ko Sung-Kyun、Jang Jae-Hyuk
    • Journal Title

      Journal of Microbiology and Biotechnology

      Volume: 32 Pages: 302~306

    • DOI

      10.4014/jmb.2110.10039

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification and Characterization of Bifunctional Drimenol Synthases of Marine Bacterial Origin2022

    • Author(s)
      Vo Nhu Ngoc Quynh、Nomura Yuhta、Kinugasa Kiyomi、Takagi Hiroshi、Takahashi Shunji
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 17 Pages: 1226~1238

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00163

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation of new lucilactaene derivatives from P450 monooxygenase and aldehyde dehydrogenase knockout Fusarium sp. RK97-94 strains and their biological activities2022

    • Author(s)
      Abdelhakim Islam A.、Motoyama Takayuki、Nogawa Toshihiko、Mahmud Fauze Bin、Futamura Yushi、Takahashi Shunji、Osada Hiroyuki
    • Journal Title

      The Journal of Antibiotics

      Volume: 75 Pages: 361~374

    • DOI

      10.1038/s41429-022-00529-3

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Biosynthetic study of verticilactam, a polycyclic macrolactam from Streptomyces2023

    • Author(s)
      Yu ZHENG, Katsuyuki SAKAI, Hiroshi TAKAGI, Yumi SHIOZAKI-SATO, Toshihiko NOGAWA, Shunji TAKAHASHI
    • Organizer
      4th International Conference on Natural Products Discovery and Development in the Genomic Era
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification of new lucilactaene derivatives with potent antimalarial activity2023

    • Author(s)
      Yushi Futamura, Islam A Abdelhakim, Takayuki Motoyama, Fauze Bin Mahmud, Harumi Aono, Nobumoto Watanabe, Shunji Takahashi, Kuniki Kino, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      4th International Conference on Natural Products Discovery and Development in the Genomic Era
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Biosynthetic study of verticilactam, a polycyclic macrolactam from Streptomyces2023

    • Author(s)
      Yu ZHENG, Katsuyuki SAKAI, Hiroshi TAKAGI, Yumi SHIOZAKI-SATO, Toshihiko NOGAWA, Shunji TAKAHASHI
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] Reveromycin A生合成酵素RevK-RevL複合体モデル構造に基づくRevL変異導入酵素の解析と相互作用領域決定2023

    • Author(s)
      岡村英治、佐藤(汐﨑)裕美、奥村英夫、熊坂崇、長田裕之、高橋俊二
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] Crystal structure analysis of drimenol synthase from marine bacterium.2023

    • Author(s)
      Keisuke FUJIYAMA, Vo Ngoc Quynh NHU, Shunji TAKAHASHI
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] New elasnin derivatives identified by expression of a SARP family regulatory gene.2023

    • Author(s)
      Islam Amin, Jun Ishikawa, Sachiko Masuda, Ken Shirasu, Shunji Takahashi
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] 遺伝子改変糸状菌より収集したデカリン含有テトラミン酸化合物の構造活性相関2023

    • Author(s)
      加藤直樹,野川俊彦,海老原佳奈,二村友史,松田一彦,丹羽隆介,高橋俊二,長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] Identification of elasnin derivatives by expression of regulatory gene2022

    • Author(s)
      Islam A. Abdelhakim, Naoko Kito, Sachiko Masuda, Ken Shirasu, Jun Ishikawa, and Shunji Takahashi
    • Organizer
      日本放線菌学会
  • [Presentation] リベロマイシンA生合成に関わる複合酵素の鍵相互作用残基の同定2022

    • Author(s)
      岡村英治、 佐藤(汐﨑)裕美、奥村英夫、 熊坂崇、長田裕之、高橋俊二
    • Organizer
      日本放線菌学会
  • [Presentation] 生合成モジュールの機能解析に向けたPikromycin 生合成中間体の合成研究2022

    • Author(s)
      大澤宏祐、伴秀俊、杉山良幸、岡村英治、高橋俊二、 土井隆行
    • Organizer
      日本薬学会

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Published: 2023-12-25  

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