2020 Fiscal Year Annual Research Report
Generation of a high-resolution genome map using haploid and hybrid organisms and its application to genetic analysis
| Project/Area Number |
20H00429
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒河内 寛之 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (00609000)
稲野 俊直 近畿大学, 水産研究所, 准教授 (50604609)
川村 猛 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (70306835)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | ハプロイドシーケンシング / ハイブリッドシーケンシング / クロマグロ×スマ / ニホンウナギ×マアナゴ / ニホンウナギ×オオウナギ / ブリ×ヒラマサ / 食用性キノコ / 雌性発生・単為発生 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は様々な生物において雌性発生、単為発生や異なる種のハイブリッドを作製してそれらをDNAシーケンシングや多型タイピングに活用することを目指した研究である。真核生物のゲノムはオス親、メス親のそれぞれから１セットのゲノムを引き継いで構成されているのであるが、それぞれのゲノムは基本的にほとんど同じ配列である一方、少しの相違がある。次世代シーケンサーの開発以降、ゲノムシーケンシングは全ゲノムショットガン法で解析を行うが、全ゲノムショットガン法では通常２倍体のゲノムを解読する。そのアセンブルにおいてそれぞれの親に由来するほぼ同一のDNA配列は、アセンブルの困難さを高める。そこで本研究ではハプロイドゲノムの活用を求め、その材料の作製を進めた。パプロイドゲノムはSNPタイピングも極めて効率的に行える。
本研究では、研究開始前からマグロとスマのハイブリッドのタイピングを行い、それらによる連鎖地図作製を行なってきていたが、その研究を引き続き行い、高精度の連鎖地図作製を推進した。
魚類の雑種形成のため、ニホンウナギ×マアナゴ、ニホンウナギ×オオウナギ、ブリ×ヒラマサの交配を行い、大量のふ化直前の胚を得ることができた。
人工栽培困難な大型の食用性キノコを形成する複数の外生菌根菌（Suillus grevillei、Suillus luteus、Tricholoma matsutake、Tricholoma saponaceumなど）のプロトプラスト作成に向け、子実体から菌根菌の分離し、各種の菌株を作成した。
タンパク質・ペプチド混合物からペプチドを抽出してMS測定をする条件と、配列決定するための解析法の検討を行った。キャピラリー電気泳動を用いた生理活性ペプチド探索の条件検討を行った。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
コロナでフィールド活動の制約はあったが、クロマグロとスマの解析が進み、他の魚類のハイブリッドも作製できた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
マグロとスマのハイブリッドのタイピングを行い、高精度の連鎖地図作製を推進してきているので、その研究をさらに進展させる。
ニホンウナギ×マアナゴ、ニホンウナギ×オオウナギ、ブリ×ヒラマサに関して、雑種作製研究を引き続き推進し、ゲノムシーケンシング、多型タイピングを行う。それらのデータを用いて連鎖地図作製を行う。
また人工栽培困難な大型の食用性キノコを形成する複数の外生菌根菌のプロトプラスト作成に向けて研究を進める。それらからゲノムDNAを得て、ゲノムシーケンシング、多型タイピングを行い、連鎖地図作製を進める。
|
