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2022 Fiscal Year Annual Research Report

クロマチン上で起こる転写と共役した二重鎖切断修復の分子機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20H00449
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 香川 亘  明星大学, 理工学部, 教授 (70415123)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsゲノム / 遺伝子 / 癌 / 蛋白質 / 放射線
Outline of Annual Research Achievements

紫外線や放射性などの外的要因、活性酸素や複製エラーなどの内的要因により、ゲノムDNAは日々損傷を受けているが、細胞には損傷DNAを速やかに修復する機構が備わっている。増殖可能な細胞においては、複製依存的な姉妹染色分体を鋳型にした相同組換え修復(HR)により、二重鎖切断損傷が正確に修復される。一方で、非増殖細胞においては、転写と共役した二重鎖切断損傷修復(TC-HR)の機構が提案されている。本研究では、TC-HR経路において、RAD52、RAD51、CSBなどの修復関連タンパク質によるクロマチン上でDNA修復機構の解明を研究目的としている。本目的を達成するために、以下の計画1-3の研究を遂行した。<計画1> CSBが二重鎖切断損傷と遭遇したRNAポリメラーゼを認識するしくみの解明:損傷依存的にヌクレオソーム中で停止したRNAポリメラーゼIIとヌクレオソームとの複合体の構造解析に成功した。加えて、クロマチンリモデリング因子CSBのPichia属の酵母ホモログであるRAD26を用いて、RAD26-RNAポリメラーゼII-ヌクレオソーム複合体の調製及び構造解析に成功した。<計画2> クロマチン構造の基本単位であるヌクレオソームの構造を変換するしくみ: CSBによるクロマチンリモデリングの分子機構を明らかにするために、RAD26とヌクレオソームとの複合体を調製し、クライオ電子顕微鏡解析を行った。取得したデータセットをもとに構造解析を行っている。<計画3> RNAに依存したDNA修復反応におけるRAD52の役割:全長のRAD52の立体構造をクライオ電子顕微鏡単粒子解析によって解明した。構造解析の結果、RAD52のN末端領域が11量体を形成していること、及び自己会合の機能を有するC末端領域が高い運動性を有することが明らかになった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (45 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University/The University of Colorado(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University/The University of Colorado
  • [Journal Article] The cryo-EM structure of full-length RAD52 protein contains an undecameric ring2023

    • Author(s)
      Kinoshita Chiaki、Takizawa Yoshimasa、Saotome Mika、Ogino Shun、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 13 Pages: 408~418

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13565

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biochemical characterization of the RNA-binding and RNA-DNA strand exchange activities of the human RAD52 protein2023

    • Author(s)
      Tsuchiya Ryohei、Saotome Mika、Kinoshita Chiaki、Kamoi Kazuki、Kagawa Wataru
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1093/jb/mvad019

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones2022

    • Author(s)
      Fukushima Yutaro、Hatazawa Suguru、Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 172 Pages: 79~88

    • DOI

      10.1093/jb/mvac043

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for binding diversity of acetyltransferase p300 to the nucleosome2022

    • Author(s)
      Hatazawa Suguru、Liu Jiuyang、Takizawa Yoshimasa、Zandian Mohamad、Negishi Lumi、Kutateladze Tatiana G.、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Pages: 104563~104563

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104563

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nucleosome Structures Built from Highly Divergent Histones: Parasites and Giant DNA Viruses2022

    • Author(s)
      Sato Shoko、Dacher Mariko、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Epigenomes

      Volume: 6 Pages: 22~22

    • DOI

      10.3390/epigenomes6030022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Method for Evaluating Effects of Non-coding RNAs on Nucleosome Stability2022

    • Author(s)
      Dacher Mariko、Fujita Risa、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      piRNA: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology

      Volume: 2509 Pages: 195~208

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_12

  • [Journal Article] Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT2022

    • Author(s)
      Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
    • Journal Title

      Science

      Volume: 377 Pages: -

    • DOI

      10.1126/science.abp9466

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chromatin structure meets cryo-EM: Dynamic building blocks of the functional architecture2022

    • Author(s)
      Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms

      Volume: 1865 Pages: 194851~194851

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2022.194851

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for p53 binding to its nucleosomal target DNA sequence2022

    • Author(s)
      Nishimura Masahiro、Takizawa Yoshimasa、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: -

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac177

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome: A nucleosome-like particle without histones H2A and H2B2022

    • Author(s)
      Nozawa Kayo、Takizawa Yoshimasa、Pierrakeas Leonidas、Sogawa-Fujiwara Chizuru、Saikusa Kazumi、Akashi Satoko、Luk Ed、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2206542119

    • DOI

      10.1073/pnas.2206542119

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H12022

    • Author(s)
      Hirano Rina、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Uejima Tamami、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 7287

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35003-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Structural dynamics of the nucleosome during transcription elongation2022

    • Author(s)
      Kurumizaka Hitoshi
    • Organizer
      The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural insights into chromatin dynamics during gene expression2022

    • Author(s)
      Kurumizaka Hitoshi
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory "Epigenetics & Chromatin" Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 転写におけるヌクレオソーム構造のダイナミクス2022

    • Author(s)
      鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] クロマトソーム上での転写伸長機構に関する解析2022

    • Author(s)
      平野里奈、江原晴彦、鯨井智也、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] 転写因子p53によるヌクレオソーム中のDNA配列認識機構の構造的研究2022

    • Author(s)
      西村正宏
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるヒトヌクレオソームの高分解能構造解析2022

    • Author(s)
      滝沢由政、佐藤祥子、何承翰、ダネフラドスティン、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 新しいクロマチン基盤構造 H3-H4 オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析2022

    • Author(s)
      野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 遺伝子転写におけるクロマチン構造ダイナミクス2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      2022年度国立遺伝学研究所クロマチン研究会 令和4年度遺伝研研究会 (クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御)
  • [Presentation] エピジェネティックな遺伝子制御のクロマチン構造基盤2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 病原性寄生虫Giardia lambliaのクロマチン基盤構造2022

    • Author(s)
      佐藤 祥子、滝沢 由政、Dacher Mariko、田中大貴、立和名博昭、飯倉ゆかり、鯨井智也、Ho Cheng-Han、安達成彦、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] リンカーヒストンH1を含むヘテロクロマチン基盤構造のクライオ電顕解析2022

    • Author(s)
      何承翰、鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 転写におけるクロマチン構造の維持機構2022

    • Author(s)
      赤津綜隆、江原晴彦、鯨井智也、藤田理紗、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] メタノール資化酵母 K. pastorisヌクレオソームにおける転写解析およびcryo-EM構造解析2022

    • Author(s)
      福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] ヒストンアセチル化酵素p300によるヌクレオソーム結合の構造基盤2022

    • Author(s)
      畠澤卓、Liu Jiuyang、滝沢由政、Zandian Mohamad、根岸瑠美、Kutateladze Tatiana G.、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] ヒストンN末端テールがヌクレオソームの機能に与える影響2022

    • Author(s)
      大石匠美、畠澤卓、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 核内タンパク質による高次クロマチン形成機構の構造生物学的解析2022

    • Author(s)
      堀越直樹、三宅諒祐、曽川千鶴、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡による色素性乾皮症E群タンパク質DDB2の紫外線損傷認識機構の解明2022

    • Author(s)
      松本翔太、滝沢由政、小笠原光雄、橘春奈、山元淳平、岩井成憲、菅澤薫、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 転写におけるクロマチン構造とダイナミクス2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントを標的とした細胞核抽出クロマチンの構造解析2022

    • Author(s)
      塩井琢郎、畠澤卓、大川恭行、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡解析から明らかになった新しいサブヌクレオソーム・H3-H4オクタソームの構造機能解析2022

    • Author(s)
      野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] H3-H4オクタソーム上で起こる転写機構の解析2022

    • Author(s)
      大井茉祐子、野澤佳世、西村正宏、滝沢由政、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] piRNA因子Rhinoとヌクレオソームの複合体構造解析2022

    • Author(s)
      大畑健汰、大角健、滝沢由政、塩見美喜子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ピキア酵母ヌクレオソームの立体構造および転写解析2022

    • Author(s)
      福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントH3.8を含むヌクレオソームの性状解析2022

    • Author(s)
      平井誠也、鯨井智也、大川恭行、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 転写共役修復におけるRNAポリメラーゼII-ヌクレオソーム複合体の構造ダイナミクス2022

    • Author(s)
      大角健、鯨井智也、滝沢由政、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] クロマチン結合因子DEKの構造とクロマチン制御機構2022

    • Author(s)
      鯨井智也、越後谷健太、岸雄介、滝沢由政、佐伯麻衣、増本博司、木村宏、後藤由季子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 細胞核内より抽出したクロマチンユニットのクライオ電顕構造解析2022

    • Author(s)
      滝沢由政、畠澤卓、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒトRAD52の液-液相分離におけるC末端側領域の役割2022

    • Author(s)
      木下千明、土屋怜平、鴨井一輝、滝沢由政、胡桃坂仁志、香川亘
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 生化学的解析から見えてきたRAD52のRNA依存的DNA修復における機能2022

    • Author(s)
      土屋怜平、五月女美香、木下千明、鴨井一輝、荻野駿、香川亘
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 転写伸長におけるヌクレオソームの崩壊と再構築機構の構造生物学的解析2022

    • Author(s)
      鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] ヌクレオソームにおけるヒストンN末端テールによる転写制御2022

    • Author(s)
      大石匠美、畠澤卓、赤津綜隆、鯨井智也、林剛介、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
  • [Book] 実験医学 増刊号Vol.40 No.12「セントラルドグマの新常識」 『転写・翻訳の驚きの新機構と再定義されるDNA・RNA・タンパク質の世界』第2章「転写の新常識」1.「クロマチンにおける転写機構の新たな知見」2022

    • Author(s)
      鯨井智也、胡桃坂仁志
    • Total Pages
      264
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-0404-3
  • [Remarks] 東京大学 定量生命科学研究所 胡桃坂仁志研究室

    • URL

      https://www.iqb.u-tokyo.ac.jp/kurumizakalab/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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