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2021 Fiscal Year Annual Research Report

複雑骨格天然物生合成酵素の精密構造機能解析に基づく合成生物学と創薬

Research Project

Project/Area Number 20H00490
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

阿部 郁朗  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 淡川 孝義  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (80609834)
森 貴裕  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (60734564)
牛丸 理一郎  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (10873648)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords合成生物学 / 生合成工学 / 酵素工学 / 天然物化学
Outline of Annual Research Achievements

複雑骨格天然物の新奇な生合成マシナリーの詳細とその立体構造基盤の解明と創薬を目的とした。本研究では、人為的な機能制御と分子多様性創出の格好のモデルともいえる、強力なタンパクリン酸化酵素活性化作用を示すテレオシジンなど、テルペンインドール・アルカロイドとその関連化合物をとりあげた。有機化学を基盤として、その生合成マシナリーの詳細を酵素・遺伝子レベルで明らかにするとともに、酵素反応機構とその立体構造基盤を解明した。また、酵素タンパクの立体構造情報に基づく合理的な触媒機能の改変により、さらなる分子多様性と新規骨格の創出をめざした。本研究により合成生物学と創薬研究の革新的ツールとなる超天然型新規生体触媒と創薬シード化合物の創製を実現をめざした。
2021年度は、抗生物質アルテミシジンの生合成経路を解明し、その生合成の初発反応として、補酵素NADとSAMを基質として受け入れ、二回のC-C結合形成により、ジヒドロアザインダン生成物を与える新規生合成酵素SbzPを見出すことに成功した。補酵素として広く知られているNADを、天然物の基本骨格生合成反応の基質として受け入れ、生成物を与える酵素としては、最初で唯一の報告となった。さらに、SbzP相同遺伝子が細菌ゲノムに広く分布し、同様の生合成経路が天然に幅広く存在することを明らかにした。加えて、一回の反応で基質に3つの酸素原子を導入する世界初の新奇酸素添加酵素の立体構造基盤の解明と酵素機能改変などにも成功した。その他関連酵素の機能解析、機能改変にも成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新型コロナウイルス感染症拡大に伴い、予定していたポスドクの来日が遅れ、国内外の学会、研究打ち合わせのキャンセルなどのため当初遅れがあったが、一方で、質量ともに充実した研究成果を挙げることに成功した。内外との共同研究者とも着実に多くの優れた論文として結実した。

Strategy for Future Research Activity

2022年度は最終年度。引き続き、関連する複雑国家ウ天然物を取り上げ、その生合成マシナリーの詳細を酵素・遺伝子レベルで明らかにするとともに、酵素反応機構とその立体構造基盤を解明する。また、酵素タンパクの立体構造情報に基づく合理的な触媒機能の改変により、さらなる分子多様性と新規骨格の創出する。本研究により合成生物学と創薬研究の革新的ツールとなる超天然型新規生体触媒と創薬シード化合物の創製を実現をめざす。3年間の研究成果を取りまとめる。

  • Research Products

    (22 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (16 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 6 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 曁南大学/浙江大学/中国科学院(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      曁南大学/浙江大学/中国科学院
  • [Int'l Joint Research] ボン大学/ライプツィヒ大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ボン大学/ライプツィヒ大学
  • [Journal Article] β-NAD as a building block in natural product biosynthesis2021

    • Author(s)
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Shirai Kohei、Hu Zhijuan、Bashiri Ghader、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 600 Pages: 754~758

    • DOI

      10.1038/s41586-021-04214-7

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Molecular insights into the endoperoxide formation by Fe(II)/α-KG-dependent oxygenase NvfI2021

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Zhai Rui、Ushimaru Richiro、Matsuda Yudai、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 4417-4417

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24685-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Heterodimeric Non-heme Iron Enzymes in Fungal Meroterpenoid Biosynthesis2021

    • Author(s)
      Li Xinyang、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Ling Meiqi、Hu Dan、Wu Bin、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 143 Pages: 21425~21432

    • DOI

      10.1021/jacs.1c11548

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Stereodivergent Nitrocyclopropane Formation during Biosynthesis of Belactosins and Hormaomycins2021

    • Author(s)
      Shimo Shotaro、Ushimaru Richiro、Engelbrecht Alicia、Harada Mei、Miyamoto Kazunori、Kulik Andreas、Uchiyama Masanobu、Kaysser Leonard、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 143 Pages: 18413~18418

    • DOI

      10.1021/jacs.1c10201

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] C-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes2021

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Kumano Takuto、He Haibing、Watanabe Satomi、Senda Miki、Moriya Toshio、Adachi Naruhiko、Hori Sanae、Terashita Yuzu、Kawasaki Masato、Hashimoto Yoshiteru、Awakawa Takayoshi、Senda Toshiya、Abe Ikuro、Kobayashi Michihiko
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 6294-6294

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26585-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Aziridine Formation by a FeII /α‐Ketoglutarate Dependent Oxygenase and 2‐Aminoisobutyrate Biosynthesis in Fungi2021

    • Author(s)
      Bunno Reito、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Pages: 15827~15831

    • DOI

      10.1002/anie.202104644

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] One Polyketide Synthase, Two Distinct Products:Trans‐Acting Enzyme‐Controlled Product Divergence in Calbistrin Biosynthesis2021

    • Author(s)
      Tao Hui、Mori Takahiro、Wei Xingxing、Matsuda Yudai、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Pages: 8851~8858

    • DOI

      10.1002/anie.202016525

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural Basis for Isomerization Reactions in Fungal Tetrahydroxanthone Biosynthesis and Diversification2021

    • Author(s)
      Yang Jiali、Mori Takahiro、Wei Xingxing、Matsuda Yudai、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Pages: 19458~19465

    • DOI

      10.1002/anie.202107884

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Insights into phosphatase-activated chemical defense in a marine sponge holobiont2021

    • Author(s)
      Jomori Takahiro、Matsuda Kenichi、Egami Yoko、Abe Ikuro、Takai Akira、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      RSC Chemical Biology

      Volume: 2 Pages: 1600~1607

    • DOI

      10.1039/D1CB00163A

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemistry of fungal meroterpenoid cyclases2021

    • Author(s)
      Barra Lena、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Natural Product Reports

      Volume: 38 Pages: 566~585

    • DOI

      10.1039/D0NP00056F

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enzymatic Formation of Indolactam Scaffold by C-N Bond‐Forming Cytochrome P450 Oxidases in Teleocidin Biosynthesis2021

    • Author(s)
      Morita Iori、Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Chemistry - A European Journal

      Volume: 27 Pages: 2963~2972

    • DOI

      10.1002/chem.202003899

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enzymology and biosynthesis of the orsellinic acid derived medicinal meroterpenoids2021

    • Author(s)
      Tao Hui、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Current Opinion in Biotechnology

      Volume: 69 Pages: 52~59

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2020.11.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biosynthesis of alkyne-containing natural products2021

    • Author(s)
      Li Xinyang、Lv Jian-Ming、Hu Dan、Abe Ikuro
    • Journal Title

      RSC Chemical Biology

      Volume: 2 Pages: 166~180

    • DOI

      10.1039/D0CB00190B

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Extensive expansion of the chemical diversity of fusidane-type antibiotics using a stochastic combinational strategy2021

    • Author(s)
      Song Xiaojun、Lv Jianming、Cao Zhiqin、Huang Huiyun、Chen Guodong、Awakawa Takayoshi、Hu Dan、Gao Hao、Abe Ikuro、Yao Xinsheng
    • Journal Title

      Acta Pharmaceutica Sinica B

      Volume: 11 Pages: 1676~1685

    • DOI

      10.1016/j.apsb.2020.12.007

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Reconstitution of Polyketide-Derived Meroterpenoid Biosynthetic Pathway in Aspergillus oryzae2021

    • Author(s)
      Awakawa Takayoshi、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of Fungi

      Volume: 7 Pages: 486~486

    • DOI

      10.3390/jof7060486

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biosynthesis of sulfonamide and sulfamate antibiotics in actinomycete2021

    • Author(s)
      Awakawa Takayoshi、Barra Lena、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      Volume: 48 Pages: 001-001

    • DOI

      10.1093/jimb/kuab001

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 人工生合成マシナリーの合理的再構築による次世代天然物化学2022

    • Author(s)
      阿部郁朗
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型)生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学、取りまとめ公開シンポジウム、オンライン
    • Invited
  • [Presentation] 天然物生合成マシナリーの合理的再構築による次世代天然物創薬2021

    • Author(s)
      阿部郁朗
    • Organizer
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム、北海道大学、札幌
    • Invited
  • [Presentation] Unique enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesi2021

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      9th Yangtze River Delta Marine Biomedicine International Forum” (YRDMB 2021), Nanjing (Online), China
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

URL: 

Published: 2023-12-25  

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