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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Construction and control of macrophage-like molecular robots by digital-to-molecular information transformation

Research Project

Project/Area Number 20H00619
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (20511249)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊野 浩介  東北大学, 工学研究科, 准教授 (00509739)
尾上 弘晃  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (30548681)
野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)
佐藤 佑介  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (60830560)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords分子ロボティクス / DNAナノテクノロジー / 電気化学 / 人工細胞 / ソフトマター
Outline of Annual Research Achievements

マクロファージは、病原体を食べて殺菌するとともに、病原体の情報を他の免疫細胞に伝える役割もする免疫細胞である。本研究では、これを模倣した「マクロファージ型分子ロボット」を構築するとともに、ディジタルの世界と当該分子ロボットをつないで、ディジタルハイブリッドな分子ロボットを構築することを目的とする。今年度は、計画に則って、以下のような研究を進めた。
(1)分子ロボットへのターゲット細胞認識能力の付与:分子ロボットのボディとして、Y字型DNAナノ構造をネットワーク状に集積させてDNAゲルを構築した。研究代表者・瀧ノ上は、分担者・佐藤、分担者・野村と協力しながら、生体分子の認識のために、DNAゲルに、分子認識ができるDNA/RNA(アプタマ)や、細胞表面の抗原を認識する抗体を修飾する方法を検討し、実際に結合できることが分かった。また、均一サイズのDNAゲルを生成するマイクロ流体デバイスについての検討も行った。また、分担者・尾上と代表者・瀧ノ上は、DNAをポリマーゲル中に導入する方法の検討も行った。
(2)薬剤カプセルへの細胞融合能力の付与:薬剤カプセルとして、脂質二重膜小胞(リポソーム)を用いる。分担者・野村を中心に、DNAゲル・DNA液滴に内包するためのリポソームを簡便に生成する技術の検討を行った。
(3)分子ロボットの情報取得とディジタル化:分子ロボットが取得した情報をディジタル情報に変換する手法を開発する。分担者・伊野を中心に、微小電極によって、電気化学的にDNAゲルを計測する技術の開発を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

代表者・瀧ノ上は、分担者・佐藤と協力して、DNAゲル・DNA液滴を利用した分子ロボットへのターゲットセンシング機能のための分子反応の設計を行った。特に、核酸の鎖置換反応がDNA液滴の相分離を誘起できる仕組みを検討し、当初の予定の生体分子・細胞センシングのための基礎を作った。分担者・尾上も別の方法により、分子センシングをできる技術を検討した。分担者・野村は、ターゲットになる細胞のタンパク質の検討について、瀧ノ上と協力しながら進めるとともに、リポソーム構築技術を発展させた。分担者・伊野は、DNAゲルと電気計測の融合という新しい問題に取り掛かることができた。年度末の東北地方での地震により、一部の実験を次年度に繰り越すことになったが、それまでの段階で大きく進んでいたため、進捗の大勢に全く影響がなく実施できた。そのため、「おおむね順調に進展している」と判断した。

Strategy for Future Research Activity

代表者・瀧ノ上と分担者・佐藤は、DNA液滴による生体分子・細胞のセンシングのためのDNA液滴の改良を進める。具体的には、入力が1つの単純なセンシングだけではなく、複数の入力によって、その入力パターンを判断できるような、分子コンピューティング機能を搭載したDNA液滴の開発を進め、「マクロファージ型分子ロボット」を実現するための基礎技術開発を構築することを目指す。また、分担者・尾上と協力して小分子も認識できるDNAゲルの構築をすすめる。分担者・野村は、リポソーム等の筐体でできた分子ロボットの生成と外部操作技術の開発をすすめるとともに、代表車・瀧ノ上と協力して、ターゲットとなる細胞の選定も行う。分担者・伊野は、引き続き、DNAゲル計測に向けた電気化学システムを開発する。

  • Research Products

    (14 results)

All 2020 Other

All Journal Article (5 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] “Quantification of the effect of site-specific histone acetylation on chromatin transcription rate”2020

    • Author(s)
      Masatoshi Wakamori, *Kohki Okabe, Kiyoe Ura, Takashi Funatsu, *Masahiro Takinoue, *Takashi Umehara
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: Vol. 48(22) Pages: 12648-12659

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1050

  • [Journal Article] “Sequence-based engineering of dynamic functions of micrometer-sized DNA droplets”2020

    • Author(s)
      Yusuke Sato, Tetsuro Sakamoto, *Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: Vol. 6 Pages: no. 23, 3471

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba3471

  • [Journal Article] “Collective ratchet transport generated by particle crowding under asymmetric sawtooth-shaped static potential”2020

    • Author(s)
      Masayuki Hayakawa, Yusuke Kishino, *Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      Advanced Intelligent Systems

      Volume: Vol. 2 Pages: 2000031

    • DOI

      10.1002/aisy.202000031

  • [Journal Article] “Surfactant concentration modulates the motion and placement of microparticles in an inhomogeneous electric field”2020

    • Author(s)
      Marcos K. Masukawa, Masayuki Hayakawa, *Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: vol.10 Pages: pp.8895-8904

    • DOI

      10.1039/D0RA00703J

  • [Journal Article] “Photolithographic shape control of DNA hydrogels by photo-activated self-assembly of DNA nanostructures”2020

    • Author(s)
      Yu Kasahara#, Yusuke Sato#, Marcos Masukawa, Yukiko Okuda, *Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      APL Bioengineering

      Volume: vol.4 Pages: 016109

    • DOI

      10.1063/1.5132929

  • [Presentation] “Soft matter biophysics study of DNA capsules and DNA droplets toward micrometer-sized molecular robots”2020

    • Author(s)
      Masahiro Takinoue
    • Organizer
      17th Annual Conference on FOUNDATIONS OF NANOSCIENCE: SELF-ASSEMBLED ARCHITECTURES AND DEVICES (FNANO20)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] “DNAのソフトマター物理による分子ロボティクス”2020

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 第13回ChemBioハイブリッドレクチャー
    • Invited
  • [Presentation] “光による液ーゲル相転移制御を通じたDNA自己集積体の流動性制御“2020

    • Author(s)
      鵜殿寛岳,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第7回サイボウニクス研究会
  • [Presentation] “液-液相分離現象を伴うDNAゲルによる核酸センシング”2020

    • Author(s)
      津村希望, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第7回サイボウニクス研究会
  • [Presentation] “DNA ナノ構造の液-液相分離による液滴形成と二次元界面への展開“2020

    • Author(s)
      佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [Presentation] “光応答性塩基を用いたDNA液体ーDNAゲルの相転移の光制御“2020

    • Author(s)
      鵜殿寛岳,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [Presentation] “粗視化Brown動力学法を用いた化学反応を伴うDNA 液滴の相分離シミュレーション”2020

    • Author(s)
      山本陽大, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [Presentation] “液-液相分離現象を伴うDNAゲルによる核酸センシング”2020

    • Author(s)
      津村希望, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [Remarks] 瀧ノ上研究室

    • URL

      http://takinoue-lab.jp/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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