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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Construction and control of macrophage-like molecular robots by digital-to-molecular information transformation

Research Project

Project/Area Number 20H00619
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (20511249)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊野 浩介  東北大学, 工学研究科, 准教授 (00509739)
尾上 弘晃  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (30548681)
野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)
佐藤 佑介  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (60830560)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords分子ロボティクス / DNAコンピューター / DNAナノテクノロジー / 人工細胞 / ソフトマター / 電気化学 / DNA液滴・RNA液滴 / 液-液相分離
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、「マクロファージ型分子ロボット」を構築するとともに、ディジタルの世界と当該分子ロボットをつないで、ディジタルハイブリッドな分子ロボットを構築することを目的としている。本年度は、この目標のため、以下のような研究を推進し、多くの成果を得た。
代表者の瀧ノ上は、マクロファージ型分子ロボットのためのDNA液滴を設計し直すことにより、生体の温度・塩濃度で液滴化して駆動できるDNA液滴分子ロボットを実現した。また、計画通り、分担者の野村と協力してDNA液滴分子ロボットの中にリポソームを封入する技術のこうちくにも成功した。また、野村と協力し、がん細胞を選択的に認識できるDNA液滴分子ロボットの実現にも成功している。さらに野村は、リポソームやゲルによる分子ロボットの集団化技術に成功している。分担者の尾上は、DNAアプタマーをポリアクリルアミドゲルに統合したDNAアプタマーゲルによる生化学物質のセンシングを実現した。DNAロジックゲートにより、カフェインとヒスタミンの両方が存在するときのみ、DNAアプタマーゲルの機械的な膨潤が確認された。分担者の伊野は、電気的相互作用を用いたDNAハイドロゲル作製法を考案し、細胞培養への応用を行った。また、DNAハイドロゲルに包埋された培養細胞の機能を、電気化学計測に評価する手法を提案した。分担者の佐藤は、DNAの反応ネットワークを用いて、DNA液滴の形成を時空間的に制御することに成功した。ガラスキャピラリー内にで、時間経過とともにキャピラリーの片側のみで液滴形成が進行することを確認した。また、瀧ノ上と協力して、DNA液滴をDNAオリガミ膜でカプセル化する技術にも成功している。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (41 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Cambridge/Imperial College London(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Cambridge/Imperial College London
  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University/New York University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University/New York University
  • [Int'l Joint Research] University of Geneva(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      University of Geneva
  • [Journal Article] Scanning electrochemical microscopy for determining oxygen consumption rates of cells in hydrogel fibers fabricated using an extrusion 3D bioprinter2024

    • Author(s)
      Ino Kosuke、Wachi Mana、Utagawa Yoshinobu、Konno An、Takinoue Masahiro、Abe Hiroya、Shiku Hitoshi
    • Journal Title

      Analytica Chimica Acta

      Volume: 1304 Pages: 342539~342539

    • DOI

      10.1016/j.aca.2024.342539

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Liquid DNA Coacervates form Porous Capsular Hydrogels via Viscoelastic Phase Separation on Microdroplet Interface2024

    • Author(s)
      Morita Masamune、Sakamoto Tetsuro、Nomura Shin‐ichiro M.、Murata Satoshi、Yanagisawa Miho、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Materials Interfaces

      Volume: 11 Pages: 2300898

    • DOI

      10.1002/admi.202300898

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA-origami-armored DNA condensates2024

    • Author(s)
      Yamashita Nagi、Sato Yusuke、Suzuki Yuki、Ishikawa Daisuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      ChemRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2024-njhv3

    • Open Access
  • [Journal Article] Fabrication and Cell Culture Applications of Core‐Shell Hydrogel Fibers Composed of Chitosan/DNA Interfacial Polyelectrolyte Complexation and Calcium Alginate: Straight and Beaded Core Variations2023

    • Author(s)
      Utagawa Yoshinobu、Ino Kosuke、Takinoue Masahiro、Shiku Hitoshi
    • Journal Title

      Advanced Healthcare Materials

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1002/adhm.202302011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sequence-dependent fusion dynamics and physical properties of DNA droplets2023

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Nanoscale Advances

      Volume: 5 Pages: 1919~1925

    • DOI

      10.1039/D3NA00073G

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Programmable computational RNA droplets assembled via kissing-loop interaction2023

    • Author(s)
      Udono Hirotake、Fan Minzhi、Saito Yoko、Ohno Hirohisa、Nomura Shin-ichiro、Shimizu Yoshihiro、Saito Hirohide、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      ChemRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2023-qjw7w

    • Open Access
  • [Presentation] miRNAの入力に応じてAND演算を行うRNA液滴2024

    • Author(s)
      鵜殿寛岳、范敏之、齊藤洋子、大野博久、野村M.慎一郎、清水義宏、齊藤博英、瀧ノ上正浩
    • Organizer
      CBI学会分子ロボット倫理研究会
  • [Presentation] DNAオリガミ構造体の自己集合化によるDNAオリガミ装甲化DNA凝縮体の構築2024

    • Author(s)
      山下和誼,佐藤佑介,鈴木勇輝,石川大輔,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] Dual-sensing Mechanical Hydrogel Biosensor Composed by Aptamer Recognition and DNA Logic Gates2024

    • Author(s)
      Satofumi Kato, Masahiro Takinoue, Hiroaki Onoe
    • Organizer
      The 36th International Conference on Micro Electro Mechanical Systems (MEMS 2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] プログラム可能な相分離液滴による分子コンピューティングと人工細胞構築2024

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      サイテックサロン
    • Invited
  • [Presentation] Selective liposome capture in DNA droplets (DNA液滴における選択的なリポソーム捕捉)2023

    • Author(s)
      Ryoya Hasegawa, Jing Gong, Shin-Ichiro M. Nomura, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 生体条件下におけるDNA液滴への選択的ナノリポソームの取り込み2023

    • Author(s)
      長谷川諒弥、Jing Gong、野村 M. 慎一郎、瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] DNA condensate capable of photocontrollable rheological change creates multi-mode DNA microflow2023

    • Author(s)
      Hirotake Udono, Shin-ichiro. M. Nomura, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      The 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kissing-loop相互作用により構築されたRNA液滴によるAND論理演算2023

    • Author(s)
      鵜殿寛岳、范敏之、齊藤洋子、大野博久、野村M.慎一郎、清水義宏、齊藤博英、瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Control of deoxyribozyme activity by computational DNA droplets2023

    • Author(s)
      Naoki Yoshida, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] DNA liquid-liquid phase separation engineering for a switch element in DNA reaction networks2023

    • Author(s)
      Yuta Aizaki, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      The 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Design of phase-separation switch element for DNA droplet. (DNA液滴のための相分離スイッチ素子の設計)2023

    • Author(s)
      Yuta Aizaki, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Controlled division of DNA droplet-based artificial cells coupled with enzymatic time delay circuit2023

    • Author(s)
      Tomoya Maruyama, Ryohei Furuichi, Akihito Yamamoto, Jing Gong, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      The 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA液滴ベース人工細胞の分裂時間制御2023

    • Author(s)
      丸山智也, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会 16.0
  • [Presentation] Controlled division of DNA droplet-based artificial cells coupled with enzymatic time delay circuit2023

    • Author(s)
      丸山智也, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] DNAオリガミマイクロカプセルとDNAハイドロゲルでできた異種人工細胞間の通信2023

    • Author(s)
      山下和誼,Marcos K. Masukawa,茶野真由美,佐藤佑介,湊元幹太,吉川研一,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会16.0
  • [Presentation] STIMULI-RESPONSIVE DNA ORIGAMI MICROCAPSULES2023

    • Author(s)
      Nagi Yamashita,Marcos K. Masukawa,Mayumi Chano,Yusuke Sato,Kanta Tsumoto,Kenichi Yoshikawa,Masahiro Takinoue
    • Organizer
      The 27th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (microTAS2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Communication between different types of artificial cells based on DNA origami microcapsules and DNA hydrogels2023

    • Author(s)
      Nagi Yamashita,Marcos K. Masukawa,Mayumi Chano,Yusuke Sato,Kanta Tsumoto,Kenichi Yoshikawa,Masahiro Takinoue
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] DNAコンピューティング液滴の金表面上での液-液相分離2023

    • Author(s)
      吉田光輝,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] DNAゲルコンピューティングの計測に向けた電気デバイスの開発2023

    • Author(s)
      吉田光輝,瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第14回マイクロ・ナノ工学シンポジウム
  • [Presentation] Assembly and Applications of Liquid-like Condensates Formed from Sequence-Designed DNA nanostructures2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      The 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of spatiotemporal formation of DNA droplets2023

    • Author(s)
      甲斐省吾,佐藤佑介
    • Organizer
      CBI学会2023年大会
  • [Presentation] 核酸診断のための増幅機能を持つDNA液滴コンピュータの開発2023

    • Author(s)
      堀田遥香
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] 核酸をセンシングして自律移動する微小DNA液滴2023

    • Author(s)
      高木幹太, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第48回化学とマイクロ・ナノシステム学会
  • [Presentation] 核酸をセンシングして自律移動するDNA液滴の構築2023

    • Author(s)
      高木幹太, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] Artificial cell engineering with DNA droplets2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      Build-a-Cell Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 分子コンピュータと人工生命2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第54回一橋祭「一橋大学・東京工業大学合同講義」
    • Invited
  • [Presentation] ゲノムサイズの核酸集合体の液-液相分離のデザイン・制御と応用2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 分子ロボットがひらく未来2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      読売テクノ・フォーラムセミナー
    • Invited
  • [Presentation] DNA/RNAの液-液相分離液滴の制御2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      ソフトバイオ研究会2023
    • Invited
  • [Presentation] DNA コンピューティングに基づく知的人工細胞の構築2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      電子情報通信学会 システムナノ技術に関する特別研究専門委員会
    • Invited
  • [Presentation] 非平衡システムによる動的な人工細胞の構築2023

    • Author(s)
      瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第一回「物質、デバイス、生命の融合」研究会
    • Invited
  • [Remarks] 瀧ノ上研究室ホームページ

    • URL

      https://takinoue-lab.jp/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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