2021 Fiscal Year Annual Research Report
リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明
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20H00624
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福永 津嵩 早稲田大学, 高等研究所, 講師(任期付) (80791433)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | lncRNA / BERT / RNA結合タンパク質 / リピート要素 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
・大規模言語モデルを用いてRNA-タンパク質相互作用予測を行うモデルRBP-BERTを構築した．154個のRBPのeCLIP-seqデータを用いた評価実験により，提案モデルは他の最先端の予測モデルを凌駕していることがわかった。さらに、詳細な解析により、BERT-RBPは、配列情報のみに基づいて転写領域の種類とRNAの二次構造の両方を認識できることが明らかになった．以上より，RBP-BERTは予測精度と解釈性を兼ね備えた優れたモデルであることが示された．
・研究成果をレビュー論文"Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs"としてまとめ，Methods in Molecular Biologyに掲載された．本論文ではncRNAにおける繰り返し要素の役割を明らかにする最近の知見を要約し，さらに，関連するバイオインフォマティクスアプローチを系統的にレビューした．これらはncRNAにおける繰り返し要素の機能的影響を研究するための貴重なリソースを提供することが期待される．
・特にリピート要素に着目してRNA-RNA相互作用の予測を行った．
・共同研究により酵母のRNA機能エレメントを新たに発見した．機能エレメントの意義は実験により明らかにされている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
RNA-タンパク質相互作用，RNA-RNA相互作用の観点からリピート要素の役割が解明されつつあるため．
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続きリピート要素のlncRNA機能における役割を網羅的に明らかにしていく
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