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2022 Fiscal Year Annual Research Report

リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明

Research Project

Project/Area Number 20H00624
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

浜田 道昭  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 福永 津嵩  早稲田大学, 高等研究所, 准教授(任期付) (80791433)
足達 俊吾  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (90783803)
小野口 真広  早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
KeywordslncRNA / トランスポゾン / RNA結合タンパク質 / 難溶性RNA
Outline of Annual Research Achievements

リピート要素のde novo発見ツールREPriseの改善と論文投稿: in-exact seedを用いた高感度のリピート要素発見手法であるREPriseの改善を行った。T2Tのヒトゲノムに対して適用し、複数の新規のリピートの発見を行った。ソフトウェアはgithubに公開している(https://github.com/hmdlab/REPrise)。プレプリントはbioRxivに公開済みである(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.21.576581v1)。
LINE1に結合するRNA結合タンパク質(RBP)の網羅的同定と特徴付け:質量分析を用いて、LINE1に結合するタンパク質の網羅的同定を行い情報解析と組み合わせることにより、LINE1の配列の機能エレメント候補の提案を行った。本研究で開発した技術(Tiling-MSに情報解析を組み合わせる)は、今後様々な応用が期待される(特許申請中)。
トランスポゾン(TE)とKRAB-ZFPの軍拡競争の解明:公共のChIP-seq/RNA-seqデータを網羅的に解析することによりTEとKRAB-ZFPの軍拡競争の可能性を網羅的に解析を行った。
深層学習技術を用いたRNAアクセシビリティの開発:深層学習技術を用いてRNAアクセシビリティを高速に計算する手法の開発を行い論文発表を行った(https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbinf.2023.1275787/full)。
難溶性RNAの同定とリピートの役割の解明:難溶性RNAの網羅的同定と難溶性RNAにおけるリピート要素の関連性を解析し論文として発表した(https://academic.oup.com/nar/article/51/15/7820/7224126)。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 9 results)

  • [Journal Article] REPrise:<i>de novo</i>interspersed repeat detection using inexact seeding2024

    • Author(s)
      Takeda Atsushi、Nonaka Daisuke、Imazu Yuta、Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: na Pages: na

    • DOI

      10.1101/2024.01.21.576581

  • [Journal Article] Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines2023

    • Author(s)
      Zeng Chao、Chujo Takeshi、Hirose Tetsuro、Hamada Michiaki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 51 Pages: 7820~7831

    • DOI

      10.1093/nar/gkad567

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning2023

    • Author(s)
      Hara Kaisei、Iwano Natsuki、Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • Journal Title

      Frontiers in Bioinformatics

      Volume: 3 Pages: na

    • DOI

      10.3389/fbinf.2023.1275787

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      千代田稲門会2023年度定時総会講演会
    • Invited
  • [Presentation] RNA構造予測ソフトウエアの紹介と比較2023

    • Author(s)
      浜田道昭,栗崎以久男
    • Organizer
      NPO法人mRNAターゲット創薬研究機構 2023年度 第1回講演会
    • Invited
  • [Presentation] RNAバイオインフォマティクスを用いた核酸医薬研究2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第8回年会 教育セッション(生物)
    • Invited
  • [Presentation] mRNAのトータルデザインに向けた情報技術2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第8回年会 mRNAシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 情報科学を用いたmRNA・核酸医薬研究2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      第8回 mRNA薬検討会
    • Invited
  • [Presentation] バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      先進技術研究会
    • Invited
  • [Presentation] バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      早稲田大学校友会 稲門医師会 第8回総会
    • Invited
  • [Presentation] 核酸医薬研究を加速する情報技術の開発と応用2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      第453回CBI学会講演会「中分子創薬を革新する計算科学、情報科学の最前線」
    • Invited
  • [Presentation] RNA創薬を加速する情報技術、[S41] 外来性RNAに対する防御機構解明が切り拓くRNA創薬のニューフロンティア2023

    • Author(s)
      浜田道昭
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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