2022 Fiscal Year Annual Research Report
リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明
| Project/Area Number |
20H00624
|
|---|
| Research Institution | Waseda University |
|---|
Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福永 津嵩 早稲田大学, 高等研究所, 准教授(任期付) (80791433)
足達 俊吾 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (90783803)
小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
|
| Keywords | lncRNA / トランスポゾン / RNA結合タンパク質 / 難溶性RNA |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
リピート要素のde novo発見ツールREPriseの改善と論文投稿： in-exact seedを用いた高感度のリピート要素発見手法であるREPriseの改善を行った。T2Tのヒトゲノムに対して適用し、複数の新規のリピートの発見を行った。ソフトウェアはgithubに公開している（https://github.com/hmdlab/REPrise）。プレプリントはbioRxivに公開済みである（https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.21.576581v1）。
LINE1に結合するRNA結合タンパク質（RBP）の網羅的同定と特徴付け：質量分析を用いて、LINE1に結合するタンパク質の網羅的同定を行い情報解析と組み合わせることにより、LINE1の配列の機能エレメント候補の提案を行った。本研究で開発した技術（Tiling-MSに情報解析を組み合わせる）は、今後様々な応用が期待される（特許申請中）。
トランスポゾン（TE）とKRAB-ZFPの軍拡競争の解明：公共のChIP-seq/RNA-seqデータを網羅的に解析することによりTEとKRAB-ZFPの軍拡競争の可能性を網羅的に解析を行った。
深層学習技術を用いたRNAアクセシビリティの開発：深層学習技術を用いてRNAアクセシビリティを高速に計算する手法の開発を行い論文発表を行った（https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbinf.2023.1275787/full）。
難溶性RNAの同定とリピートの役割の解明：難溶性RNAの網羅的同定と難溶性RNAにおけるリピート要素の関連性を解析し論文として発表した（https://academic.oup.com/nar/article/51/15/7820/7224126）。
|
| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
|
