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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular pathogenesis of human disorders associated with deficiencies in the DNA repair and environmental stress response systems

Research Project

Project/Area Number 20H00629
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

荻 朋男  名古屋大学, 環境医学研究所, 教授 (80508317)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 光武 範吏  長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (50404215)
真下 知士  東京大学, 医科学研究所, 教授 (80397554)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords環境ストレス・環境変異原 / DNA修復・転写共役修復 / ゲノムインスタビリティ / DNA修復欠損性疾患 / がん・老化関連疾患
Outline of Annual Research Achievements

環境ストレスの多くは、生物の遺伝情報が格納されるゲノムDNAに損傷を誘発する。DNA損傷は適切な遺伝子の発現を妨げることで、細胞機能の維持に障害をきたすと同時に、DNA合成を阻害し遺伝情報の劣化をもたらす。このため、環境ストレスへの過度な曝露は、老化や発がんを含む様々な疾患の発症と密接に関係する。本研究では、生体内外の環境に由来する様々なストレスに起因するDNA損傷に対する、DNA修復機構や環境ストレス応答機構の分子メカニズムの作動原理と、これらが障害されることで生じる生体影響について、トランスオミクス解析 (ゲノム/遺伝子発現/モデル動物/ヒト疾患症例)を用いた横断的な研究により理解を深め、関連するヒト疾患の病態解明を目指している。
環境ストレス応答機構に異常を持つ複数系統のモデルマウスについて、継続した解析を実施した。その中で、アルデヒド代謝異常を示すモデルマウスと転写共役修復機構に異常を示すモデルマウスについて解析したところ、アルデヒド代謝異常と転写共役修復異常をそれぞれ個別に示す個体と比較して、両者の異常を同時に示す個体では、表現型がより重篤になることが判明した。アルデヒド代謝異常と転写共役修復機構の関係について、より詳細な検討を進めるため、DNA損傷の1種であるDNA-蛋白質間架橋 (DNA-protein crosslink: DPC)の発生と修復をゲノムワイドに検出する新たな技術としてDPC-seqを構築した。DPC-seq解析、精密質量分析による相互作用解析、モデル細胞を用いた分子・細胞生物学的解析から、転写が活発に行われているゲノム領域のDPC除去に転写共役修復機構が関与することが明らかとなった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (32 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (16 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 11 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 10 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Sussex Univ./GDSC(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Sussex Univ./GDSC
  • [Int'l Joint Research] LUMC(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      LUMC
  • [Int'l Joint Research] CNR(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      CNR
  • [Journal Article] Endogenous aldehyde-induced DNA-protein crosslinks are resolved by transcription-coupled repair2024

    • Author(s)
      Oka Yasuyoshi、Nakazawa Yuka、Shimada Mayuko、Ogi Tomoo
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41556-024-01401-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A case of Cockayne syndrome with unusually mild clinical manifestations2023

    • Author(s)
      Tsujimoto Mariko、Nakano Eiji、Nakazawa Yuka、Kanda Fumio、Ueda Takehiro、Ogi Tomoo、Nishigori Chikako
    • Journal Title

      The Journal of Dermatology

      Volume: 50 Pages: 541~545

    • DOI

      10.1111/1346-8138.16679

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Deep intronic founder mutations identified in the ERCC4/XPF gene are potential therapeutic targets for a high-frequency form of xeroderma pigmentosum2023

    • Author(s)
      Senju Chikako、Nakazawa Yuka、Oso Taichi、Shimada Mayuko、Kato Kana、Matsuse Michiko、Tsujimoto Mariko、Masaki Taro、Miyazaki Yasushi、Fukushima Satoshi、Tateishi Satoshi、Utani Atsushi、Murota Hiroyuki、Tanaka Katsumi、Mitsutake Norisato、Moriwaki Shinichi、Nishigori Chikako、Ogi Tomoo
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: e2217423120

    • DOI

      10.1073/pnas.2217423120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Lysosomal cholesterol overload in macrophages promotes liver fibrosis in a mouse model of NASH2023

    • Author(s)
      Itoh Michiko、Tamura Atsushi、Kanai Sayaka、Tanaka Miyako、Kanamori Yohei、Shirakawa Ibuki、Ito Ayaka、Oka Yasuyoshi、Hidaka Isao、Takami Taro、Honda Yasushi、Maeda Mitsuyo、Saito Yasuyuki、Murata Yoji、Matozaki Takashi、Nakajima Atsushi、Kataoka Yosky、Ogi Tomoo、Ogawa Yoshihiro、Suganami Takayoshi
    • Journal Title

      Journal of Experimental Medicine

      Volume: 220 Pages: e20220681

    • DOI

      10.1084/jem.20220681

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mitochondria-associated membrane collapse impairs TBK1-mediated proteostatic stress response in ALS2023

    • Author(s)
      Watanabe Seiji、Murata Yuri、Oka Yasuyoshi、Oiwa Kotaro、Horiuchi Mai、Iguchi Yohei、Komine Okiru、Sobue Akira、Katsuno Masahisa、Ogi Tomoo、Yamanaka Koji
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: e2315347120

    • DOI

      10.1073/pnas.2315347120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Two patients with Hailey-Hailey disease with novel pathogenic ATP2C1 variants suggesting possible genotype/phenotype correlations2023

    • Author(s)
      Omi Michiya、Takeichi Takuya、Ito Yasutoshi、Yoshikawa Takenori、Mizutani Yuki、Nagai Miki、Seishima Mariko、Ogi Tomoo、Muro Yoshinao、Akiyama Masashi
    • Journal Title

      The Journal of Dermatology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1111/1346-8138.17081

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Patients with keratinization disorders due to ABCA12 variants showing pityriasis rubra pilaris phenotypes2023

    • Author(s)
      Takeichi Takuya、Hamada Takahiro、Yamamoto Mayuko、Ito Yasutoshi、Kawaguchi Aya、Kobashi Haruka、Yoshikawa Takenori、Koga Hiroshi、Ishii Norito、Nakama Takekuni、Muro Yoshinao、Ogi Tomoo、Akiyama Masashi
    • Journal Title

      The Journal of Dermatology

      Volume: 51 Pages: 101~105

    • DOI

      10.1111/1346-8138.16967

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Germline variants in tumor suppressor FBXW7 lead to impaired ubiquitination and a neurodevelopmental syndrome2022

    • Author(s)
      Stephenson Sarah E.M.、(他70名)、Ogi Tomoo、(他33名)、Tan Tiong Yang
    • Journal Title

      The American Journal of Human Genetics

      Volume: 109 Pages: 601~617

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2022.03.002

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Epithelioid cell granuloma formation in CARD14-associated papulosquamous eruptions2022

    • Author(s)
      Takeichi T, Ikeda K, Muro Y, Ogi T, Morizane S, Akiyama M.
    • Journal Title

      Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology

      Volume: 36 Pages: e369~e371

    • DOI

      10.1111/jdv.17890

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expanding the phenotypic spectrum of ARCN1-related syndrome2022

    • Author(s)
      Ritter Alyssa L.、(他18名)、Ogi Tomoo、(他21名)、Izumi Kosuke
    • Journal Title

      Genetics in Medicine

      Volume: 24 Pages: 1227~1237

    • DOI

      10.1016/j.gim.2022.02.005

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Case of ichthyosis with confetti caused by KRT10 mutation, complicated with multiple malignant melanomas.2022

    • Author(s)
      Ito Yasutoshi、Takeichi Takuya、Nakagawa Koichi、Tanahashi Kana、Muro Yoshinao、Ogi Tomoo、Akiyama Masashi
    • Journal Title

      The Journal of Dermatology

      Volume: 49 Pages: 2228~e229

    • DOI

      10.1111/1346-8138.16348

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deep Phenotyping of Superficial Epidermolytic Ichthyosis due to a Recurrent Mutation in KRT22022

    • Author(s)
      Suzuki Yuika、Takeichi Takuya、Tanahashi Kana、Muro Yoshinao、Suga Yasushi、Ogi Tomoo、Akiyama Masashi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Pages: 7791~7791

    • DOI

      10.3390/ijms23147791

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The iodide transporter Slc26a7 impacts thyroid function more strongly than Slc26a4 in mice2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Naoya、Suzuki Atsushi、Yoshida Aya、Tanaka Tatsushi、Aoyama Kohei、Oishi Hisashi、Hara Yuichiro、Ogi Tomoo、Amano Izuki、Kameo Satomi、Koibuchi Noriyuki、Shibata Yasuhiro、Ugawa Shinya、Mizuno Haruo、Saitoh Shinji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 11259~11259

    • DOI

      10.1038/s41598-022-15151-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ceramide profiling of stratum corneum in Sjogren-Larsson syndrome2022

    • Author(s)
      Arai Ayami、Takeichi Takuya、Wakamoto Hiroyuki、Sassa Takayuki、Ito Yasutoshi、Murase Yuya、Ogi Tomoo、Akiyama Masashi、Kihara Akio
    • Journal Title

      Journal of Dermatological Science

      Volume: 107 Pages: 114~122

    • DOI

      10.1016/j.jdermsci.2022.08.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aicardi-Goutieres syndrome with SAMHD1 deficiency can be diagnosed by unscheduled DNA synthesis test2022

    • Author(s)
      Senju Chikako、Nakazawa Yuka、Shimada Mayuko、Iwata Dai、Matsuse Michiko、Tanaka Katsumi、Miyazaki Yasushi、Moriwaki Shinichi、Mitsutake Norisato、Ogi Tomoo
    • Journal Title

      Frontiers in Pediatrics

      Volume: 10 Pages: 1048002~1048002

    • DOI

      10.3389/fped.2022.1048002

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Global landscape of replicative DNA polymerase usage in the human genome2022

    • Author(s)
      Koyanagi Eri、Kakimoto Yoko、Minamisawa Tamiko、Yoshifuji Fumiya、Natsume Toyoaki、Higashitani Atsushi、Ogi Tomoo、Carr Antony M.、Kanemaki Masato T.、Daigaku Yasukazu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 7221~7221

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34929-8

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deep intronic mutations identified in XP-F cases are potential therapeutic targets for xeroderma pigm entosum2023

    • Author(s)
      Nakazawa Y, Senju C, Oso T, Kato K, Shimada M, Ogi T
    • Organizer
      The EXPS Annual Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNA修復機構の異常により発症する光線過敏を伴う遺伝性皮膚疾患の分子病態2023

    • Author(s)
      荻朋男
    • Organizer
      第74回日本皮膚科学会中部支部学術大会
    • Invited
  • [Presentation] Transcription-coupled repair of aldehyde-induced DNA damage2023

    • Author(s)
      岡泰由, 荻朋男
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会シンポジウム「多面化したDNA修復研究」
    • Invited
  • [Presentation] DNA損傷に対する生体内防御機構の理解とその破綻による疾患の分子病態2023

    • Author(s)
      荻朋男
    • Organizer
      令和5年度 国立大学附置研究所・センター会議 第2部会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Ubiquitination of RNA polymerase II and transcription-coupled repair2022

    • Author(s)
      Ogi T
    • Organizer
      Webinar for the IBS Center for Genomic Integrity
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 転写共役修復とヒトの疾患2022

    • Author(s)
      荻朋男
    • Organizer
      日本遺伝学会第94回大会ワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム安定維持機構の分子メカニズムとその破綻により発症する疾患の病態解明2022

    • Author(s)
      荻朋男
    • Organizer
      第83回応用物理学会秋季学術講演会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] RNA polymerase II ubiquitination regulates transcription-coupled repair2022

    • Author(s)
      Ogi T
    • Organizer
      The 29th Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists Conference & the 2022 Chinese Society of Biochemistry and Molecular Biology Online Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Genetic Diagnosis of Cockayne Syndrome2022

    • Author(s)
      Ogi T
    • Organizer
      Amy and Friends
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 転写共役修復機構の分子メカニズムとその破綻による生体影響の解明2022

    • Author(s)
      中沢由華, 岡泰由, 森永浩伸, 何予希, 荻朋男
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Digenic inheritanceにより発症するゲノム不安定性疾患の分子病態 -内因性アルデヒドによるDNA損傷と転写障害-2022

    • Author(s)
      荻朋男
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第67回大会シンポジウム
    • Invited
  • [Remarks] 名古屋大学環境医学研究所HP

    • URL

      http://www.riem.nagoya-u.ac.jp/index.html

  • [Remarks] 名古屋大学環境医学研究所 発生遺伝分野HP

    • URL

      http://www.riem.nagoya-u.ac.jp/4/genetics/index.html

URL: 

Published: 2024-12-25  

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