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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Creation of microbial cells as the innovative chassis for isoprenoid production

Research Project

Project/Area Number 20H02899
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

邊見 久  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (60302189)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 海野 英昭  長崎大学, 工学研究科, 准教授 (10452872)
伊藤 智和  名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (90584970)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsメバロン酸経路 / 古細菌 / イソプレノイド / 大腸菌
Outline of Annual Research Achievements

ATP消費量の少ない「低エネルギー負荷型」の代謝経路である古細菌型メバロン酸経路の大腸菌への導入により、イソプレノイド生産のモデルとして用いた揮発性セスキテルペンの生産性を向上させることに成功した。特にメバロン酸経路の一部酵素のプロモーターを強力なものに変更することにより、ファルネセン生産量を数倍に向上させることができた。
古細菌型メバロン酸経路に特異的に含まれる酵素について、酵素学的研究を進めるため、共同研究により有機合成したtrans-アンヒドロメバロン酸を用いた新たな酵素活性測定法を確立した。同化合物はホスホメバロン酸脱水酵素(PMDh)の生成物であり、かつホスホアンヒドロメバロン酸脱炭酸酵素(AMPD)の基質である。PMDhとAMPDをそれぞれ他酵素と組み合わせたカップリング反応の進行を比色定量することで、各酵素の速度論的解析を可能とした。
AMPDについては、プレニル化FMNという補酵素を要求することが既にわかっている。この補酵素を生合成するプレニル化FMN合成酵素(PFS)とAMPDの間に相互作用が存在することを明らかにした。ただし相互作用によって補酵素の受け渡し、すなわちAMPDのホロ化が進んでいるというデータは得られておらず、その生理的な意義は不透明である。
クライオ電子顕微鏡による古細菌由来プレニル基転移酵素の構造解析を目的としてサンプル調製を進めた。良質なグリッドを作製することはできたが、観察されるタンパク質の向きに偏りがあったため、最終的な構造解析には至らなかった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ファルネセン高生産大腸菌株の構築において、予想しなかったトラブルが発生したため、その解決と新たな生産株の構築に時間を要し、結果として研究期間を2022年度途中まで延長することとなった。しかし解決策(具体的には宿主の再選定)を見出してからは延長期間を含めて研究を順調に進めることができたため、進捗状況としてはおおむね順調に進展していると判断できる。

Strategy for Future Research Activity

ファルネセン高生産大腸菌株の構築において、一部大腸菌株の生育が極端に悪化し、ファルネセン生産が検出が難しくなるといった現象が観察された。おそらくプロモーターが誘導前に活性化され、前培養の段階で酵素発現が進み、それによる大腸菌株の生育阻害が起きていることが予想された。そこで、プロモーターの漏れを減らすために、インヒビターを保有する大腸菌株に宿主を変更することとした。研究期間を延長して研究を進めた結果、この予想は正しく、宿主の変更により安定した実験結果がえられるようになった。今後はそれらの大腸菌株を使ってファルネセン生産を検証する。

  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Int'l Joint Research] University of California Los Angeles(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of California Los Angeles
  • [Journal Article] Mechanism of Pyridoxine 5′-Phosphate Accumulation in Pyridoxal 5′-Phosphate-Binding Protein Deficiency2022

    • Author(s)
      Ito Tomokazu、Ogawa Honoka、Hemmi Hisashi、Downs Diana M.、Yoshimura Tohru
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 204 Pages: jb.00521-21

    • DOI

      10.1128/jb.00521-21

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification and functional analysis of a new type of Z,E‐mixed prenyl reductase from mycobacteria2022

    • Author(s)
      Abe Tohru、Hakamata Mariko、Nishiyama Akihito、Tateishi Yoshitaka、Matsumoto Sohkichi、Hemmi Hisashi、Ueda Daijiro、Sato Tsutomu
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 289 Pages: 4981~4997

    • DOI

      10.1111/febs.16412

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification and characterization of a serine racemase in the silkworm Bombyx mori2022

    • Author(s)
      Tanaka Yui、Yoshimura Tohru、Hakamata Maho、Saito Chiaki、Sumitani Megumi、Sezutsu Hideki、Hemmi Hisashi、Ito Tomokazu
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 172 Pages: 17~28

    • DOI

      10.1093/jb/mvac026

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Total Synthesis and Structure Confirmation of trans-Anhydromevalonate-5-phosphate, a Key Biosynthetic Intermediate of the Archaeal Mevalonate Pathway2021

    • Author(s)
      Yasuno Yoko、Nakayama Atsushi、Saito Kai、Kitsuwa Kohei、Okamura Hironori、Komeyama Mutsumi、Hemmi Hisashi、Shinada Tetsuro
    • Journal Title

      Journal of Natural Products

      Volume: 84 Pages: 2749~2754

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.1c00615

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Urinary l-erythro-β-hydroxyasparagine - a novel serine racemase inhibitor and substrate of the Zn2+-dependent d-serine dehydratase2021

    • Author(s)
      Ito Tomokazu、Tono Mayuka、Kitaura Yasuyuki、Hemmi Hisashi、Yoshimura Tohru
    • Journal Title

      Bioscience Reports

      Volume: 41 Pages: BSR20210260

    • DOI

      10.1042/BSR20210260

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Isopentenyl diphosphate/dimethylallyl diphosphate-specific Nudix hydrolase from the methanogenic archaeon Methanosarcina mazei2021

    • Author(s)
      Ishibashi Yumi、Matsushima Natsumi、Ito Tomokazu、Hemmi Hisashi
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 86 Pages: 246~253

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab205

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Evolution and properties of alanine racemase from Synechocystis sp. PCC68032021

    • Author(s)
      Ashida Hiroyuki、Murakami Kaho、Inagaki Kenji、Sawa Yoshihiro、Hemmi Hisashi、Iwasaki Yugo、Yoshimura Tohru
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 171 Pages: 421~428

    • DOI

      10.1093/jb/mvab155

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] アーキア型メバロン酸経路を用いた大腸菌のイソプレノイド生産能強化2022

    • Author(s)
      高橋拓矢、吉田 稜、伊藤智和、吉村 徹、邊見 久
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] カイコセリンラセマーゼの同定と酵素学的性質の解析2022

    • Author(s)
      田中優衣、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] 哺乳類のピリドキサールレダクターゼ同定に向けた取り組み2021

    • Author(s)
      西山尚来、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • Organizer
      日本ビタミン学会第73回大会
  • [Presentation] アーキア型メバロン酸経路の鍵酵素であるホスホメバロン酸脱水酵素は[4Fe-4S]型鉄硫黄クラスターを有する2021

    • Author(s)
      米山 睦、三野広幸、保野陽子、品田哲郎、伊藤智和、邊見 久
    • Organizer
      日本Archaea研究会第33回講演会
  • [Presentation] 大腸菌における長鎖アーキア膜脂質の生合成経路の構築2021

    • Author(s)
      吉田 稜、邊見 久
    • Organizer
      第31回イソプレノイド研究会例会
  • [Presentation] ヘテロサブユニットの融合による古細菌由来cis-プレニルトランスフェラーゼの解析2021

    • Author(s)
      長坂有紗、Kitty Sompiyachoke、吉村 徹、邊見 久
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
  • [Presentation] Escherichia coliにおけるビタミンB6脱リン酸化酵素の同定2021

    • Author(s)
      松尾ひなの、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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