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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamics of selenium metabolisms and diversity of their molecular mechanisms in microbes

Research Project

Project/Area Number 20H02907
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

三原 久明  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30324693)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsセレン / 細菌
Outline of Annual Research Achievements

1. セレンオキシアニオン還元酵素の同定と反応機構解明
本研究代表者らが見出したG. sulfurreducensのマルチヘムセレンタンパク質について、詳細な生化学的解析を加えた。従来よりも対象となる化合物を広げて本酵素の基質特異性について検討したところ、本タンパク質は亜セレン酸還元活性よりも高いポリスルフィド還元活性を示すことが明らかとなった。また、ジメチルトリスルフィドにも若干活性を示すことが分かった。一方で、テトラチオン酸やチオ硫酸には活性を示さなかった。本酵素のX線結晶構造解析の結果から、基質の入り口と産物の出口に相当するトンネル構造が存在することが明らかとなった。
2. 細胞外セレンナノ粒子の生成機構の解明
透過型電子顕微鏡 (TEM) を用いて大腸菌のセレンナノ粒子(SeNPs)生成と排出メカニズムの解明を試みた。亜セレン酸添加・非添加培地で培養した細胞をネガティブ染色し、TEMで観察したところ、細胞質および細胞外にSeNPsが観察された。細胞外SeNPsから抽出した成分をメチルエステル化してGC/MS分析を行った結果、細胞膜に由来する脂肪酸のピークが検出された。次に、細胞膜透過性のジチオトレイトールを用いてSeNPsを還元・溶解させ、その残骸をTEMで観察したところ、SeNPsと同程度の大きさのリポソーム様の構造物が見られた。一方で、細胞膜を透過できないチオレドキシンシステムを用いたところ、SeNPsの還元・溶解は見られなかった。以上より、大腸菌によって細胞外に排出されたSeNPsが膜に包まれていることが示され、SeNPsは細胞質内で形成され、膜小胞を介して排出されることが示唆された。大腸菌によって細胞外に排出されたSeNPsが膜に包まれていることが示され、SeNPsは細胞質内で形成され、膜小胞を介して排出されることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

G. sulfurreducensのマルチヘムセレンタンパク質の新たな機能の解明に成功した他、大腸菌が生産するSeNPsが生体膜に包まれていることを世界で初めて示すことに成功した。これらの成果により、研究はおおむね順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

引き続き申請書の計画に沿って研究を進める。次年度が本研究課題の最終年度にあたるため、成果のまとめと発信にも注力する方針である。具体的には、G. sulfurreducensのマルチヘムセレンタンパク質の機能と構造について論文にまとめ、学術雑誌に投稿する。また、SeNPsの生成メカニズムに関する研究をさらに詰め、論文としてまとめ、学術雑誌に投稿する計画である。

  • Research Products

    (22 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Thapar Institute of Eng. Technol.(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      Thapar Institute of Eng. Technol.
  • [Journal Article] Initial Step of Selenite Reduction via Thioredoxin for Bacterial Selenoprotein Biosynthesis2021

    • Author(s)
      Shimizu Atsuki、Tobe Ryuta、Aono Riku、Inoue Masao、Hagita Satoru、Kiriyama Kaito、Toyotake Yosuke、Ogawa Takuya、Kurihara Tatsuo、Goto Kei、Prakash N. Tejo、Mihara Hisaaki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 10965~10965

    • DOI

      10.3390/ijms222010965

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of Pseudomonas stutzeri Strain F2a, Isolated from Seleniferous Soil2021

    • Author(s)
      Inoue Masao、Hirose Yuu、Tobe Ryuta、Saito Shigeki、Aono Riku、Prakash N. Tejo、Mihara Hisaaki
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 10 Pages: e0063121

    • DOI

      10.1128/MRA.00631-21

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Overexpression and characterization of Escherichia coli dihydropyrimidine dehydrogenase: a four iron-sulphur cluster containing flavoprotein2021

    • Author(s)
      Yoshioka Hiroshi、Ishida Tetsuo、Mihara Hisaaki
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 170 Pages: 511~520

    • DOI

      10.1093/jb/mvab067

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Bacillus subtilis におけるプロファージPBSXを介したround-body形成の亜セレン酸耐性への関与2022

    • Author(s)
      越智杏奈, 井上真男, 青野陸, 三原久明
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Geobacter sulfurreducens におけるポリスルフィド取り込みへの extHIJ 遺伝子の関与2022

    • Author(s)
      藤田大樹, Ishrat, J. M., 伊豆由記子, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 大腸菌が生成するセレンナノ粒子は細胞膜で包まれている2022

    • Author(s)
      芝本佳永, 越智杏奈, 豊竹洋佑, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 新奇Aminobacter属細菌におけるトリメチルセレノニウム資化経路の同定2022

    • Author(s)
      寺部千夏, 越智杏奈, 井上真男, 田中麻衣, 青野陸, 北山香織, 栗原達夫, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] インド高濃度セレン蓄積地帯由来Cellulomonas属細菌における亜セレン酸還元の呼吸鎖への関与およびセルロース分解能2022

    • Author(s)
      坂本暁紀, 井上真男, 青野陸, Prakash, T. N., 三原久明
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 微量必須元素セレンをもつタンパク質のつくられ方とはたらき2022

    • Author(s)
      三原久明
    • Organizer
      ビタミンB研究委員会2021年度シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 生体必須微量元素セレンの生物由来ナノ粒子の栄養学的評価2021

    • Author(s)
      高橋一聡, 越智杏奈, 三原久明, 小椋康光
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
  • [Presentation] Escherichia coli における細胞外セレンナノ粒子形成と外膜小胞の関係性2021

    • Author(s)
      越智杏奈, 豊竹洋佑, 藤田大樹, 戸部隆太, 伊豆由記子, 今井友也, 三原久明
    • Organizer
      第67回日本生化学会近畿支部例会
  • [Presentation] トリメチルセレノニウムイオン資化性土壌細菌の探索2021

    • Author(s)
      越智杏奈, 田中麻衣, 重冨せれな, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • Organizer
      第38回日本微量栄養素学会学術集会
  • [Presentation] Bacillus sp. NTP-1 株における新奇メチオニンスルホキシド還元酵素の解析2021

    • Author(s)
      藤田大樹, 葛野侑香, 戸部隆太, 三原久明
    • Organizer
      日本ビタミン学会第73回大会
  • [Presentation] 大腸菌が生成・排出するセレンナノ粒子の透過型電子顕微鏡解析2021

    • Author(s)
      芝本佳永, 越智杏奈, 豊竹洋佑, 青野陸, 井上真男, 今井友也, 三原久明
    • Organizer
      第32回日本微量元素学会学術集会
  • [Presentation] Geobacter sulfurreducensにおけるポリスルフィド還元へのマルチヘム含有セレンタンパク質の関与2021

    • Author(s)
      浅岡伸太郎, 伊豆由記子, 青野陸, 井上真男, 三原久明
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
  • [Presentation] セレン蓄積土壌由来Cellulomonas属細菌の高濃度亜セレン酸耐性2021

    • Author(s)
      植田響輝, 坂本暁紀, 牧村康平, 井上真男, 青野陸, 戸部隆太, 広瀬侑, Prakash, N. T., 三原久明
    • Organizer
      日本生物高分子学会2021年度大会
  • [Presentation] 土壌微生物によるトリメチルセレノニウム資化経路の同定2021

    • Author(s)
      寺部千夏, 越智杏奈, 田中麻衣, 井上真男, 青野陸, 佐藤総一, 小椋康光, 三原久明
    • Organizer
      第32回日本微量元素学会学術集会
  • [Presentation] インド高濃度セレン蓄積地帯由来Cellulomonas属細菌の亜セレン酸耐性と還元能2021

    • Author(s)
      坂本暁紀, 植田響輝, 牧村康平, 井上真男, 青野陸, 戸部隆太, 広瀬侑, Prakash, N. T., 三原久明
    • Organizer
      日本微生物生態学会第34回大会
  • [Presentation] Excretion of biogenic selenium nanoparticles depends on outer membrane integrity in Escherichia coli2021

    • Author(s)
      Ochi, A., Tobe, R., Toyotake, Y., Izu, Y., Imai, T., Mihara, H.
    • Organizer
      Goldschmidt 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mutational analysis of the active-site residues of a novel class of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti2021

    • Author(s)
      Majumder, T., Kumsab, H., Mihara, H.
    • Organizer
      World Microbe Forum
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 立命館大学研究者学術情報データベース

    • URL

      https://research-db.ritsumei.ac.jp/rithp/k03/resid/S000676

URL: 

Published: 2022-12-28  

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