2022 Fiscal Year Annual Research Report
Conservation genomics of freshwater fish: building a framework linking natural history and threat diagnosis
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20H03009
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
渡辺 勝敏 京都大学, 理学研究科, 准教授 (00324955)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小北 智之 九州大学, 農学研究院, 教授 (60372835)
武島 弘彦 福井県立大学, 海洋生物資源学部, 客員研究員 (50573086)
橋口 康之 大阪医科薬科大学, 医学部, 講師 (70436517)
田畑 諒一 滋賀県立琵琶湖博物館, 研究部, 学芸員 (00793308)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 保全遺伝学 / 淡水魚類 / ゲノム分析 / 小集団化 / 適応 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、希少淡水魚類を対象として保全ゲノミクスのアプローチが有効な3つの主要課題を追究してきた。
【①野生集団と継代飼育集団の比較ゲノミクス】生態やハビタットが異なり、継代飼育集団が利用可能な2種の希少淡水魚類（氾濫原性：アユモドキ、中・上流性：ネコギギ）を対象とした。第3年度は、今後の詳細な遺伝子網羅的解析を見据えて、2種について高精度ロングリード（HiFi reads）と染色体立体配座捕捉法（Hi-C）を用いた染色体レベルの高精度全ゲノムデータを取得することを優先した。それを基盤に、全ゲノムリシーケンシングデータや縮約データを用いて、両種の集団構造形成や集団サイズ動態の解析を完了し、最終氷期から現在に至る気候・海水準変動と集団形成史の関係について新たな知見を得た。さらに飼育系統のゲノムリシーケンシングを行い、飼育下におけるゲノム応答に関する解析を進めた。
【②自然・人為交雑系の適応・不適応】自然および人為の影響で近縁種と交雑した種におけるゲノム構成を明らかにし、適応と不適応のゲノム基盤を明らかにするためのデータの取得を行ってきた。第3年度は、自然交雑系である淡水カジカ類の遺伝子浸透パターンのゲノム領域網羅的な解析を進めた。
【③遺伝的多様性の進化的重要性】遺伝的多様性（保有遺伝変異）の進化・保全上の重要性を明らかにするために、適応関連形質の責任遺伝子について、多型の空間分布を複数の地理スケールで解析し、その進化動態の解析を行ってきた。琵琶湖の岩礁域固有種であるアブラヒガイの重要な適応形質である暗色彩の責任変異に関し、これが真の原因変異であることをCRISPR/Cas9システムを用いて作成したゼブラフィッシュスワップ変異体の表現型解析から検証した。これまでに行った地理分布、行動・捕食実験、ゲノム系統地理、自然選択痕跡の解析結果に関する論文の取りまとめを大きく進めた。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] ダム湖の外来魚オオクチバスにおける新たな駆除効果の評価方法の開発;大規模DNA分析を用いた高精度近親関係解析による個体数推定法の適用2022
Author(s)
奥村健太, 野原健司, 井戸啓太, 坂本正吾, 稲川崇史, 沖津二朗, 松崎厚史, 佐々木良浩, 大杉奉功, 秋田鉄也, 田原大輔, 武島弘彦
Organizer
応用生態工学会研究発表会
