In search of genes related to the life-history polymorphism in the Japanese eel Anguilla japonica: a population genomics approach

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20H03065
• Research Institution: Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: 關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), グループ長 (90371799)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 横内 一樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50723839) ; 白井 厚太朗 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70463908) ; 中村 洋路 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (90463182) ; 中道 礼一郎 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (70401255) ; 山本 佑樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 研究員 (10881980)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学

Outline of Annual Research Achievements

本年度、静岡県浜名湖産のニホンウナギ（降河中の銀ウナギが中心）の新規標本を得た（N = 26)。これらの標本についてゲノムDNAを抽出した。一方、愛媛産のニホンウナギについてはCOVID19の影響でサンプリングが出来なかったため、研究分担者（横内一樹）が凍結保存していた標本（2016-2017年度採集。N = 56）で代用することにした。これらの標本からもDNAを抽出済みである。なお、愛媛産の標本については耳石の微量元素解析により由来（海ウナギか川ウナギか）を同定済みである（海ウナギ、N = 16; 川ウナギ、N = 23; Shifter、N = 16）。
昨年度にDNAを抽出した標本（浜名湖、N = 21; 愛媛、N = 44）について、RADライブラリーを作製し、次世代DNAシーケンサーによりシーケンスデータを得た。得られたシーケンスリード数は20,002,292から99,002,225(mean = 32,798,725; sd = 10,066,497）であり、SNP同定を行う上で十分なデータ量であった。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画では、研究期間の3年目までは標本の採集とＤＮＡデータの蓄積、4年目（最終年）に得られたデータの統計解析を行うことになっている。コロナ禍のため、標本の採集は計画通りには進んでいないが、過去に採集された標本を用いることで、標本の問題を解決している。従って研究は予定通りに進んでいると判断する。

Strategy for Future Research Activity

2022年度は引き続き新たな標本の収集を行うとともに、RAD解析によりSNP情報を蓄積する。最終年度（2023年度）には、これまでに得られたSNP情報をもとに、海-川ウナギを特徴づけるSNPを探索する。