In search of genes related to the life-history polymorphism in the Japanese eel Anguilla japonica: a population genomics approach

2023 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20H03065
• Research Institution: Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: 關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), グループ長 (90371799)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 山本 佑樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 研究員 (10881980) ; 横内 一樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50723839) ; 中道 礼一郎 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (70401255) ; 白井 厚太朗 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70463908) ; 中村 洋路 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (90463182)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学

Outline of Annual Research Achievements

2023年度は、2022年度の冬季に浜名湖で採集された53個体の銀ウナギ（産卵降河回遊中のニホンウナギ）についてゲノムDNAを抽出し、RADseq法により制限酵素SpeI認識配列部位付近の塩基配列を得た。また電子線プローブマイクロアナライザー（EMPA)により耳石のストロンチウム・カルシウム比を調べ、各個体の回遊履歴を明らかにした。53個体のうち、15個体は来遊後、海に下っていない川ウナギ、26個体は河川に遡上したことがない海ウナギ、12個体は海と川を往来した履歴のあるシフターであった。
これまでに採集した浜名湖と愛媛の海ウナギと川ウナギサンプルを用いて、集団多型解析に用いることができるSNPセット選択した。ジェノタイプの信頼性を高めるための種々のSNPフィルタリング後、利用できるSNPマーカー数は48,374であった。これらのマーカーを用いて、outlier解析、機械学習（random forest)などの統計手法を用いて、海ウナギ・川ウナギを特徴づけるゲノム領域の探索を行った。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。