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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Tissue-specific pre-mRNA processing in living animals

Research Project

Project/Area Number 20H03181
Research InstitutionUniversity of the Ryukyus

Principal Investigator

黒柳 秀人  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30323702)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords線虫 / RNAプロセシング / mRNA前駆体 / 遺伝子発現 / 代謝標識 / 新生RNA / 組織特異性
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、線虫の生体で組織特異的にRNAを代謝標識して濃縮する手法を開発し、主要組織におけるmRNAのRNA-seq解析を行って、線虫における組織特異的選択的プロセシングの概要を明らかにし、転写と共役したmRNAプロセシングの進行過程と組織特異的選択的プロセシングパターンとの関連性を明らかにして、この生物種における選択的mRNAプロセシングの制御機構を体系的に理解することを目指していた。そのために、線虫の個体レベルでの新生mRNAを4-チオウリジンまたは4-チオウラシルで代謝標識する手法の確立を行った。そして、mRNAの品質管理機構であるnonsense-mediated mRNA decay (NMD)が不全であるsmg-2変異体を用いて新生RNAを標識・精製し、長リード次世代シーケンサーであるNanopore MinIONを用いて全長RNA配列を直接シーケンシング解析し、野生型のmRNAとの比較を行った結果、正常ならNMDで分解されてしまうmRNAスプライスバリアントを発現する遺伝子259個を同定し、EMBO Journal誌に発表した。一方、ウラシルのサルベージ経路の酵素の変異体を入手あるいはゲノム編集で作製してスクリーニングし、そのうちの1つをコードする遺伝子の変異体では4-TUがほとんどRNAに取り込まれないことを見出しており、この変異体の特定の組織にcDNAを発現させることで、組織特異的に発現するレスキュー株を作製した。4-TUによる代謝標識と精製を行った結果、その組織特異的にmRNAが濃縮できることを確認し、線虫でTU-taggingができるとのコンセプトの証明をすることができた。さらに、組織特異的RNAの解析を進めている。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (4 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 4 results)

  • [Journal Article] Structure of the<i>Caenorhabditis elegans</i>m6A methyltransferase METT10 that regulates SAM homeostasis2023

    • Author(s)
      Ju Jue、Aoyama Tomohiko、Yashiro Yuka、Yamashita Seisuke、Kuroyanagi Hidehito、Tomita Kozo
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 51 Pages: 2434~2446

    • DOI

      10.1093/nar/gkad081

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Simultaneous measurement of nascent transcriptome and translatome using 4-thiouridine metabolic RNA labeling and translating ribosome affinity purification2023

    • Author(s)
      Imai Hirotatsu、Utsumi Daisuke、Torihara Hidetsugu、Takahashi Kenzo、Kuroyanagi Hidehito、Yamashita Akio
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 51 Pages: e76

    • DOI

      10.1093/nar/gkad545

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Alternative splicing of a single exon causes a major impact on the affinity of Caenorhabditis elegans tropomyosin isoforms for actin filaments2023

    • Author(s)
      Ono Shoichiro、Watabe Eichi、Morisaki Keita、Ono Kanako、Kuroyanagi Hidehito
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 11 Pages: 1208913

    • DOI

      10.3389/fcell.2023.1208913

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] ナンセンスコドン介在的mRNA分解(NMD)と共役した選択的スプライシングによる遺伝子発現の制御2022

    • Author(s)
      黒柳 秀人
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 94 Pages: 868~874

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2022.940868

    • Open Access

URL: 

Published: 2024-12-25  

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