Fluorescence detection of cellular ability of mismatch repair using synthetic DNA

2022 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20H03184
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43010:Molecular biology-related
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: Iwai Shigenori 大阪大学, 大学院基礎工学研究科, 教授 (10168544)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 織田 信弥 独立行政法人国立病院機構(九州がんセンター臨床研究センター), その他部局等, 腫瘍遺伝学研究室長 (40333372) ; 倉岡 功 福岡大学, 理学部, 教授 (60335396) ; 中津 可道 九州大学, 医学研究院, 准教授 (00207820)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: ミスマッチ修復 / 蛍光プローブ / プラスミド

Outline of Final Research Achievements

This research aimed at fluorescence detection of the mismatch repair in cells using mismatch-containing DNA with a fluorophore and a quencher. In the initial plan, we intended to use dumbbell-shaped DNA prepared by ligation of chemically-synthesized oligonucleotides with DNA ligase as a probe, and we succeeded in the preparation of dumbbell-shaped DNA with 100 and 200 base pairs. Despite our expectation, it was found that the transfection efficiency of this type of DNA was extremely low. Therefore, the probe was changed to plasmid-type DNA. However, we couldn't succeed in the detection of fluorescence emission caused by the mismatch repair by the end of the research period.

Free Research Field

生物有機化学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

100塩基対ならびに200塩基対のダンベル型DNAを調製し、トランスフェクションの条件を変える、あるいは核局在化シグナルペプチドを付けるといった工夫をしたが、この形のDNAは蛍光を検出できるほど細胞に導入されないことがわかった。ただし、ダンベル型DNAのトランスフェクション効率が非常に低いことを発表するには、その原因を究明する必要がある。ミスマッチを有するプラスミドに関しては、簡便な調製法を開発して論文を発表した。この調製法は他の種類の修飾プラスミドにも応用可能である。