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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Asymmetric electron transfer in photosynthetic reaction centers

Research Project

Project/Area Number 20H03217
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

石北 央  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00508111)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords人工光合成 / 電荷分離 / 水分解酸素発生 / プロトン移動 / 電子移動 / 結晶構造
Outline of Annual Research Achievements

PbRC, PSIIにおける不活性側の電子移動経路に関しては、そもそも電子移動が起こらないため、実験的手法ではコファクターの性質を明らかにすることが困難である。本研究では、PbRC、PSIIにおける電荷分離反応がなぜ片方の電子移動経路のみ優先的に起こるか、蛋白質結晶構造に基づいた理論化学計算によって解析した。結晶構造の座標さえあれば、蛋白質分子内のクロロフィル等を解析できるため、(実験では直接測定不可能な)不活性側の電子移動経路のエナジェティクスも明らかにすることができた。既存の研究の多くは、物理化学的数値を測定・算出はしているものの、その先の「蛋白質分子内のどの部位・どの因子の大きな寄与によってその値が決まっているか」といった問いまで掘り下げておらず、したがって、蛋白質機能と分子構造の対応が紐付けされていない。本研究では、単に数値をはじき出して終わりにするのではなく、その先の蛋白質環境(例:着目すべき部位周辺のアミノ酸残基の側鎖・主鎖、コファクターの酸化還元状態、水分子、水素結合ネットワーク、揺らぎの程度、誘電率、溶媒和の有無という意味での疎水性)といった相互作用部位を具体的に明示した上で、エナジェティクスを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

PbRC、PSIIにおける電荷分離反応がなぜ片方の電子移動経路のみ優先的に起こるか、蛋白質結晶構造に基づいた理論化学計算によって解析した研究結果に関して、10報以上の査読付き論文発表を行うことができた。

Strategy for Future Research Activity

「サイトエナジーの低いクロロフィル(initial donor)の同定」
【意義】サイトエナジー(オンサイトポテンシャル)の低いクロロフィルが励起され、そこから電子移動が開始するためそのサイトの同定は極めて重要である。励起サイトがPL/PMやPD1/PD2のようにC2対称軸上にあるのか(電子移動経路対において対称な位置)、あるいはBLやChlD1のように対称軸外に存在するのか(電子移動経路対において非対称な位置)で、その後の電子アクセプターとなる候補は左右されるので、電子移動活性の非対称性は、半分ここで決まっていると言ってもよい。【手法】TDDFT-QM/MM計算

  • Research Products

    (11 results)

All 2020

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 9 results)

  • [Journal Article] Vectorial Proton Transport Mechanism of RxR, a Phylogenetically Distinct and Thermally Stable Microbial Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kanehara Kanae、Yoshizawa Susumu、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 282

    • DOI

      10.1038/s41598-019-57122-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Quenching of Singlet Oxygen by Carotenoids via Ultrafast Superexchange Dynamics2020

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 124 Pages: 5081~5088

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.0c02228

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Acquirement of water-splitting ability and alteration of the charge-separation mechanism in photosynthetic reaction centers2020

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 16373~16382

    • DOI

      10.1073/pnas.2000895117

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Rigidly hydrogen-bonded water molecules facilitate proton transfer in photosystem II2020

    • Author(s)
      Sakashita Naoki、Ishikita Hiroshi、Saito Keisuke
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 22 Pages: 15831~15841

    • DOI

      10.1039/d0cp00295j

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] pKa of the ligand water molecules in the oxygen-evolving Mn4CaO5 cluster in photosystem II2020

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Nakagawa Minesato、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 3 Pages: 89

    • DOI

      10.1038/s42004-020-00336-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Energetics of Ionized Water Molecules in the H-Bond Network near the Ca<sup>2+</sup> and Cl<sup>?</sup> Binding Sites in Photosystem II2020

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 3216~3224

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00177

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Green-Sensitive, Long-Lived, Step-Functional Anion Channelrhodopsin-2 Variant as a High-Potential Neural Silencing Tool2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Miyoshi Natsuki、Shibukawa Atsushi、Chowdhury Srikanta、Tsujimura Masaki、Noji Tomoyasu、Ishikita Hiroshi、Yamanaka Akihiro、Sudo Yuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 6214~6218

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c01406

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dependence of the chlorophyll wavelength on the orientation of a charged group: Why does the accessory chlorophyll have a low site energy in photosystem II?2020

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Mitsuhashi Koji、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      Volume: 402 Pages: 112799~112799

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2020.112799

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Redox potentials along the redox-active low-barrier H-bonds in electron transfer pathways2020

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 22 Pages: 25467~25473

    • DOI

      10.1039/D0CP04265J

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The Nature of the Short Oxygen?Oxygen Distance in the Mn<sub>4</sub>CaO<sub>6</sub> Complex of Photosystem II Crystals2020

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 10262~10268

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c02868

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Insights into the Protein Functions and Absorption Wavelengths of Microbial Rhodopsins2020

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 124 Pages: 11819~11826

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c08910

    • Peer Reviewed / Open Access

URL: 

Published: 2023-12-25  

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