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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Asymmetric electron transfer in photosynthetic reaction centers

Research Project

Project/Area Number 20H03217
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

石北 央  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00508111)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords人工光合成 / 電荷分離 / 水分解酸素発生 / プロトン移動 / 電子移動 / 結晶構造
Outline of Annual Research Achievements

当初研究計画の提案「電荷分離のエナジェティクスの解析」は、周到な準備に基づいてなされたことが功を奏した。その理由の一つとして、基礎的な電子移動のエナジェティクスである酸化還元電位を静電相互作用計算に基づいてPbRC, PSIIにおいて完了していた [論文: Chem. Sci. (2018)] ことが、研究の円滑な実施の礎となった。酸化還元電位は電子移動経路対において異なる値を示し電子移動のエナジェティクスは異なることは明らかであったが、電荷分離時の正孔との相互作用を反映できていないものであった。酸化還元電位では電子移動経路間に差はあることは見えたものの、基本的に両経路とも電子移動のエナジェティクスはdownhillであった。一方、電荷分離状態をも考慮したエナジェティクスでは不活性側の電子移動経路のエナジェティクスは完全にuphillとなり電子移動に不利である様が、明確に現れている。非対称電子移動経路の所以(ゆえん)は、PbRCでは極性環境(「極性アミノ酸残基の分布」や「タンパク質形状」の差)の差であるのに対し、PSIIでは水分解触媒部位のD1側への局在、それに伴うプロトン移動経路のD1側への局在に大きく由来するものであった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初研究計画の提案「電荷分離のエナジェティクスの解析」は、周到な準備に基づいてなされたことが功を奏した。その理由の一つとして、基礎的な電子移動のエナジェティクスである酸化還元電位を静電相互作用計算に基づいてPbRC, PSIIにおいて完了していた [論文: Chem. Sci. (2018)] ことが、研究の円滑な実施の礎となった。酸化還元電位は電子移動経路対において異なる値を示し電子移動のエナジェティクスは異なることは明らかであったが、電荷分離時の正孔との相互作用を反映できていないものであった。酸化還元電位では電子移動経路間に差はあることは見えたものの、基本的に両経路とも電子移動のエナジェティクスはdownhillであった。一方、電荷分離状態をも考慮したエナジェティクスでは不活性側の電子移動経路のエナジェティクスは完全にuphillとなり電子移動に不利である様が、明確に現れている。非対称電子移動経路の所以(ゆえん)は、PbRCでは極性環境(「極性アミノ酸残基の分布」や「タンパク質形状」の差)の差であるのに対し、PSIIでは水分解触媒部位のD1側への局在、それに伴うプロトン移動経路のD1側への局在に大きく由来するものであった。

Strategy for Future Research Activity

光合成反応中心タンパク質群では、長距離電子移動経路により電荷分離を可能とし、水分解等の物質エネルギー変換を行う。紅色光合成細菌の反応中心 (photosynthetic reaction centers from purple bacteria: PbRC)、水分解・酸素発生型酵素 photosystem II (PSII) では、分子内空間に対称配置される2つの電子移動経路のうち特定の一方のみで電子移動を行いType II反応中心と呼ばれる。一方で、PSIと共にZ-scheme機構で光合成を担うphotosystem I (PSI)や近年構造が解かれた緑色硫黄光合成細菌の反応中心 (photosynthetic reaction centers from green sulfur bacteria: GsbRC)やヘリオバクテリア由来の反応中心 (photosynthetic reaction centers from heliobacteria: HbRC)では両方の電子移動経路で電子移動を行いType I反応中心と呼ばれる。本研究では量子化学的手法、静電相互作用計算、分子動力学的手法との理論化学的手法を駆使してタンパク質内電子移動機構を解明する。特に、2021年に応募者らが開発した手法による電子ドナー・アクセプター分子間の電子移動カップリングの解析を加え「どのような因子の差によって、タンパク質環境内の空間で電子移動経路が決まるか」その選択原理を解明する。

  • Research Products

    (36 results)

All 2021

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 14 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Long-Range Electron Tunneling from the Primary to Secondary Quinones in Photosystem II Enhanced by Hydrogen Bonds with a Nonheme Fe Complex2021

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Pages: 13460~13466

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c09538

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proton transfer pathway in anion channelrhodopsin-12021

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Kojima Keiichi、Kawanishi Shiho、Sudo Yuki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e72264

    • DOI

      10.7554/eLife.72264

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring the Retinal Binding Cavity of Archaerhodopsin-3 by Replacing the Retinal Chromophore With a Dimethyl Phenylated Derivative2021

    • Author(s)
      Tsuneishi Taichi、Takahashi Masataka、Tsujimura Masaki、Kojima Keiichi、Ishikita Hiroshi、Takeuchi Yasuo、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 8 Pages: 794948

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.794948

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for high selectivity of a rice silicon channel Lsi12021

    • Author(s)
      Saitoh Yasunori、Mitani-Ueno Namiki、Saito Keisuke、Matsuki Kengo、Huang Sheng、Yang Lingli、Yamaji Naoki、Ishikita Hiroshi、Shen Jian-Ren、Ma Jian Feng、Suga Michihiro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 6236

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26535-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A sublethal ATP11A mutation associated with neurological deterioration causes aberrant phosphatidylcholine flipping in plasma membranes2021

    • Author(s)
      Segawa Katsumori et al.
    • Journal Title

      Journal of Clinical Investigation

      Volume: 131 Pages: e148005

    • DOI

      10.1172/JCI148005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Electron Acceptor?Donor Iron Sites in the Iron?Sulfur Cluster of Photosynthetic Electron-Transfer Pathways2021

    • Author(s)
      Kanda Tomoki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 7431~7438

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c01896

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of the formation of proton transfer pathways in photosynthetic reaction centers2021

    • Author(s)
      Sugo Yu、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 118 Pages: e2103203118

    • DOI

      10.1073/pnas.2103203118

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of redox-inactive metals in controlling the redox potential of heterometallic manganese?oxido clusters2021

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Nakagawa Minesato、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 148 Pages: 153-159

    • DOI

      10.1007/s11120-021-00846-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The origin of unidirectional charge separation in photosynthetic reaction centers: nonadiabatic quantum dynamics of exciton and charge in pigment?protein complexes2021

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 12 Pages: 8131~8140

    • DOI

      10.1039/D1SC01497H

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Two Distinct Oxygen-Radical Conformations in the X-ray Free Electron Laser Structures of Photosystem II2021

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 4032~4037

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c00814

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Nature of Asymmetric Electron Transfer in the Symmetric Pathways of Photosystem I2021

    • Author(s)
      Mitsuhashi Koji、Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Pages: 2879~2885

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c10885

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of intermediate conformations in the photocycle of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR22021

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 296 Pages: 100459~100459

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100459

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proton transfer pathway from the oxygen-evolving complex in photosystem II substantiated by extensive mutagenesis2021

    • Author(s)
      Kuroda Hiroshi、Kawashima Keisuke、Ueda Kazuyo、Ikeda Takuya、Saito Keisuke、Ninomiya Ryo、Hida Chisato、Takahashi Yuichiro、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1862 Pages: 148329~148329

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148329

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of absorption wavelength shifts in anion channelrhodopsin-1 mutants2021

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1862 Pages: 148349~148349

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148349

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] イネ由来ケイ酸チャネルによるケイ酸透過機構の構造基盤2021

    • Author(s)
      齊藤 恭紀、三谷-上野 奈見季、斉藤 圭亮、松木 謙悟 、Huang Sheng, Yang Lingli、山地 直樹、石北 央、沈 建仁、馬 建鋒 、菅 倫寛
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Mechanism of the formation of proton transfer pathways in photosynthetic reaction centers2021

    • Author(s)
      Yu Sugo, Keisuke Saito, Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Electron acceptor-donor iron sites in the iron-sulfur cluster of photosynthetic electron-transfer pathways2021

    • Author(s)
      神田 知樹、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] アニオンチャネルロドプシンのプロトンを介したアニオン透過機構の解明2021

    • Author(s)
      辻村 真樹、小島 慧一、川西 志歩、須藤 雄気、石北 央
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Structural basis for high selectivity of a rice silicic acid channel2021

    • Author(s)
      齊藤 恭紀、三谷-上野 奈見季、斉藤 圭亮、松木 謙悟 、Huang Sheng, Yang Lingli、山地 直樹、石北 央、沈 建仁、馬 建鋒 、菅 倫寛
    • Organizer
      PDBアジア地区50周年記念シンポジウム
  • [Presentation] 穀物由来ケイ酸チャネルによるケイ酸輸送機構の構造学的研究2021

    • Author(s)
      齊藤 恭紀、三谷-上野 奈見季、斉藤 圭亮、松木 謙悟 、Huang Sheng, Yang Lingli、山地直樹、石北 央、沈 建仁、馬 建鋒 、菅 倫寛
    • Organizer
      膜シンポジウム2021
  • [Presentation] フリッパーゼの変異による活性への影響2021

    • Author(s)
      平賀 啓太、瀬川 勝盛、野地 智康、石北 央、長田 重一
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] タンパク質中における短い水素結合を含むネットワークの探索2021

    • Author(s)
      中利 一輝、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生 優、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] 光化学系Iにおける鉄硫黄錯体を介した特異な電子移動機構2021

    • Author(s)
      神田 知樹、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] アニオンチャネルロドプシンにおけるプロトンを介し たアニオン透過機構の解明2021

    • Author(s)
      辻村 真樹、野地 智康、斉藤 圭亮、小島 慧一、須藤 雄気、石北 央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] Electron and proton releasing sites in the oxygen-evolving complex of photosystem II2021

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      19th Congress of the European Society for Photobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] タンパク質分子内における酸化還元とプロトン授受2021

    • Author(s)
      石北 央
    • Organizer
      第4回人工光合成研究拠点講演会
  • [Presentation] 光化学系Iにおける鉄硫黄錯体を介した特異な電子移動機構2021

    • Author(s)
      神田 知樹、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生 優、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] 微生物型ロドプシンにおける吸収波長と分子機能の考察2021

    • Author(s)
      辻村 真樹、石北 央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] バクテリオロドプシンにおける中間体の吸収波長変化の機構2021

    • Author(s)
      野地 智康、石北 央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] 微生物型ロドプシンにおける吸収波長と分子機能の考察2021

    • Author(s)
      辻村 真樹、野地 智康、斉藤 圭亮、小島 慧一、須藤 雄気、石北 央
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生 優、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生 優、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第11回日本光合成学会年会
  • [Presentation] ジメチルフェニル誘導体への置換と機能・光化学的解析2021

    • Author(s)
      辻村 真樹、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第11回日本光合成学会年会
  • [Presentation] Archaerhodopsin-3 (AR3)における発色団レチナールのジメチルフェニル誘導体への置換と機能・光化学的解析2021

    • Author(s)
      恒石 泰地、辻村 真樹、高橋 雅崇、 小島 慧一、石北 央、 竹内 靖雄、 須藤 雄気
    • Organizer
      生物物理学会・中国四国支部大会

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Published: 2023-12-25  

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