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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Understanding genomic bases of coral-algae symbioses occurring in nature

Research Project

Project/Area Number 20H03235
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

新里 宙也  東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山下 洋  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(長崎), 主任研究員 (00583147)
鈴木 豪  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(長崎), 主任研究員 (30533319)
將口 栄一  沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, グループリーダー (90378563)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsサンゴ / 褐虫藻 / 共生
Outline of Annual Research Achievements

サンゴ礁を形成する造礁サンゴは、細胞内の共生藻類、褐虫藻と密接な相利共生関係を築いている。しかし温暖化などの地球規模の環境変動により、サンゴと褐虫藻の共生関係の崩壊、白化現象が頻発しており、世界中でサンゴ礁が減少を続けている。一方でサンゴ礁の基盤となるサンゴ-褐虫藻の共生メカニズムやその成立・維持の分子機構は、未だ多くが謎のままである。本研究は現在進行系の環境変動の影響を受け続けているサンゴ礁生態系の基盤であるサンゴ-褐虫藻の共生関係が、実際の海の中でどのように成立・維持されているのか、ゲノム科学的手法を駆使し理解することを目的とする。
着底直後のミドリイシサンゴのポリプに本来の共生褐虫藻株を感染させ、その遺伝子発現変化を網羅的に解析した。これまでにプラヌラ幼生の解析で得られた共生候補遺伝子群と比較し、ミドリイシサンゴの初期生活史において、共生に重要である遺伝子の絞り込みに成功した。この成果を国際誌で報告した。
造礁サンゴの共生様式は、毎世代ごとに環境中から褐虫藻を獲得する水平伝播型と、親から褐虫藻を受け継ぐ垂直伝播型に分けられる。垂直伝播型のコモンサンゴ属二種とミドリイシ科のアナサンゴ1種のゲノム解読を行い、ミドリイシサンゴ属など他のサンゴとの比較ゲノム解析を行った。垂直伝播型のコモンサンゴにおいては、系統特異的な遺伝子群の共生メカニズムへの関与が示唆された。これら成果を国際誌で報告した。
細胞内に褐虫藻が共生するサンゴとは異なり、細胞外に褐虫藻が共生するシャコガイについてもゲノム解読を行い、ほぼ染色体を再構築できるほどの高品質なゲノム情報を得ることができた。海洋生物の共生メカニズムの理解をより深めるため、別の共生系であるサツマハオリムシのゲノムも解読し、国際誌で報告した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Genomic Data Reveal Diverse Biological Characteristics of Scleractinian Corals and Promote Effective Coral Reef Conservation2024

    • Author(s)
      Shinzato Chuya、Yoshioka Yuki
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 16 Pages: -

    • DOI

      10.1093/gbe/evae014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genes possibly related to symbiosis in early life stages of Acropora tenuis inoculated with Symbiodinium microadriaticum2023

    • Author(s)
      Yoshioka Yuki、Chiu Yi-Ling、Uchida Taiga、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05350-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic and transcriptomic analyses illuminate the molecular basis of the unique lifestyle of a tubeworm, <i>Lamellibrachia satsuma</i>2023

    • Author(s)
      Uchida Taiga、Yoshioka Yuki、Yoshida Yu、Fujie Manabu、Yamaki Ayuta、Sasaki Akira、Inoue Koji、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      DNA Research

      Volume: 30 Pages: -

    • DOI

      10.1093/dnares/dsad014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic analysis of a reef‐building coral, <i>Acropora digitifera</i>, reveals complex population structure and a migration network in the Nansei Islands, Japan2022

    • Author(s)
      Tsuchiya Kojin、Zayasu Yuna、Nakajima Yuichi、Arakaki Nana、Suzuki Go、Satoh Noriyuki、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      Molecular Ecology

      Volume: 31 Pages: 5270~5284

    • DOI

      10.1111/mec.16665

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparative genomics highlight the importance of lineage-specific gene families in evolutionary divergence of the coral genus, Montipora2022

    • Author(s)
      Yoshioka Yuki、Suzuki Go、Zayasu Yuna、Yamashita Hiroshi、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      BMC Ecology and Evolution

      Volume: 22 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12862-022-02023-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionary History of DMSP Lyase-Like Genes in Animals and Their Possible Involvement in Evolution of the Scleractinian Coral Genus, Acropora2022

    • Author(s)
      Chiu Yi-Ling、Shinzato Chuya
    • Journal Title

      Frontiers in Marine Science

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fmars.2022.889866

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] シャコガイのゲノム解読と網羅的遺伝子発現解析による共生関連遺伝子の探索2024

    • Author(s)
      内田大賀, 島田剛,山下洋, 藤江学, 將口栄一, 新里宙也
    • Organizer
      日本水産学会春季大会
  • [Presentation] ウスエダミドリイシの初期生活期における共生関連遺伝子2023

    • Author(s)
      善岡祐輝、Yi-Ling Chiu、内田大賀 、山下洋、鈴木豪、新里宙也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会
  • [Presentation] Evolutionary strategy of the coral Montipora2023

    • Author(s)
      善岡祐輝、新里宙也
    • Organizer
      第25回日本進化学会
  • [Presentation] サンゴ-褐虫藻共生系の分子機構:異なる褐虫藻に対する宿主の遺伝子応答から探る2022

    • Author(s)
      善岡祐輝, 新里宙也
    • Organizer
      第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会合同大会
  • [Presentation] 共生開始時におけるウスエダミドリイシの異なる褐虫藻株に対する遺伝子発現応答の網羅的比較2022

    • Author(s)
      善岡 祐輝,山下 洋,鈴木 豪,新里 宙也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会
  • [Presentation] ナガレハナサンゴにおける蛍光タンパク質遺伝子の独自進化2022

    • Author(s)
      内田 大賀,識名 信也,新里 宙也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会
  • [Presentation] サツマハオリムシのゲノム解析と組織別トランスクリプトーム解析による共生関連遺伝子の探索2022

    • Author(s)
      内田大賀, 善岡祐輝, 新里宙也
    • Organizer
      第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 合同大会

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Published: 2024-12-25  

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