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2021 Fiscal Year Annual Research Report

The assembly mechanisms of the BAR domain proteins for physiological functions

Research Project

Project/Area Number 20H03252
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

末次 志郎  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (70345031)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
KeywordsBARドメイン
Outline of Annual Research Achievements

研究項目1 BARドメイン集合の臨界濃度および重合速度測定と影響する因子の探索
申請者らは、GAS7にCFPとYFPを融合させたタンパク質を用いて、脂質膜存在下でのみ、CFP-GAS7とYFP-GAS7の間にFRETを観察する事に成功している。このFRETを用いて、本研究項目では、GAS7の集合機構を調べるとともに、同様の手法を他の構造既知のFBP17のF-BARドメインなどに適用した。2021年度は、最適な脂質膜の脂質組成の検討とラグタイムや臨界濃度測定を行い、ラグタイムはほとんどないこと、また、臨海濃度は解離定数であるマイクロモル程度よりも低いことがわかった。さらに、重合の速さと脂質膜の結合力の関連を調べた。上記で検討した人工脂質膜との結合を、リポソーム共沈法など従来用いられてきた方法で検討し、相関していることがわかった。GAS7などほとんどのBARドメインを持つタンパク質はSH3ドメインを持ち、SH3ドメインを介して、アクチン重合を司るN-WASPやWAVEなどのポリプロリン配列に結合する。ポリプロリン配列は、複数のSH3ドメインと結合が可能であるので、N-WASPがGAS7の集合を促進する可能性がある。逆に、 BARタンパク質の膜上での集合は、N-WASPの膜への局在化を促進する可能性がある。したがって、N-WASPおよびBARタンパク質の膜上での局在量をリポソーム共沈法などで調べたところ、重合の促進に寄与することがわかった。
研究項目2 BARドメイン分子集合によるタンパク質酵素活性変換
GAS7やN-WASPのファゴサイトーシスカップにおける共局在を調べ、共局在していることを見出した。また、共発言ベクターを用いて、CFP-GAS7bとYFP-GAS7bを細胞に一定の量比で発現させ、細胞内でFRETを観察できることがわかった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

FRETによりBARドメインの重合程度を定量できる系を確立し、さらに、その制御因子を見出し再構成に成功しているため。

Strategy for Future Research Activity

細胞内でのFRETを調べることにより、再構成による知見が、細胞内でも成り立つことを調べる。

  • Research Products

    (16 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Interaction of Proteins with Biomembranes.2022

    • Author(s)
      Yosuke Senju,Shiro Suetsugu
    • Journal Title

      Membranes

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.3390/membranes12020181

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of a green reversibly photoswitchable variant of Eos fluorescent protein with fixation resistance.2021

    • Author(s)
      Mitsuo Osuga,Tamako Nishimura,Shiro Suetsugu
    • Journal Title

      Molecular biology of the cell

      Volume: 32 Pages: br7

    • DOI

      10.1091/mbc.E21-01-0044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamin 2 and BAR domain protein pacsin 2 cooperatively regulate formation and maturation of podosomes.2021

    • Author(s)
      Jianzhen Li,Kenshiro Fujise,Haymar Wint,Yosuke Senju,Shiro Suetsugu,Hiroshi Yamada,Kohji Takei,Tetsuya Takeda
    • Journal Title

      Biochemical and biophysical research communications

      Volume: 571 Pages: 145-151

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.07.041

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ultracentrifugal separation, characterization, and functional study of extracellular vesicles derived from serum-free cell culture.2021

    • Author(s)
      Hooi Ting Hu,Tamako Nishimura,Shiro Suetsugu
    • Journal Title

      STAR protocols

      Volume: 2 Pages: 100625

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100625

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] FBP17-mediated finger-like membrane protrusions in cell competition between normal and RasV12-transformed cells2021

    • Author(s)
      Tomoko Kamasaki,Yumi Miyazaki,Susumu Ishikawa,Kazuya Hoshiba,Keisuke Kuromiya,Nobuyuki Tanimura,Yusuke Mori,Motosuke Tsutsumi,Tomomi Nemoto,Ryota Uehara,Shiro Suetsugu,Toshiki Itoh,Yasuyuki Fujita
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 24 Pages: 102994

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102994

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The state of F-BAR domains as membrane-bound oligomeric platforms.2021

    • Author(s)
      Chloe E Snider,Wan Nurul Izzati Wan Mohamad Noor,Nhung Thi Hong Nguyen,Kathleen L Gould,Shiro Suetsugu
    • Journal Title

      Trends in cell biology

      Volume: 31 Pages: 644-655

    • DOI

      10.1016/j.tcb.2021.03.013

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] I-BARタンパク質MIMを介した細胞突起切断による細胞外小胞の形成とその生理機能2021

    • Author(s)
      西村 珠子,大山 拓也,Hooi Ting Hu,藤岡 敏史,末次 志郎
    • Organizer
      第73回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] BARタンパク質MIMを介した細胞膜に由来する細胞外小胞の形成機構とその生理機能2021

    • Author(s)
      西村 珠子,大山 拓也,Hu Hooi Ting,藤岡 敏史,末次 志郎
    • Organizer
      第8回細胞外小胞学会
  • [Presentation] 深層学習を用いた画像変換によるタン パク質局在の予測2021

    • Author(s)
      重根 圭,日朝 裕太,大竹 義人,西村 珠子,佐藤 嘉伸,末次 志郎
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
  • [Presentation] BARタンパク質MIMによる細胞膜からの細胞外小胞の形成2021

    • Author(s)
      西村 珠子,大山 拓也,Hooi Ting Hu,藤岡 敏史,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] PACSIN2の脂肪細胞分化への関与と深層学習を用いた脂肪細胞分化能の検出の試み2021

    • Author(s)
      松本 侑也,稲葉 岳彦,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] I-BARタンパク質を介した細胞膜に由来する細胞外小胞の形成機構とその生理機能2021

    • Author(s)
      末次 志郎,大山 拓也,Hooi Ting Hu,藤岡 敏史,西村 珠子
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 固定耐性を持つ緑色点滅蛍光タンパク質の開発とPALMへの応用2021

    • Author(s)
      大菅 光雄,西村 珠子,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] I-BARファミリータンパク質の細胞間接着形成における役割の解明2021

    • Author(s)
      古川 由莉,西村 珠子,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 細胞外小胞によって誘導される細胞運動へのF-BARタンパク質CIP4の役割2021

    • Author(s)
      藤岡 敏史,西村 珠子,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 機械学習を用いた細胞内タンパク質局在の推定2021

    • Author(s)
      重根 桂,日朝 裕太,大竹 義人,Soufi Mazen,Janewanthanakul Suphamon,西村 珠子,佐藤 嘉伸,末次 志郎
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会

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Published: 2023-12-25  

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