2020 Fiscal Year Annual Research Report
Early diagnosis of pancreatic cancer based on diversity of field defect and molecular genetic approach
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20H03655
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| Research Institution | Asahikawa Medical College |
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Principal Investigator |
水上 裕輔 旭川医科大学, 医学部, 教授 (30400089)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
谷上 賢瑞 東京大学, アイソトープ総合センター, 特任准教授 (90648627)
小野 裕介 医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, 臨床生体情報解析部, 部門長 (40742648)
唐崎 秀則 医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, 外科的消化器病疾患研究部, 客員研究員 (50374806)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 膵癌 / クローン進化 / 多領域シーケンシング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1）膵癌の全割固定標本を用いた主病変と背景病変の分子情報の取得：通常型膵癌及び膵IPMN関連癌切除材料の全割固定標本を詳細に検鏡し、肉眼的正常膵におけるPanINをはじめとする前駆病変（背景病変）の多発が確認できる症例を10例確保した。H-E標本及びCLDN18免疫染色をもとに、切除対象となった主病変（指標病変）を組織学的な多様性を基に多領域の分画に分けて、さらに背景病変を症例あたり30-100箇所をマッピングし、これらの病原の異型度と空間的な分布情報を取得した。さらに、FFPE材料を用いて連続切片を作成し、これらの病変群のより抽出した核酸を用いて、膵癌の代表的なドライバー変異をカバーするカスタムパネルを用いて変異情報を得た。その結果、指標病変におけるドライバー変異のプロファイルと、背景病変の過多ならびに分布パターンに一定の法則があることを見出した。2）膵癌切除材料生検体を用いたマッピング及び多領域サンプリング解析：MACSシステムを導入し、patient-derived xenograftを用いた条件検討の後に、第1例目の膵癌切除材料生検体を用いた腫瘍細胞分離を行った。ドライバー変異のプロファイルとRNA-seq解析（ショートリード発現解析）の対比により、低異型度から高異型度病変への進展、さらに浸潤に至る分子経路の特定を行っている。また、腫瘍のクローン進化経路のさらなる特定のためにロングリードシーケンシングの必要性があり、次年度の課題とした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の目標症例数に概ね到達しているが、微小病変を標的とする場合に限られた枚数の切片からシーケンス解析に十分な核酸が得られないことを経験した。
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| Strategy for Future Research Activity |
2021年度はFFPE材料を用いて連続切片から病変由来の核酸を得る際高いシーケンス成功率を得るために微小病変に一定の選択基準を設けなどの工夫を行う。また、膵癌切除材料生検体を用いたロングリード解析を先進ゲノム支援の協力を得て進める計画である。
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Research Products
(18 results)
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[Presentation] FEASIBILITY OF DIGITAL PCR-BASED QUANTIFICATION AND MUTATION ANALYSIS OF PLASMA CELL-FREE DNA FOR DIAGNOSIS AND SURVEILLANCE OF EARLY-STAGE PANCREATIC TUMORS.2020
Author(s)
Okada T, Mizukami Y, Koizumi K, Takahashi K, Iwano H, Asahara S, Kuwatani M, Kawamoto T, Sato H, Hayashi A, Kawabata H, Goto T, Sasajima J, Fujiya M, Ono Y, Karasaki H, Okumura T.
Organizer
DDW2020
Int'l Joint Research
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