A genome-wide association study in Japanese patients with rheumatoid arthritis in order to identify susceptibility loci for Methotrexate-associated lymphoproliferative disorder.

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20H03722
• Research Institution: Tokyo Women's Medical University
• Principal Investigator: 針谷 正祥 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (20238207)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 高地 雄太 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (60415156) ; 猪狩 勝則 東京女子医科大学, 医学部, 特任教授 (80343557)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 関節リウマチ / メトトレキサート関連リンパ増殖性疾患 / 関連遺伝子

Outline of Annual Research Achievements

当院で診療している関節リウマチ（RA）患者のうちメトトレキサート関連リンパ増殖性疾患（MTX-LPD）を発症した患者からのDNA収集を進め、今年度は新たに56名から得られた。既存のものと合わせ合計141名のMTX-LPD合併RA患者のDNAが得られた。当施設で実施中の大規模観察研究IORRAに登録された患者のうち、約3,200名の患者からDNA試料を収集し、このうち3,102名については全ゲノム領域の遺伝子多型を同定している。このうち、MTX-LPD患者を除く患者からMTX-LPD患者1 名に対し、MTX服用期間、年齢、性をマッチさせたRA患者5名を対照として抽出した。新たにDNAを収集したMTX-LPD患者の全ゲノム領域の遺伝子多型同定にはInfinium CoreExome-24 (イルミナ社) を用いる予定だが、サンプル収集の状況を鑑みて次年度に行うこととした。Quality control (QC) にはPLINK 1.9、構造化解析にはEIGENSTRATを使用する。1000ゲノムデータ (release v3) を参照データとし、IMPUTE2により遺伝子多型データの推測によるインピュテーションを行い、Infinium CoreExomeがカバーしていないSNVも含め約100万SNVのデータを得るが、対照および既存のMTX-LPD患者の多くはすでにこの過程を終えている。全ゲノム領域で得られた遺伝子多型データに基づき、日本人集団から得られた参照データを用いてSNP2HLAソフトウェアによりMHC領域に存在する多数のHLA遺伝子(現時点ではHLA-A、B、C、DRB1/3/4/5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1を想定している)の遺伝子型を統計学的に推定した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新たにDNAを収集したMTX-LPD患者の全ゲノム領域の遺伝子多型同定はサンプル収集の状況を鑑みて次年度に行うこととしたが、概ね順調に推移している。

Strategy for Future Research Activity

研究計画に沿って遂行する予定である。