2022 Fiscal Year Final Research Report

Construction of platform for clinical application of cancer omics data

Research Project

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Project/Area Number	20H03747
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Allocation Type	Single-year Grants
Section	一般
Review Section	Basic Section 55010:General surgery and pediatric surgery-related
Research Institution	Keio University
Principal Investigator	KITAGAWA Yuko 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (20204878)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	岡林剛史慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00338063) 川久保博文慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (20286496) 松田諭慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (30594725) 北郷実慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (70296599) 阿部雄太慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (70327526) 林田哲慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (80327543)
Project Period (FY)	2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords	がんゲノム医療 / バイオインフォマティクス / オミックスデータ / 自然言語処理 / 医学用語の構造化
Outline of Final Research Achievements	Clinical sequencing is now covered by insurance to promote cancer precision medicine. In addition to DNA, RNA, and clinical information are collected from the same specimen to construct omics data, and next-generation clinical sequencing is required to obtain an integrated portrait of the entire tumor. Understanding this information is not easy, but in order to create an environment that is not alien to the knowledge possessed by medical professionals and that follows a familiar way of thinking, we have developed an integrated analysis platform that enables visual analysis of clinical information, genomic data, and gene expression data. We developed a system for structuring medical records using natural language processing, and constructed a platform for efficiently and permanently adding clinical information essential for cancer precision medicine.
Free Research Field	消化器癌・乳癌
Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements	ゲノム情報の解析には通常プログラミング言語を使用し、大型のサーバーを用いたバイオインフォマティクス解析が行われる。そのため、臨床現場の医療従事者においては、解析技術を有するものは非常に少なく、その習得には膨大な時間を有するため、ゲノム情報を適切に処理し、理解することは不可能である。本研究で取り組んだように、臨床情報・ゲノム情報を含むオミックスデータを臨床医が視覚的・直感的に理解できる形式に変換することができれば、データが指し示す結果を参考に治療決定をしていくことが可能となる。これにより、本邦のがんゲノム医療を推進し、公に資することが可能になると考えられた。