2022 Fiscal Year Annual Research Report
Uncovering transmission of tuberculosis based on spatial molecular epidemiology with person flow data
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20H03932
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| Research Institution | Osaka Metropolitan University |
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Principal Investigator |
和田 崇之 大阪公立大学, 大学院生活科学研究科, 教授 (70332450)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤原 直哉 東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (00637449)
中谷 友樹 東北大学, 環境科学研究科, 教授 (20298722)
山本 香織 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (70649011)
竹内 昌平 長崎県立大学, 看護栄養学部, 講師 (80432988)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 感染症 / 結核 / 分子疫学 / 空間疫学 / ゲノミクス / 人流解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
大阪市域における結核患者（40歳未満）の結核菌株を2012~21年まで収集し，529株のゲノム配列データを獲得した．比較ゲノム解析によって株間ごとに変異数が少ない菌株クラスタを検出し，ペア間での患者情報を確認したところ，居住地間の距離との相関は認められず，約8割のペアが異なる行政区に居住していることが確認された．新型コロナウイルス感染症が発生した2020年以降もほぼ100%におよぶ菌株収集・ゲノムデータ取得を継続しており，その前後における結核発生状況を伝播経路の観点から分析するためのデータ基盤を形成できた．
人流解析では，リアルタイムデータとしてGPSデータを入手し，居住地推定およびログ数に基づくデータクレンジング，内挿処理を行い，大阪市人口に対し約2%に相当する位置データ（2ヶ月分）を得た．年齢構成のバイアスが大きく，50歳未満のユーザーに集中したデータであるため，居住者全体の動向として利用することはできないが，若年者の感染事例のみを対象とすることにより，感染伝播と人流の相関が検証可能である．
全国的に高頻度に分離される結核菌系統であるB2群は，広域かつ短期間での結核伝播のモデル菌株群として利用できる．今年度は，大阪市域の分離株2012~20年までの332株についてゲノム配列データを獲得し，系統分類することによって6つの亜群に細区分された．細分類によって菌株間の違いをより定量的に扱えることから，これらのデータを居住地・勤務地情報と結びつけ，それらの距離との相関を分析予定である．
現在進行中の解析およびデータ収集に関して，最終年度となる今年度以降も引き続き進めていく．
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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