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2021 Fiscal Year Annual Research Report

文字列の辞書式順序の組合せ論とその応用

Research Project

Project/Area Number 20H04141
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

坂内 英夫  東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 教授 (20323644)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井 智弘  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (20773360)
関 新之助  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 准教授 (30624944)
稲永 俊介  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (60448404)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords全単射 BWT / 辞書式圧縮 / 双方向マクロスキーム / Thue-Morse 文字列 / 繰り返し指標
Outline of Annual Research Achievements

本年度の主な成果は以下の通りである。1) 任意の文字列に対して全単射 Burrows-Wheeler 変換 (Bijective BWT) を計算する初の線形時間アルゴリズムを提案した。 2) 文法圧縮アルゴリズム GCIS に基づく、線形時間で構築可能な圧縮索引構造を提案した。GCIS が局所性を持つこと、すなわち文字列の任意の出現において文法上の構造が同じである「コア」が存在することを示し、本索引を用いて長さ m のパターン文字列の occ 個のすべての出現をO(m log S + k log S log n+occ) 時間で求めることができる。ここで、n はテキスト文字列の長さ、S は文法のサイズ、k は文法の生成規則中のパターンのコアの出現回数を表す。3) Thue-Morse 語という文字列のクラスに対し、辞書式圧縮において最も表現力の高い双方向マクロスキームのサイズについて精密な解析を行い、n 番目の Thue-Morse 語 t(n) の最小双方向マクロスキームのサイズ b は、n ≧ 2 に対して n +2 であることを示した。この結果とt(n) の最小文字列アトラクタサイズ γ がn ≧ 4 に対して 4 であるという昨年度得られた成果とを合わせることにより、最小アトラクタサイズと最小双方向マクロスキームサイズが分離されること、すなわち、最小アトラクタサイズは辞書式圧縮の下界であるが、下限ではなく、辞書式圧縮の表現力では最小アトラクタサイズまでは圧縮できない場合があることを初めて示した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年度と同様にコロナウィルスの感染拡大により、国際会議等における研究ディスカッションや共同研究の打ち合わせなどが想定より制限された面もあるが、取り組んだ課題で 一定の成果が得られているため、順調と考えられる。

Strategy for Future Research Activity

引き続き課題として挙げている問題に取り組むとともに、新しい課題についても適宜開拓してく。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 5 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ヘルシンキ大学(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      ヘルシンキ大学
  • [Int'l Joint Research] ニコラウス・コペルニクス大学(ポーランド)

    • Country Name
      POLAND
    • Counterpart Institution
      ニコラウス・コペルニクス大学
  • [Journal Article] Palindromic trees for a sliding window and its applications2022

    • Author(s)
      Mieno Takuya、Watanabe Kiichi、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Information Processing Letters

      Volume: 173 Pages: 106174~106174

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2021.106174

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] c-trie++: A dynamic trie tailored for fast prefix searches2021

    • Author(s)
      Tsuruta Kazuya、Koeppl Dominik、Kanda Shunsuke、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Information and Computation

      Volume: - Pages: 104794~104794

    • DOI

      10.1016/j.ic.2021.104794

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Parameterized Suffix Tray2021

    • Author(s)
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Proceedings of the 12th International Conference on Algorithms and Complexity

      Volume: LNCS 12701 Pages: 258~270

    • DOI

      10.1007/978-3-030-75242-2_18

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Constructing the Bijective and the Extended Burrows-Wheeler Transform in Linear Time2021

    • Author(s)
      Hideo Bannai, Juha Karkkainen, Dominik Koeppl, Marcin Piatkowski
    • Journal Title

      Proceedings of the 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021)

      Volume: LIPIcs 191 Pages: 7:1-7:16

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2021.7

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A Separation of $$\gamma $$ and b via Thue-Morse Words2021

    • Author(s)
      Bannai Hideo、Funakoshi Mitsuru、I Tomohiro、Koeppl Dominik、Mieno Takuya、Nishimoto Takaaki
    • Journal Title

      Proceedings of the 28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)

      Volume: LNCS 12944 Pages: 167~178

    • DOI

      10.1007/978-3-030-86692-1_14

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Longest Common Rollercoasters2021

    • Author(s)
      Fujita Kosuke、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Proceedings of the 28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)

      Volume: LNCS 12944 Pages: 21~32

    • DOI

      10.1007/978-3-030-86692-1_3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Grammar Index by Induced Suffix Sorting2021

    • Author(s)
      Akagi Tooru、Koeppl Dominik、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Proceedings of the 28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)

      Volume: LNCS 12944 Pages: 85~99

    • DOI

      10.1007/978-3-030-86692-1_8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficiently computing runs on a trie2021

    • Author(s)
      Sugahara Ryo、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Theoretical Computer Science

      Volume: 887 Pages: 143~151

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2021.07.011

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Computing Minimal Unique Substrings for a Sliding Window2021

    • Author(s)
      Mieno Takuya、Fujishige Yuta、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Journal Title

      Algorithmica

      Volume: 84 Pages: 670~693

    • DOI

      10.1007/s00453-021-00864-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] The Parameterized Suffix Tray2021

    • Author(s)
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Organizer
      12th International Conference on Algorithms and Complexity (CIAC 2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Constructing the Bijective and the Extended Burrows-Wheeler Transform in Linear Time2021

    • Author(s)
      Hideo Bannai, Juha Karkkainen, Dominik Koeppl, Marcin Piatkowski
    • Organizer
      32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Repetitions in Strings: A "Constant" Problem2021

    • Author(s)
      Hideo Bannai
    • Organizer
      32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A Separation of $$\gamma $$ and b via Thue-Morse Words2021

    • Author(s)
      Bannai Hideo、Funakoshi Mitsuru、I Tomohiro、Koeppl Dominik、Mieno Takuya、Nishimoto Takaaki
    • Organizer
      28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Longest Common Rollercoasters2021

    • Author(s)
      Fujita Kosuke、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Organizer
      28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Grammar Index by Induced Suffix Sorting2021

    • Author(s)
      Akagi Tooru、Koeppl Dominik、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • Organizer
      28th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2021)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-12-28  

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