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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Weakly supervised learning using domain knowledge and meta-data in life science

Research Project

Project/Area Number 20H04211
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

備瀬 竜馬  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (00644270)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 末廣 大貴  九州大学, システム情報科学研究院, 助教 (20786967)
渡邉 和秀  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 客員主管研究員 (40749397)
吉澤 明彦  京都大学, 医学研究科, 准教授 (80378645)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsバイオイメージインフォマティクス / 弱教師学習 / 半教師あり学習 / 教師なし学習
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では,生命科学特有の簡易に取得可能な弱教師に鑑みて,従来検討されていなかった弱教師あり学習および半教師あり学習の問題設定の提案とその解決手法として,以下を進めた.1)複数のデータ(インスタンス)の集合からなるバッグに対して,クラス比率のみが与えられている比率学習の問題設定において,バッグ数(ラベル数)が減ると精度が減少する問題に着目し,オンライン予測を用いて疑似ラベルを振る手法を提案した;2)個々の細胞領域をセグメンテーションするタスクにおいて,細胞の種類と個々の細胞の中心付近の座標という2つの弱教師ありデータを用いて学習する手法を提案した;3)病理画像のセグメンテーションタスクにおいて,少数の教師データのみで学習するための手法として,推定信頼度に加えて空間情報を用いる新しい疑似ラベル手法を提案した;4)少数の教師データによる医療画像のセグメンテーションタスクの学習において,前景領域を保持しつつ,背景領域のみに摂動を与えてデータ拡張をすることで,高精度なセグメンテーションを実現した.
その結果,これらの研究成果が,MICCAI2022(医療画像解析分野におけるトップ国際会議, h5-index:78)1本,ISBI2023(Google Scholar ランキング Medical Imaging Top16, h5-index:55)に2本,ICASSP2023(信号処理分野におけるトップ国際会議, h5-index:110)1本,WACV2022に1本(h5-index:76),CVPR Workshop(h5-index:106)に1本,MIUA2022(h5-index:16)に1本に採択された.また,国内会議において,計9本の発表を行い,1つの賞を受賞した.

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] The Chinese University of Hong Kong(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      The Chinese University of Hong Kong
  • [Journal Article] Cell Tracking in C. Elegans with Cell Position Heatmap-Based Alignment and Pairwise Detection2023

    • Author(s)
      Kaito Shiku1 , Hiromitsu Shirai1 , Takeshi Ishihara, Ryoma Bise
    • Journal Title

      International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC) 2023

      Volume: NA Pages: NA

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Learning from Label Proportion with Online Pseudo-Label Decision by Regret Minimization2023

    • Author(s)
      Shinnnosuke Matsuo, Ryoma Bise, Seiichi Uchida, Daiki Suehiro
    • Journal Title

      IEEE International Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing (ICASSP 2023)

      Volume: NA Pages: NA

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatial Distribution-based Pseudo Labeling for Pathological Image Segmentation2023

    • Author(s)
      Yuki Shigeyasu, Shota Harada, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Ryoma Bise
    • Journal Title

      IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2023

      Volume: NA Pages: NA

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mixing Data Augmentation with Preserving Foreground Regions in Medical Image Segmentation2023

    • Author(s)
      Xiaoqing Liu, Kenji Ono, Ryoma Bise
    • Journal Title

      IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2023

      Volume: NA Pages: NA

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Weakly Supervised Cell-Instance Segmentation with Two Types of Weak Labels by Single Instance Pasting2023

    • Author(s)
      Nishimura Kazuya、Bise Ryoma
    • Journal Title

      IEEE/CVF Winter Conference on Applications of Computer Vision (WACV)

      Volume: NA Pages: 3185-3194

    • DOI

      10.1109/WACV56688.2023.00320

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Multi-Class Cell Detection Using Modified Self-Attention2022

    • Author(s)
      Sugimoto Tatsuhiko、Ito Hiroaki、Teramoto Yuki、Yoshizawa Akihiko、Bise Ryoma
    • Journal Title

      IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW)

      Volume: NA Pages: 1855-1863

    • DOI

      10.1109/CVPRW56347.2022.00202

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 非剛体レジストレーションを用いた線虫の時系列3D神経細胞の追跡2023

    • Author(s)
      志久開人, 白井洸充, 石原健, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, MI2023-3
  • [Presentation] 部分的なラベル比率からの学習2023

    • Author(s)
      松尾信之介, 末廣大貴, 内田誠一, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2023-3
  • [Presentation] 部分的なアノテーションを用いた細胞分裂検出2023

    • Author(s)
      西村 和也, 刀谷 在美, 中馬 新一郎, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2023-3
  • [Presentation] 撮影順序情報を活用した潰瘍性大腸炎分類モデルの提案2023

    • Author(s)
      原田翔太, 備瀬竜馬, 田中聖人, 内田誠一
    • Organizer
      情報処理学会コンピュータビジョンとイメージメディア研究会, 2023-CVIM-232
  • [Presentation] オンライン予測理論に基づく擬似ラベル手法によるクラス比率からの学習2022

    • Author(s)
      松尾信之介, 備瀬竜馬, 内田誠一, 末廣大貴
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2022-12
  • [Presentation] 特徴量ワーピングを導入した時間情報集約によるマルチオブジェクトトラッキング2022

    • Author(s)
      浅海標徳, 西村和也, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2022-12
  • [Presentation] 部分的な教師データを用いた細胞検出2022

    • Author(s)
      藤井和磨, 末廣大貴, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2022-12
  • [Presentation] バイオメディカル画像解析に関する Label efficient learning2022

    • Author(s)
      内田誠一, 備瀬竜馬
    • Organizer
      第31回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 病理画像セグメンテーションにおける腫瘍領域の空間分布に基づく疑似ラベル選択法の提案2022

    • Author(s)
      重安 勇輝, 原田 翔太, 荒木 健吾, 吉澤 明彦, 寺田 和弘, 寺本 祐記, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
  • [Presentation] Self-Attentionによる大局的時間情報を考慮した複数物体トラッキング2022

    • Author(s)
      浅海 標徳, 林田 純也, 西村 和也, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
  • [Presentation] Semi-Supervised Domain Adaptation for Class-Imbalanced Dataset2022

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata-Rokutan, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Seiichi Uchida
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
  • [Presentation] Deep Non-Rigid Registration for Noisy-and-Corrupted Images2022

    • Author(s)
      Takanori Asanomi, Kazuya Nishimura, Song Heon, Junya Hayashida, Hiroyuki Sekiguchi, Takayuki Yagi, Imari Sato, Ryoma Bise
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
  • [Presentation] 複数種の弱教師を用いたsingle instance pastingによる細胞画像セグメンテーション2022

    • Author(s)
      西村 和也, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
  • [Presentation] 病理画像における腫瘍領域の空間分布に基づく半教師学習2022

    • Author(s)
      重安勇輝, 原田翔太, 荒木健吾, 吉澤明彦, 寺田和弘, 寺本祐記, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2022-5

URL: 

Published: 2023-12-25  

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