2022 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of Cancer Evolution by Single Cell Amplicomics
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20J01794
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
中山 淳 国立研究開発法人国立がん研究センター, 細胞情報学分野, 特別研究員(PD) (30801237)
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| Project Period (FY) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| Keywords | DCIS / scRNA-seq / 不均一性 / VARIED / 定量的ネットワークトポロジー / HER2陽性乳癌 / 浸潤性乳管がん / 乳がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
令和4年度の研究成果として、収集した臨床検体のシングルセルRNA-seq解析を実施し、LuminalサブタイプDCIS検体、Luminal-HER2サブタイプDCIS検体、Luminalサブタイプ原発腫瘍、HER2陽性サブタイプ原発腫瘍の統合解析を行った。その結果、DCISに特徴的な遺伝子をシングルセルレベルで抽出することに成功した。また、DCISですでにERBB2遺伝子増幅領域に含まれる遺伝子が複数発現上昇していることを見出した。
さらに、定量的ネットワークトポロジーを用いた遺伝子発現不均一性の解析VARIED法を開発した。このVARIED法を適用することで、乳がんにおける間質細胞の不均一性の増大を見出した。これらの結果は従来の知見をサポートするものであり、不均一性を定量的に議論することが可能となった。
これらの結果を統合し、Cancer Research誌に成果を報告した（Tokura and Nakayama (Co-first) et al., Cancer Research, 2022）。
当初の計画以上に進展しており、新たなシングルセル解析手法の開発に取り組む予定である。
現在は、本研究課題をさらに発展させ、浸潤性小葉がんのシングルセル・空間トランスクリプトーム解析やVARIED法の適用拡張のための共同研究を推進している。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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