2020 Fiscal Year Annual Research Report
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20J20851
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
安部 佳亮 筑波大学, 人間総合科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| Keywords | シングルセルRNAシーケンス / リンパ腫 / 間質細胞 / 血管内皮細胞 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
シングルセルRNAシーケンスの技術を用いて、造血器悪性腫瘍の多様性について解析を行う方針とした。
当初白血病モデルマウスを対象とすることを検討していたが、先行研究の状況などを加味し、より新規性の高い研究となる様に対象細胞の検討を入念に行い、造血器悪性腫瘍の微小環境細胞に注目することとした。特に非血液細胞である間質細胞（血管内皮細胞、リンパ管内皮細胞を含む）を対象とし、疾患については悪性リンパ腫とした。
具体的な背景として、悪性リンパ腫の間質細胞は腫瘍の進展に寄与することが示唆されてきたものの、研究報告はこれまで非常に少なく、シングルセル解析についても報告がない。
そこで今回、ヒトリンパ節・リンパ腫を収集し、間質細胞を抽出し、シングルセル解析を行う方針とした。解析対象のリンパ腫のサブタイプとしては、現在最も間質細胞に関する知見が集積されている濾胞性リンパ腫(FL)をメインとした。
各診療科と連携しヒトサンプルを集積する枠組みを構築し、ヒト正常リンパ節を9例、FLを10例、その他のサブタイプのリンパ腫を8例収集した。
シングルセル解析の結果、リンパ節の間質細胞を30のサブクラスター（血管内皮細胞：10、リンパ管内皮：8、非内皮性間質細胞：12）に細分化することに成功し、各サブクラスターの存在とリンパ節での局在を免疫染色で確かめた。これらのサブクラスターごとの遺伝子発現の特徴がFLの間質においても残っていることを見出し、サブクラスターごとの比較解析を実施した。遺伝子発現の変化が非内皮性間質細胞のサブクラスターで最も大きいことを見出した。更にFLの全30サブクラスターで様々に遺伝子発現やそこから推定される腫瘍細胞との細胞間相互作用が変動していることがわかり、これまで明らかとなっていなかった悪性リンパ腫の間質リモデリングの全体像を明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験系を確立しサンプルを多数例集積することに成功した。
これまで解析が進んでいないヒト正常リンパ節の間質細胞の多様性を明らかにし、疾患におけるそれらの変化を調査する将来的な研究のベースとなるデータを得た。
さらに悪性リンパ腫における間質細胞の多様性の変化を明らかにし論文化のための原稿作成が完了しており、現在投稿活動中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
濾胞性リンパ腫患者10症例のサンプルから抽出した間質細胞のシングルセルデータをもとに、CellPhoneDBパイプラインを用いて腫瘍細胞と間質細胞の相互作用を網羅的に解析する。そのために、凍結保存していた濾胞性リンパ腫の血液細胞成分のシングルセル解析を実施し、腫瘍細胞の遺伝子発現データを確保する。細胞間相互作用解析の結果として挙がってきた重要な分子に関して、免疫染色を行いその発現上昇を確認し、腫瘍細胞との位置関係を解析する。また、血液細胞成分に発現がみられず、間質細胞成分のみで発現上昇が見られる遺伝子を抽出し、公開されている濾胞性リンパ腫の網羅的な遺伝子発現データを利用して患者予後に影響を与える間質由来のバイオマーカーを同定する。nCounterシステムを導入し、同定した遺伝子発現に関して筑波大学病院とその関連施設の患者コホートにおいてもその予後的影響を検証する。
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