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2020 Fiscal Year Annual Research Report

小分子結合ペプチドの分子進化工学的スクリーニング探索とバイオイメージングへの応用

Research Project

Project/Area Number 20J22783
Research InstitutionUniversity of Yamanashi

Principal Investigator

山本 美月  山梨大学, 医工農学総合教育部, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2020-04-24 – 2023-03-31
KeywordsDirected evolution / SELEX / PUREシステム / cDNAディスプレイ / ジベンゾシクロオクチン / 蛍光ラベリング / 部位特異的ラベリング / 反応性ペプチドタグ
Outline of Annual Research Achievements

合成小分子のジベンゾシクロオクチンに対して、大腸菌由来の再構成型無細胞転写・翻訳系(PUREシステム)により調製した数兆種類のcDNAディスプレイ型ペプチドタグライブラリーからの分子進化工学的スクリーニング(SELEX)法により、新規の小分子結合ペプチドタグの探索を行なった。クローニングおよび配列解析の結果、ジベンゾシクロオクチンに共有結合する新規ペプチドタグの同定に成功した。また、ジベンゾシクロオクチン結合ペプチドタグの末端欠損変異体のジベンゾシクロオクチン反応性解析により、最小化ジベンゾシクロオクチン結合ペプチドタグの同定にも成功した。更に、PUREシステム内でジベンゾシクロオクチン反応性最小化ペプチドタグ融合モデル標的タンパク質を発現させ、赤色蛍光プローブ修飾ジベンゾシクロオクチンとの反応産物のゲル内蛍光イメージング解析により、PUREシステム内でジベンゾシクロオクチン反応性最小化ペプチドタグ融合モデル標的タンパク質が赤色蛍光ラベルされていることを実証した。
本研究成果は、第72回日本細胞生物学会大会および第57回ペプチド討論会の学会で成果発表を行い、JAACT2020の国際学会でも成果発表を行なっている。また、査読付き学術論文であるBiochemical and Biophysical Research Communications誌に掲載される研究成果発表も併せて行なっている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

合成小分子のジベンゾシクロオクチンに対して、大腸菌由来の再構成型無細胞転写・翻訳系(PUREシステム)により調製した数兆種類のcDNAディスプレイ型ペプチドタグライブラリーからの分子進化工学的スクリーニング(SELEX)法により、新規の小分子結合ペプチドタグの探索を行なった結果、ジベンゾシクロオクチンに共有結合する新規ペプチドタグの同定に成功したため。また、ジベンゾシクロオクチン結合ペプチドタグの末端欠損変異体のジベンゾシクロオクチン反応性解析により、最小化ジベンゾシクロオクチン結合ペプチドタグの同定にも成功したため。更に、PUREシステム内でジベンゾシクロオクチン反応性最小化ペプチドタグ融合モデル標的タンパク質を発現させ、赤色蛍光プローブ修飾ジベンゾシクロオクチンとの反応産物のゲル内蛍光イメージング解析により、PUREシステム内でジベンゾシクロオクチン反応性最小化ペプチドタグ融合モデル標的タンパク質が赤色蛍光ラベルされていることを実証したため。
そして、本研究成果は、第72回日本細胞生物学会大会および第57回ペプチド討論会の学会で成果発表を行い、JAACT2020の国際学会でも成果発表を行なっているため。また、査読付き学術論文であるBiochemical and Biophysical Research Communications誌に掲載される研究成果発表も併せて行なっているため。

Strategy for Future Research Activity

これまでに、合成小分子のジベンゾシクロオクチン(DBCO)に対して大腸菌由来の再構成型無細胞転写・翻訳系(PUREシステム)により調製した数兆種類のcDNAディスプレイ型ペプチドタグライブラリーからの分子進化工学的スクリーニング(SELEX)法により新規のDBCO結合ペプチドタグ(MRWKRMCLYPRWRWNRRYTYYMY)を同定し、末端欠損変異体ペプチドのDBCO反応性解析により最小化DBCO反応性ペプチドタグを開発し、ゲル内蛍光イメージング解析によりモデルタンパク質ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)に融合したDBCO反応性最小化ペプチドタグに部位特異的にテトラメチルローダミン修飾DBCOがラベルされていることを実証した(Biochemical and Biophysical Research Communications、534、pp27-33、2021)。一方、PUREシステム内在タンパク質へのテトラメチルローダミン修飾DBCOの反応が観察されたことから、より反応性の高い小分子結合ペプチドタグの開発が細胞内タンパク質蛍光イメージングには必要であることも同時に判明していた。
そこでDBCOとは異なる合成小分子に対してPUREシステムにより調製した数兆種類のcDNAディスプレイ型ペプチドタグライブラリーからのSELEXにより、新規の小分子結合ペプチドタグの探索を行い、その機能解析を行なっていく予定である。

  • Research Products

    (8 results)

All 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Directed evolution of dibenzocyclooctyne-reactive peptide tags for protein labeling2021

    • Author(s)
      Ando Takehiro、Takamori Yukio、Yokoyama Takumi、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 534 Pages: 27~33

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.12.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In?vitro display evolution of IL-6R-binding unnatural peptides ribosomally initiated and cyclized with m-(chloromethyl)benzoic acid2021

    • Author(s)
      Takamori Yukio、Ando Takehiro、Fuji Daisuke、Yokoyama Takumi、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 535 Pages: 47~53

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.11.123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In?vitro display evolution of the PURE system-expressed TNFα-binding unnatural cyclic peptide containing an N-methyl-d-amino acid2021

    • Author(s)
      Tsukamoto Keita、Ando Takehiro、Fuji Daisuke、Yokoyama Takumi、Takamori Yukio、Horiuchi Daisuke、Iwamoto Rina、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 534 Pages: 519~525

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.11.050

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In?vitro selection generates RNA aptamer that antagonizes PCSK9?LDLR interaction and recovers cellular LDL uptake2021

    • Author(s)
      Ando Takehiro、Yamamoto Mizuki、Yokoyama Takumi、Horiuchi Daisuke、Kawakami Takashi
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 131 Pages: 326~332

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.10.009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] <i>In vitro</i> selection of an RNA aptamer yields an interleukin-6/interleukin-6 receptor interaction inhibitor2021

    • Author(s)
      Ando Takehiro、Yamamoto Mizuki、Takamori Yukio、Tsukamoto Keita、Fuji Daisuke、Kawakami Takashi
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 85 Pages: 1170~1174

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa124

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] PUREシステムとcDNAディスプレイ法による細胞内タンパク質のイメージングと制御のための小分子結合ペプチドタグの分子進化2020

    • Author(s)
      山本美月、安東丈洋、川上隆史
    • Organizer
      第57回ペプチド討論会
  • [Presentation] PUREシステムとcDNAディスプレイ法を用いた新規小分子結合ペプチドタグの開発と細胞内タンパク質蛍光イメージングへの応用2020

    • Author(s)
      山本美月、安東丈洋、高守幸男、堀内大輔、横山匠、川上隆史
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] Imaging and manipulating proteins in living mammalian cells by small-molecule-binding peptide tags2020

    • Author(s)
      Mizuki Yamamoto, Takehiro Ando, Takumi Yokoyama, Daisuke Horiuchi, Yukio Takamori, Shinji Masui, and Takashi Kawakami
    • Organizer
      JAACT2020
    • Invited

URL: 

Published: 2022-12-28  

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