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2021 Fiscal Year Annual Research Report

バクテリオファージの細菌叢制御を介した次世代型細菌感染症治療戦略の確立

Research Project

Project/Area Number 20J23348
Research InstitutionRakuno Gakuen University

Principal Investigator

中村 暢宏  酪農学園大学, 獣医学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2020-04-24 – 2023-03-31
Keywordsファージセラピー / バクテリオファージ / 薬剤耐性菌 / 細菌叢 / ファージ耐性 / トレードオフ
Outline of Annual Research Achievements

前年度では、獣医療でのファージ療法実施開始を目指して実験犬を用いてファージ投与安全性試験を実施した。
そして本年度では、酪農学園大学附属動物医療センターにおいてヒト医療を含め日本初となるファージ療法の臨床試験を開始し、2症例に対してファージ療法を実施した。そのうちの1症例は緑膿菌感染を伴う犬慢性外耳炎であり、複数種の緑膿菌ファージを混合させたファージカクテルを外耳道内に投与し、治療を行なった。一部外科的な処置も併用することで耳道内の菌数は顕著に減少し、完治に至った。また、耳道内の細菌叢解析を実施し、治療経過に伴う細菌叢の変化について調査したところ、緑膿菌を含むシュードモナス科の比率がファージ療法開始とともに減少していったことが明らかとなった。さらに、ファージ療法開始後にはファージの溶菌活性に対して抵抗性を持つファージ耐性菌の出現が認められた。全ゲノムシーケンスを実施し、ファージ耐性菌における変異遺伝子を検出したところ、線毛をコードする遺伝子変異が認められ、線毛が関わる細菌の運動性が低下していることがわかった。
上記のようにファージ耐性菌は試験管内、さらにはファージ療法を実施した犬の体内でも容易に出現することがわかった。しかしながら、ファージ耐性獲得の代償として細菌にとって不利益な表現型となる可能性を同時に見出した。このようなトレードオフの関係に着目し、他の細菌においても同様な現象が見られるか検証するために、in vitroでファージ耐性を獲得させたMRSAについて解析を行なった。すると、ファージ耐性化は2つの遺伝子変異に起因することがNGSを用いた変異解析から推定され、またその結果、薬剤感受性が向上し、さらには病原性が低下することを明らかとした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では獣医領域におけるファージ療法臨床試験の開始を目標として掲げている。本年度はヒト医療よりも先駆けて日本で初めてその臨床試験を開始することができ、また実際に2症例に対してファージ療法を実施することができた。さらに、外耳炎に対する臨床試験では細菌叢解析を実施したところ、病原菌のみを減少させ、他の細菌種には悪影響を与えていないことがわかった。また、臨床試験を実施する過程で出現してきたファージ耐性菌の表現型変化に新たな研究の着想を得ることができ、さらに研究を発展させることができた。

Strategy for Future Research Activity

本年度のファージ療法実施の経験を生かし、2022年度も引き続きファージ臨床試験の実施とそれに向けた準備を行う。具体的には獣医領域において病原細菌として分離されやすい菌種に感染性のあるファージを複数種分離する予定である。また、随時ファージのゲノム解析、レセプター分子の特定、有効なファージカクテルの設計を行い、臨床試験をいつでも開始できる状態にする。ファージ療法実施の際は治療経過に伴うファージ耐性菌出現の動向とその変異遺伝子の特定、及び表現型の解析を実施することで、ファージカクテルの違いによる細菌の変異の方向性を推定することを試みる。また、MRSAのファージ耐性メカニズムと表現型の変化についてさらに詳細に解析するため、変異遺伝子を強制発現させる復帰試験と野生株を用いたknock out株を作成して検証を行う予定である。

  • Research Products

    (8 results)

All 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Novel Virulent Bacteriophage ΦSG005, Which Infects Streptococcus gordonii, Forms a Distinct Clade among Streptococcus Viruses2021

    • Author(s)
      Fujiki Jumpei、Yoshida Shin-ichi、Nakamura Tomohiro、Nakamura Keisuke、Amano Yurika、Nishida Keita、Nishi Keitaro、Sasaki Michihito、Iwasaki Tomohito、Sawa Hirofumi、Komatsuzawa Hitoshi、Hijioka Hiroshi、Iwano Hidetomo
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 13 Pages: 1964~1964

    • DOI

      10.3390/v13101964

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fluctuating Bacteriophage-induced galU Deficiency Region is Involved in Trade-off Effects on the Phage and Fluoroquinolone Sensitivity in Pseudomonas aeruginosa2021

    • Author(s)
      Nakamura Keisuke、Fujiki Jumpei、Nakamura Tomohiro、Furusawa Takaaki、Gondaira Satoshi、Usui Masaru、Higuchi Hidetoshi、Tamura Yutaka、Iwano Hidetomo
    • Journal Title

      Virus Research

      Volume: 306 Pages: 198596~198596

    • DOI

      10.1016/j.virusres.2021.198596

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of a Veterinary Pseudomonas aeruginosa Isolate, Pa122021

    • Author(s)
      Nakamura Keisuke、Fujiki Jumpei、Furusawa Takaaki、Nakamura Tomohiro、Gondaira Satoshi、Sasaki Michihito、Usui Masaru、Higuchi Hidetoshi、Sawa Hirofumi、Tamura Yutaka、Iwano Hidetomo
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 10 Pages: 33-35

    • DOI

      10.1128/mra.00398-21

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌におけるファージ耐性化と病原性低下のトレードオフ2022

    • Author(s)
      中村暢宏、西田啓汰、藤木 純平、村田亮、山本一貴、市川聡、岩野 英知
    • Organizer
      第56回緑膿菌感染症研究会
    • Invited
  • [Presentation] MRSAのファージ耐性獲得によるβラクタム系抗菌薬の再感受性化2022

    • Author(s)
      中村暢宏、西田啓汰、藤木 純平、村田亮、山本一貴、市川聡、岩野 英知
    • Organizer
      第95回日本細菌学会総会
  • [Presentation] バクテリオファージを用いた新規アトピー性皮膚炎制御戦略の構築2021

    • Author(s)
      中村暢宏、藤木純平、松田研史郎、松田浩珍、岩野英知
    • Organizer
      第164回日本獣医学会学術集会
  • [Presentation] イヌ緑膿菌性外耳炎に対するファージカクテル療法の実施とファージ耐性菌の出現について2021

    • Author(s)
      中村暢宏、酒井俊和、藤木純平、中村圭佑、岩野英知
    • Organizer
      日本ファージセラピー研究会第1回研究集会
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌におけるファージ耐性化と病原性低下のトレードオフ2021

    • Author(s)
      中村暢宏、西田啓汰、藤木 純平、村田亮、山本一貴、市川聡、岩野 英知
    • Organizer
      第44回分子生物学会年会

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Published: 2022-12-28  

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