Synthetic lethality against cholangiocarcinoma as a new treatment strategy

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20J23386
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 近藤 知大 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)
• Project Period (FY): 2020-04-24 – 2023-03-31
• Keywords: 胆道がん / DNA damage response

Outline of Annual Research Achievements

CRISPR-Cas9プラスミドを用いた、ATR遺伝子、CHK1遺伝子、WEE1遺伝子のノックアウト細胞株を作成し、ウエスタンブロットでその効果を確認した。また、ゲノム編集技術CRISPR-Cas9を用いた遺伝子スクリーニング法であるCRISPRスクリーニングの実施を検討しており、予備検討を進めている。Xenograftモデルの準備について、数種類の胆道癌細胞株をヌードマウスに皮下移植し作成したxenograft腫瘍を作成中である。次世代シーケンサーによる研究が進み胆道がんにおいてもMolecular subtypeを考慮した、分子標的治療の有効性が示されている。また、近年の報告では、IDH1遺伝子変異を有する胆道がんに対するIDH1阻害薬の開発が進んでいる。IDH1遺伝子に変異を有するがん細胞は、DNA 損傷の修復能が低下すると報告されている。一方で、このDNA損傷修復経路へのIDH1遺伝子変異の影響が胆道由来の腫瘍でどのように認められるかは不明であることから、IDH1遺伝子変異を抑制する阻害剤の有無で遺伝子発現をRNA-seq法で網羅的に比較した。その結果、Liver morphogenesisに関わる遺伝子セットに変化を認めた。胆道癌において、IDH1遺伝子とDNA 損傷の修復能等を評価することを目的として、IDH1ノックアウト細胞株及びIDH1遺伝子強制発現株を作成中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

CRISPR-Cas9プラスミドを用いて、ATR、CHK1、WEE1遺伝子のノックアウト用のレンチウイルスを作成、胆道癌の細胞株へCHK1, ATR, WEE1ノックアウト細胞株を作成した。また、in vivoでの有効性試験の準備として、ヌードマウスを用いたxenograftモデルの作成を現在行っており、基礎研究の手技・知識の習得を含めて順調に進展している。さらには、近年の胆道癌に対する網羅的遺伝子プロファイル解析の結果に基づき、IDH1変異サブタイプをはじめとする各molecular subtypeに対する分子標的療法との組み合わせも視野に入れて、in vitroでの治療法候補の探索を継続しており、来年度以降も進捗が見込まれる。

Strategy for Future Research Activity

RNA-seq法の結果に基づき、遺伝子ノックアウト細胞株やIDH1阻害剤と他の阻害剤との併用療法で結果の確認を進める。また、IDH1強制発現細胞株の作成、in vivoでの評価系についても準備をすすめる予定である。

Research Products

• [Journal Article] Comprehensive genomic profiling for patients with chemotherapy‐na?ve advanced cancer (2020)
  • Author(s): Kondo Tomohiro、Matsubara Junichi、Quy Pham Nguyen、Fukuyama Keita、Nomura Motoo、Funakoshi Taro、Doi Keitaro、Sakamori Yuichi、Yoshioka Masahiro、Yokoyama Akira、Tamaoki Masashi、Kou Tadayuki、Hirohashi Kenshiro、Yamada Atsushi、Yamamoto Yoshihiro、Minamiguchi Sachiko、Nishigaki Masakazu、et al.
  • Journal Title: Cancer Science Volume: 112 Pages: 296～304
  • DOI: 10.1111/cas.14674
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] BRCA2 Reversion Mutation Identified by Liquid Biopsy After Durable Response to FOLFIRINOX in BRCA2-Associated Pancreatic Cancer (2020)
  • Author(s): Kondo Tomohiro、Kanai Masashi、Matsubara Junichi、Quy Pham Nguyen、Fukuyama Keita、Yamamoto Yoshihiro、Yamada Takahiro、Nishigaki Masakazu、Minamiguchi Sachiko、Takeda Masayuki、Nishio Kazuto、Matsumoto Shigemi、Muto Manabu
  • Journal Title: Pancreas Volume: 49 Pages: e101～e103
  • DOI: 10.1097/MPA.0000000000001672
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Precision Medicine Provided by National Health Insurance (2020)
  • Author(s): Muto M, Kondo T, Matsubara J, Kanai M, Matsumoto S, Ashida K, Suga J, Mukai K.
  • Journal Title: Gan To Kagaku Ryoho Volume: 47 Pages: 1158-1163
  • Peer Reviewed
• [Presentation] がん遺伝子パネル検査での二次的所見疑い症例における生殖細胞系列の確認検査実施の促進要因と阻害要因についての検討 (2020)
  • Author(s): 近藤 知大 山田 崇弘 吉岡 正博 西垣 昌和 山本 佳宏 金井 雅史 武藤 学 小杉 眞司
  • Organizer: 第44回日本遺伝カウンセリング学会学術大会
• [Presentation] Clinical utility of comprehensive genomic profiling for chemotherapy-naive gastrointestinal malignancies. (2020)
  • Author(s): Tomohiro Kondo, Junichi Matsubara, Pham Nguyen Quy, Keita Fukuyama, Motoo Nomura, Taro Funakoshi, Mari Funakoshi, Hitomi Sakamoto, Kanami Ashida, Kumi Mukai, Shinji Uemoto, Yoshiharu Sakai, et al.
  • Organizer: Global Academic Program 2020
  • Int'l Joint Research