• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2020 Fiscal Year Research-status Report

Molecular mechanism of extreme environmental resistance revealed from structural properties of proteins embedded in sugar glass

Research Project

Project/Area Number 20K03878
Research InstitutionGunma University

Principal Investigator

平井 光博  群馬大学, その他部局等, 名誉教授 (00189820)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中川 洋  国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, 原子力科学研究部門 原子力科学研究所 物質科学研究センター, 研究主幹 (20379598)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords糖 / ガラス / 蛋白質 / 中性子散乱 / 放射光X線散乱 / ガラス転移
Outline of Annual Research Achievements

本研究は,極限環境(低温・乾燥など)耐性生物が「適合溶質」として含蓄する糖の役割の分子機構の解明を主たる目的とする。中でも,糖ガラス包埋タンパク質の構造とダイナミックスの特性を実験・計算の両面から明らかにする点に学術的な独自性を有する。「糖のガラス化」と「環境耐性」の関係を直接観測し,分子レベルで解明した例は今までにない。そのための研究手法として,ナノスケールレベルでの構造解析と分子内の拡散的な運動状態(の観測に極めて有効な中性子弾性・非弾性・準弾性散乱法と,大規模分子動力学シミュレーションを組み合わせてその解明を行う。
具体的には,中性子逆コントラストマッチング法を用いて,糖の濃厚溶液状態,ラバー状態,ガラス状態の構造とダイナミックス,それらの各状態下のタンパク質の構造とダイナミックス(分子内の拡散的な運動状態)をそれぞれ分別して観測,解析を行うことが特筆すべき特徴であり,得られる成果は,生物学的な重要性に留まらず,新たな製剤・細胞保存法の開発や食品保存法の創生へ繋がる。
令和2年度は,主に,各種の糖ガラス試料を作成し,放射光X線散乱測定と中性子散乱測定を実施しした。ガラス転移温度は含水率と温度,糖の種類に依存することを見出した。ガラス化条件探索のため,5種類(単糖:グルコース,フルクトース,マンノース,二糖:スクロース,トレハロース)の糖溶液の構造を0.05-0.65 g/mLの広い濃度範囲にわたって調べた。ビリアル係数はすべての糖で反発分子間相互作用の存在を示した。そのような反発力の存在にもかかわらず、短距離の分子間相関はすべての糖において,高濃度で現れることがわかった。特に,トレハロースは,他の糖と比較して溶液中でより無秩序な配置を好むこと、つまりかさばった溶液構造を取ることを明確に示した。 カラス転移温度との関係を現在検討中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

令和2年度は,5~15%w/wの含水率に依存した糖ガラス試料作成条件の確定を行なった。含水率に依存して,ラバー状態,固体ガラス状態が温度依存的に出現することを散乱測定により見出した。同条件で試料作成を行なった場合でも,糖の種類(グルコース,フルクトース,スクロース,トレハロース)に依存して,ラバー状態から固体ガラス状態への転移温度が異なる。トレハロースのガラス転移温度が最も高くなる。蛋白質を包埋したガラス試料の測定を行なった結果,何の試料においても蛋白質の構造が保存されていることも既に見出した。概ね,当初予定していた実験計画を実施できた。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度は,前年度のデータの詳細な解析を進めると同時に,特定の含水率の糖ガラス試料中の蛋白質構造の熱安定性に関して,放射光X線・中性子散乱測定を実施する,特に,中性子散乱実験では,重水素化糖を用いた逆コントラスト変化法を用いた測定を行い,蛋白質構造の選択的な抽出を試みる。

Causes of Carryover

研究は概ね予定通りに進捗していたが,新型コロナウィルスの影響により予定されていた学会,シンポジウムが全てWeb開催となったため,出張経費に残額が生じた。
令和3年度に繰り越して使用する予定である。

  • Research Products

    (14 results)

All 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Position Dependency of the Scattered Intensity in the Time-of-flight Backscattering Spectrometer DNA2021

    • Author(s)
      Matsuura Masato、Yamada Takeshi、Tominaga Taiki、Kobayashi Makoto、Nakagawa Hiroshi、Kawakita Yukinobu
    • Journal Title

      the Proceedings of the 3rd J-PARC Symposium (J-PARC2019)

      Volume: 1 Pages: 011068

    • DOI

      10.7566/JPSCP.33.011068

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Quartz Cell for a Backscattering Spectrometer2021

    • Author(s)
      Tominaga Taiki、Kawakita Yukinobu、Nakagawa Hiroshi、Yamada Takeshi、Shibata Kaoru
    • Journal Title

      the Proceedings of the 3rd J-PARC Symposium (J-PARC2019)

      Volume: 1 Pages: 011068

    • DOI

      10.7566/JPSCP.33.011086

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Short-Distance Intermolecular Correlations of Mono- and Disaccharides in Condensed Solutions: Bulky Character of Trehalose2020

    • Author(s)
      Hirai Mitsuhiro、Ajito Satoshi、Iwasa Tatsuo、Wen Durige、Igarashi Noriyuki、Shimizu Nobutaka
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 5 Pages: 10815~10825

    • DOI

      10.1021/acsomega.0c00451

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Sugars can protect hydration shell of proteins and stabilize their native structures in crowded molecular environment: clarified by complemental use of X-rays and neutrons2020

    • Author(s)
      Mitsuhiro Hirai
    • Journal Title

      SPring-8/SACLA Research Frontiers

      Volume: 23 Pages: 13-14

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Characterization of Localization, Ligand Binding, and pH-Dependent Conformational Changes of Two Chemosensory Proteins Expressed in the Antennae of the Japanese Carpenter Ant, Camponotus Japonicus2020

    • Author(s)
      Wen Durige、Li Xing、Geng Xiong、Hirai Mitsuhiro、Ajito Satoshi、Takahashi Kosuke、Ozaki Mamiko、Hojo Masaru K.、Uebi Tatsuya、Iwasa Tatsuo
    • Journal Title

      Zoological Science

      Volume: 37 Pages: 371~371

    • DOI

      10.2108/zs190138

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 中性子散乱による蛋白質の水和の研究2020

    • Author(s)
      中川 洋、味戸 聡志
    • Journal Title

      低温生物工学会誌

      Volume: 66 Pages: 83~92

    • DOI

      10.20585/cryobolcryotechnol.66.2_83

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 糖ガラスに包埋されたタンパク質の構造安定性2021

    • Author(s)
      平井光博、新井栄揮、中川洋、味戸聡志、岩瀬裕希
    • Organizer
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] 磁気受容蛋白質候補ISCA1のSAXS解析2021

    • Author(s)
      新井栄揮、清水瑠美、安達基泰、味戸聡志、平井光博
    • Organizer
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] 蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明2021

    • Author(s)
      中川洋、井上倫太郎、小田隆、矢木-内海真穂、斉尾智英、苙口友隆、長田裕也、杉山正明、佐藤衛、川北至信、岩瀬裕希、富永大輝、高田慎一
    • Organizer
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] 磁気受容蛋白質第二候補ISCA1の分子挙動2020

    • Author(s)
      新井 栄揮 , 清水 瑠美 , 安達 基泰 , 味戸 聡志, 平井 光博
    • Organizer
      日本生物物理学会第58回年会
    • Invited
  • [Presentation] 溶液中の超分子の配向挙動:磁場強度,濃度,有効電荷に対する依存性2020

    • Author(s)
      平井光博
    • Organizer
      日本生物物理学会第58回年会
    • Invited
  • [Presentation] 中性子・放射光 X 線散乱の相補利用の基礎:生命科学への応用2020

    • Author(s)
      平井光博
    • Organizer
      日本中性子科学会第20回年会
    • Invited
  • [Presentation] 中性子準弾性散乱による生体物質の低エネルギーダイナミクス研究と今後の展望2020

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      物性研短期研究会-中性子散乱研究の現状とJRR-3再稼働後の展望-
    • Invited
  • [Presentation] 量子ビーム散乱法と分子シミュレーションによるマルチドメイン蛋白質の溶液動態解析2020

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      日本中性子科学会第20回年会

URL: 

Published: 2021-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi