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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Environmental pollutant degradation system using dye-decolorizing peroxidase

Research Project

Project/Area Number 20K05700
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

内田 毅  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (30343742)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords環境浄化 / 色素分解 / 酵素 / ヘム / 過酸化水素 / 大腸菌
Outline of Annual Research Achievements

色素分解酵素DyPを大腸菌に発現させ、大腸菌を培養しながら、色素を分解するシステムの構築を試みている。色素分解活性の至適pHを4から8に変換し、大腸菌内で過剰発現させたが、活性中心であるヘムを含まない状態で発現したため、色素分解活性は向上しなかった。そこで、タンパク質とヘムが共有結合しているシトクロムcを利用することにした。シトクロムcは分解酵素ではないので、アミノ酸置換により色素分解活性を付与させることを試みた。前年までの研究から、色素分解活性には次の三点が必要であることがわかっている①過酸化水素との反応、②活性部位となるタンパク質表面のラジカル形成部位、③基質の親和性を向上させるために活性部位近傍に芳香族残基の導入
①のためにヘムの配位子であるMet80をValに置換したその結果、活性は2倍に増加した。②のために表面に存在する4つのTyrを置換した結果、Tyr48とTyr74が活性に関与することがわかった。これらの残基の周辺で、側鎖が表面に露出しているPro76をTrpに置換したその結果、活性は約3倍に増加した。さらに過酸化水素との反応性を上げるため、ヘムの配位子であるHis18から4Åに存在するGly29をAspに置換した結果、酸化活性は約100倍に増加した。
本研究課題では、DyPを活用し、難分解性化合物を分解するシステムの構築を目指した。DyPの構造解析と機能解析により得られた知識をもとに本来活性のないシトクロムcを色素分解酵素に変換することに成功した。過酸化水素との反応性が高すぎ、自分自身を分解してしまうという問題点が生じたため、大腸菌を利用した分解システムの構築には成功していないが、今後はヘム周辺で生成したラジカルとタンパク質表面まで移動させる経路を整備することで、ラジカルを高効率で色素分解につなげ、難分解性化合物の分解システムの構築が可能になるものと期待できる。

  • Research Products

    (12 results)

All 2022 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Converting cytochrome <i>c</i> into a DyP-like metalloenzyme2022

    • Author(s)
      Omura Issei、Ishimori Koichiro、Uchida Takeshi
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 51 Pages: 12641~12649

    • DOI

      10.1039/D2DT02137D

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metal Sensing by a Glycine?Histidine Repeat Sequence Regulates the Heme Degradation Activity of PM0042 from <i>Pasteurella multocida</i>2022

    • Author(s)
      Uchida Takeshi、Ota Kazuki、Tatsumi Akinobu、Takeuchi Syota、Ishimori Koichiro
    • Journal Title

      Inorganic Chemistry

      Volume: 61 Pages: 13543~13553

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.2c02172

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heme binding to cold shock protein D, CspD, from Vibrio cholerae2022

    • Author(s)
      Nam Dayeon、Motegi Wataru、Ishimori Koichiro、Uchida Takeshi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 624 Pages: 151~156

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.07.074

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 電子伝達タンパク質シトクロムcの難分解性色素分解酵素への変換2022

    • Author(s)
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      生命金属科学シンポジウム2022
  • [Presentation] 鉄イオンが活性化するパスツレラ菌由来ヘム分解酵素2022

    • Author(s)
      辰巳 晶信 、大田 一喜、竹内 祥太、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      生命金属科学シンポジウム2022
  • [Presentation] 難分解性色素を効率的に分解可能なシトクロムcの設計と創製2022

    • Author(s)
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      生命金属科学 夏の合宿
  • [Presentation] パスツレラ菌由来ヘム分解酵素の鉄イオンによる活性制御機構2022

    • Author(s)
      辰巳 晶信 、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      生命金属科学 夏の合宿
  • [Presentation] コレラ菌由来ペルオキシダーゼ VcDyP におけるヘムを分解しない脱鉄反応2022

    • Author(s)
      吉村 遥香、石森 浩一郎 、内田 毅
    • Organizer
      第55回酸化反応討論会
  • [Presentation] 環境浄化を目指した難分解性色素分解酵素の設計と創製2022

    • Author(s)
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      第55回酸化反応討論会
  • [Presentation] 鉄イオンが活性化するパスツレラ菌由来ヘム分解酵素2022

    • Author(s)
      辰巳 晶信、石森 浩一郎、内田 毅
    • Organizer
      第55回酸化反応討論会
  • [Presentation] Converting Cytochrome c_into a DyP-like Enzyme2022

    • Author(s)
      Issei Omura, Koichiro Ishimori, Takeshi Uchida
    • Organizer
      The 10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 発表論文からpickup

    • URL

      https://wwwchem.sci.hokudai.ac.jp/~stchem/pickup/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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