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2020 Fiscal Year Research-status Report

Supramolecular complex of peroxiredoxin

Research Project

Project/Area Number 20K05740
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

中村 努  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (10357668)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords超分子複合体 / ペルオキシレドキシン
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、ペルオキシレドキシンの新規な超分子複合体の生成メカニズムを解明し、再現性よく該複合体を得て、その構造や機能を明らかにしようとするものである。2020年度は、植物由来のペルオキシレドキシンであるAtPrx6が複合体を形成する条件検討を行った。ここでAtPrx6の超分子複合体は、本来は電顕によりチューブ状の形状を確認すべきであるが、条件検討のたびに電顕を稼働させるのは現実的でないため、動的光散乱(DLS)による粒度測定により複合体形成を確認した。
本課題申請時は、AtPrx6溶液を脱塩カラムにより脱塩することにより複合体形成を観測していた。しかしその方法ではタンパク質濃度にかんする再現性にかける。したがって本年度は、AtPrx6溶液を緩衝液に希釈することにより複合体形成をはかった。その結果、pH4.6付近の酢酸ナトリウム緩衝液でAtPrx6溶液を希釈した場合に粒子径が増加することが明らかになった。ただし、複合体形成は多分子反応であるため、より高濃度での実験系を設計することが必要と考えられる。
以上に加えて、Prxの分子会合における相互作用について検討した。Prx分子の集積のうち、リング構造をなす「低レベル集積」と超分子構造をなす「高レベル集積」がどのように区別しうるか知るための基礎データとするためである。超好熱性古細菌由来Prxのリング構造では疎水性相互作用が重要な働きをすることが明らかになり、疎水性の化学修飾によってその集積を制御することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

緊急事態宣言にともなうテレワークの実施により、実験のためのまとまった時間をとることができなかったため。

Strategy for Future Research Activity

動的光散乱(DLS)による粒子径の測定にばらつきがあるのが現在のところの大きな課題である。改善策として、高タンパク質濃度での測定を可能にするような実験系の構築を計画している。

Causes of Carryover

情報収集等のために国際学会2件を含む学会に参加する予定であったが、コロナの影響で学会が中止になり、次年度使用額が多く生じた。次年度も国際学会が中止になる可能性は充分にあるが、その場合は当初の予定にくわえて電顕消耗品や電顕受託観測などに充当する。

  • Research Products

    (8 results)

All 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Rebuilding Ring-Type Assembly of Peroxiredoxin by Chemical Modification2020

    • Author(s)
      Himiyama Tomoki、Tsuchiya Yuko、Yonezawa Yasushige、Nakamura Tsutomu
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: 32 Pages: 153~160

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.0c00587

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Polyploid engineering by increasing mutant gene dosage in yeasts2020

    • Author(s)
      Fukuda Nobuo、Honda Shinya、Fujiwara Maki、Yoshimura Yuko、Nakamura Tsutomu
    • Journal Title

      Microbial Biotechnology

      Volume: 14 Pages: 979~992

    • DOI

      10.1111/1751-7915.13731

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Disassembly of the ring‐type decameric structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 by amino acid mutation2020

    • Author(s)
      Himiyama Tomoki、Nakamura Tsutomu
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 29 Pages: 1138~1147

    • DOI

      10.1002/pro.3837

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 天然変性タンパク質としてのアセチルキシランエステラーゼの構造・機能解析2020

    • Author(s)
      佐々本 康平、下澤 勇弥、氷見山 幹基、森芳 邦彦、大本 貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 活性部位の進化により分岐したリンゴ酸脱水素酵素の基質認識2020

    • Author(s)
      下澤 勇弥、佐々本 康平、氷見山 幹基、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Disassembly and Reassembly of Ring-type Structure of Peroxiredoxin by Manipulating Hydrophobic Interaction2020

    • Author(s)
      氷見山 幹基、中村 努
    • Organizer
      第20回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] The Structural Change Mechanism In The Catalytic Cycle Of Malate Dehydrogenase2020

    • Author(s)
      下澤 勇弥、西矢芳昭、佐々本 康平、氷見山 幹基、中村 努
    • Organizer
      第20回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] X-ray crystallographic analysis of acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus2020

    • Author(s)
      佐々本 康平、下澤 勇弥、氷見山 幹基、森芳 邦彦、大本 貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第20回日本蛋白質科学会年会

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Published: 2021-12-27  

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