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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Supramolecular complex of peroxiredoxin

Research Project

Project/Area Number 20K05740
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

中村 努  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ付 (10357668)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 氷見山 幹基  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (90828310)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords超分子複合体 / ペルオキシレドキシン / 四次構造
Outline of Annual Research Achievements

環状四次構造を形成するタンパク質に化学修飾を施すことで、その集合状態と集合様式を改変可能であることを発見した。研究対象としたThermococcus kodakaraensis由来ペルオキシレドキシン(TkPrx)は六角形環状十二量体を形成する。このタンパク質において、四次構造の構成単位である二量体の界面に存在する芳香族アミノ酸残基に変異導入すると、疎水性相互作用が破壊され、環状四次構造が解離して二量体となることを見出した。芳香環を除去する変異をかけることで集合体が解離したことから、逆に芳香環を付加することで解離した二量体を集合して四次構造の再構築が可能になると考えた。そこで、TkPrxにシステインを導入した二量化変異体(TkPrxF42C 、TkPrxF76C)をデザインし、化学修飾による芳香環の付加により四次構造の再構築を試みた。変異体に対して2-(bromoacetyl)naphthalene (Naph-Br)を添加し化学修飾を行った。TkPrxF42C、TkPrxF76C変異体に個別にNaph-Brを添加しても野生型TkPrxが形成する環状十二量体には変換されなかったものの、TkPrxF42C、TkPrxF76C変異体の1:1の混合物にNaph-Brを添加したNaph@TkPrxMIXは環状十二量体に相当する分子サイズを示した。クライオ電子顕微鏡による構造解析により、Naph@TkPrxMIXがそれぞれの変異体を交互に配列した特殊な構造を有することが示された。化学修飾により導入した人工分子がアミノ酸残基に替わって相互作用を形成し、半人工のタンパク質集合体を形成することが示された。本内容で論文発表を1件行った。
その他、リンゴ酸デヒドロゲナーゼとアセチルキシランエステラーゼに関して論文発表を1件ずつ行った。

  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] Unnaturally Distorted Hexagonal Protein Ring Alternatingly Reorganized from Two Distinct Chemically Modified Proteins2023

    • Author(s)
      Himiyama Tomoki、Hamaguchi Tasuku、Yonekura Koji、Nakamura Tsutomu
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: 34 Pages: 764-771

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.3c00057

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reducing substrate inhibition of malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus by C-terminal truncation2022

    • Author(s)
      Shimozawa Yuya、Matsuhisa Hinano、Nakamura Tsutomu、Himiyama Tomoki、Nishiya Yoshiaki
    • Journal Title

      Protein Engineering, Design and Selection

      Volume: 35 Pages: -

    • DOI

      10.1093/protein/gzac008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional analysis of the N‐terminal region of acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis2022

    • Author(s)
      Sasamoto Kohei、Himiyama Tomoki、Moriyoshi Kunihiko、Ohmoto Takashi、Uegaki Koichi、Nakamura Tsutomu、Nishiya Yoshiaki
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 12 Pages: 1875-1885

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13476

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] サルコシンオキシダーゼのL-プロリンに対する反応機構の解析2023

    • Author(s)
      張 宇琪、中嶋義隆、佐々本 康平、武田 悠杜、氷見山 幹基、中村 努、西矢芳昭
    • Organizer
      第33回生物試料分析科学会合同年次学術集会
  • [Presentation] 精製工程の違いによる金属依存性糖脱アセチル化酵素の活性と立体構造への影響2023

    • Author(s)
      佐々本 康平、氷見山 幹基、武田 悠杜、張 宇琪、森芳 邦彦、大本貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [Presentation] 好熱菌由来糖脱アセチル化酵素の基質結合部位改変と構造解析2023

    • Author(s)
      武田 悠杜、佐々本 康平、氷見山 幹基、張 宇琪、森芳 邦彦、大本貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [Presentation] 化学修飾によるペルオキシレドキシン環状交互ヘテロ集合の構築2022

    • Author(s)
      氷見山 幹基、 濵口 祐、 米倉 功治、 中村 努
    • Organizer
      令和4年度日本結晶学会年会
  • [Presentation] 溶解性と凝集抑制に必要な好熱菌由来アセチルキシランエステラーゼの天然変性領域2022

    • Author(s)
      佐々本 康平、下澤 勇弥、氷見山 幹基、森芳 邦彦、大本貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 糖脱アセチル化酵素TTE0866が有する天然変性N末端領域の役割2022

    • Author(s)
      佐々本 康平、氷見山 幹基、森芳 邦彦、大本貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第20回 産総研・産技連LS-BT合同研究発表会
  • [Presentation] Caldanaerobacterポリサッカライドデアセチラーゼの反応機構解析2022

    • Author(s)
      武田 悠杜、佐々本 康平、氷見山 幹基、森芳 邦彦、大本貴士、上垣浩一、西矢芳昭、中村 努
    • Organizer
      第74回日本生物工学会大会
  • [Presentation] サルコシンオキシダーゼのL-プロリンに対する反応機構の解析2022

    • Author(s)
      張 宇琪、中嶋義隆、下澤 勇弥、佐々本 康平、氷見山 幹基、中村 努、西矢芳昭
    • Organizer
      第74回日本生物工学会大会

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Published: 2023-12-25  

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