2024 Fiscal Year Annual Research Report
Exploring genomic signatures of Ryukyu-ayu to inform the survival of an endangered fish species
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20K06191
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| Research Institution | Fukui Prefectural Satoyama-Satoumi Research Institute |
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Principal Investigator |
武島 弘彦 福井県里山里海湖研究所, 研究部門, 研究員 (50573086)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安房田 智司 大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 (60569002)
橋口 康之 大阪医科薬科大学, 医学部, 准教授 (70436517)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 絶滅危惧種 / 集団ゲノミクス / 魚類 / リュウキュウアユ / アユ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
絶滅危惧種では，集団サイズの縮小ならびに近親交配に伴う遺伝的多様性の低下が絶滅リスクを高めるが，一部の絶滅危惧種は長期間存続してきた．本研究では，絶滅危惧魚類リュウキュウアユをモデルとして，（１）高深度で個体レベル，ならびに低深度で集団レベルのゲノム情報を解読する．（２）得られた個体/集団のゲノム・データについて，集団サイズの大きい日本のアユ集団との比較から，絶滅危惧魚類の存続に不可欠な遺伝的特性の解明を目的としている．
最終年度は（２）に関して，リュウキュウアユの奄美東部ならびに奄美西部集団，日本本土のアユと琵琶湖アユ集団から得られた合計192個体からの低深度ゲノムデータに基づき，比較集団ゲノミクス解析をさらに進めた．塩基多様度やTajima's Dなどの遺伝学的数値のゲノム全体の比較検討から，これまでに，リュウキュウアユの２集団において共通して「平衡選択」の影響下にあるゲノム領域が見いだされており，それらには「生体防御」「mRNAの品質管理機構」「グリセロ脂質の代謝」「副甲状腺ホルモン合成」などに関わる遺伝子が含まれていた．これらに加えて，リュウキュウアユの２集団で共通して塩基多様度が高いゲノム領域が新たに検出され，病原体に対する免疫応答に関与する GVIN1 遺伝子が含まれていた．これらのことから，リュウキュウアユでは，ゲノム全体で変異が乏しいにも関わらず，一部の生体防御に関わる遺伝子，つまり個体の生存に影響しうる遺伝子において多様性が高く維持されていることが示唆された．
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